genome.fa.s212.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold212
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1080337

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1126 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739939--739998	5	12.0	5	74	13	52	46	1	0	51	1.10
740048--740092	16	2.8	16	89	0	72	62	0	0	37	0.96
740058--740111	23	2.4	22	82	17	67	59	0	1	38	1.08
740182--740214	17	2.1	16	88	11	50	51	9	0	39	1.34
740427--740484	27	2.1	27	96	0	89	39	5	3	51	1.41
741087--741116	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
741513--741552	19	2.0	21	86	13	59	40	0	0	60	0.97
741985--742052	15	4.0	18	70	24	58	55	0	0	44	0.99
742020--742051	15	2.1	15	100	0	64	56	0	0	43	0.99
741985--742110	34	3.8	33	74	20	111	57	0	0	42	0.99
742044--742239	15	12.4	15	73	19	123	55	3	1	39	1.24
742044--742239	16	12.4	16	71	20	128	55	3	1	39	1.24
742277--742374	51	1.9	51	85	0	133	51	3	1	44	1.24
743005--743043	19	2.1	18	85	4	51	28	5	0	66	1.12
743689--743727	18	2.0	20	85	9	55	43	0	0	56	0.99
744342--744388	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
744732--744766	5	6.6	5	87	12	52	40	0	0	60	0.97
745395--745435	16	2.6	16	92	0	64	51	0	0	48	1.00
745791--745858	14	4.7	15	72	16	54	44	0	1	54	1.09
747958--748003	17	2.5	18	86	10	58	52	2	2	43	1.25
752910--752976	20	3.5	20	71	19	61	52	0	0	47	1.00
752926--752999	16	4.7	16	71	12	55	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755026--755074	18	2.5	19	81	18	57	61	0	0	38	0.96
755928--756004	22	3.5	22	70	16	61	53	0	1	45	1.08
756446--756480	16	2.3	15	90	5	52	62	0	0	37	0.95
756438--756487	13	4.0	13	77	15	52	64	0	0	36	0.94
756492--756550	28	2.3	24	81	18	59	47	1	1	49	1.21
757159--757198	21	1.9	21	85	10	55	60	0	2	37	1.11
762325--762397	13	5.2	15	69	22	52	58	0	0	41	0.98
762334--762392	25	2.3	25	88	8	84	61	0	0	38	0.96
762337--762400	16	3.8	18	74	17	66	60	0	0	39	0.97
762337--762393	24	2.3	25	82	14	82	59	0	0	40	0.97
762603--762646	17	2.4	18	81	14	54	72	0	0	27	0.85
766217--766246	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
767997--768040	23	2.0	22	81	4	52	43	6	15	34	1.74
768791--768822	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
770241--770283	17	2.6	17	77	3	52	53	0	0	46	1.00
770321--770368	23	2.1	23	88	7	71	41	0	0	58	0.98
770319--770378	24	2.6	24	82	15	81	41	0	0	58	0.98
770321--770384	23	2.8	22	80	17	60	42	1	0	56	1.09
770825--770899	24	3.2	24	73	22	63	40	0	1	58	1.06
770851--770889	20	2.0	20	90	10	62	38	0	0	61	0.96
770851--770887	19	2.0	19	85	15	51	40	0	0	59	0.97
770798--770899	14	7.4	14	64	19	54	40	0	0	58	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770795--770899	31	3.3	31	75	12	97	40	0	0	58	1.05
785511--785775	134	2.0	134	90	3	417	29	16	16	37	1.90
787581--787614	10	3.3	10	88	8	50	61	5	0	32	1.20
788073--788131	27	2.2	27	78	6	66	50	1	0	47	1.11
788118--788159	16	2.5	18	85	11	54	59	0	0	40	0.97
788968--789015	20	2.4	20	86	6	62	47	0	2	50	1.12
788986--789031	20	2.6	18	86	13	60	45	0	0	54	0.99
788983--789108	49	2.6	47	81	10	139	51	0	0	48	1.00
789294--789331	2	19.0	2	88	0	58	55	0	0	44	0.99
789297--789380	6	14.3	6	77	14	68	58	0	1	40	1.06
789294--789380	14	7.1	13	74	18	71	57	0	1	41	1.06
789307--789446	20	6.9	20	67	18	53	58	0	1	40	1.07
793425--793461	18	2.0	20	89	10	60	56	0	0	43	0.99
799732--799773	21	2.0	21	86	13	59	26	2	2	69	1.13
800566--800613	17	2.6	20	81	15	59	41	2	0	56	1.11
802448--802488	16	2.6	16	88	3	57	41	2	7	48	1.44
803240--803280	11	3.9	11	78	12	50	46	0	0	53	1.00
803546--803590	17	2.6	18	79	10	58	35	2	0	62	1.08
803906--803945	18	2.2	19	86	8	57	40	7	0	52	1.30
803915--803967	21	2.5	20	81	9	61	39	7	0	52	1.30
805480--805514	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
806586--806628	22	2.0	22	86	4	61	34	4	6	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807118--807175	2	28.5	2	92	3	89	44	1	3	50	1.29
809009--809078	34	2.0	34	81	13	81	52	0	0	47	1.00
809070--809110	21	2.0	21	90	9	66	41	0	0	58	0.98
810253--810320	33	2.1	33	86	5	93	44	1	8	45	1.44
813332--813390	25	2.4	25	86	11	77	33	0	0	66	0.92
813350--813428	25	3.1	25	77	10	70	44	0	0	55	0.99
813414--813450	17	2.1	18	90	5	58	51	2	0	45	1.15
813904--814009	29	3.7	30	79	8	105	43	0	0	55	1.06
813932--814009	31	2.6	29	83	4	93	44	0	1	53	1.08
814302--814341	21	1.9	21	85	10	55	62	0	0	37	0.95
814547--814574	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
814535--814574	21	1.9	21	84	0	53	50	0	0	50	1.00
814678--814710	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
816019--816118	15	7.2	13	70	18	69	40	1	0	59	1.04
816051--816093	22	2.0	22	86	9	61	41	0	0	58	0.98
816018--816106	35	2.6	33	77	13	90	39	1	0	59	1.05
816062--816121	13	4.5	13	74	12	59	38	1	0	60	1.07
816375--816437	26	2.5	23	76	20	63	46	0	0	53	1.00
818513--818555	21	2.0	21	90	0	68	44	2	18	34	1.63
819246--819316	20	3.5	20	78	0	79	33	11	12	42	1.79
822832--822859	12	2.3	12	100	0	56	53	0	7	39	1.28
825007--825059	6	9.2	6	81	8	65	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825000--825060	23	2.6	23	79	7	70	39	1	0	59	1.08
825008--825081	29	2.5	30	80	6	78	40	1	0	58	1.07
825042--825097	20	2.8	20	84	13	62	46	0	1	51	1.11
825042--825100	21	2.8	21	82	12	59	45	0	1	52	1.10
825327--825365	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
825540--825631	19	5.0	19	71	22	72	36	0	0	63	0.95
825841--825875	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
827489--827548	23	2.7	23	77	10	61	51	0	0	48	1.00
827525--827565	20	1.9	23	85	14	61	60	0	0	39	0.96
827833--827864	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
828511--828548	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
830109--830139	7	4.3	7	95	4	53	38	0	0	61	0.96
830104--830147	14	3.1	14	84	15	63	40	0	0	59	0.98
830106--830155	22	2.4	20	80	6	55	38	0	0	62	0.96
830654--830687	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
830746--830794	26	1.9	25	83	4	62	28	0	6	65	1.16
831444--831540	36	2.7	35	74	16	90	48	0	2	49	1.12
831969--832023	16	3.6	14	77	18	56	43	3	7	45	1.49
832983--833007	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
833147--833198	24	2.3	23	80	6	61	32	3	5	57	1.40
833984--834029	20	2.3	19	82	10	56	78	0	0	21	0.76
836050--836088	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841308--841352	20	2.2	20	84	7	56	40	13	11	35	1.80
842315--842354	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
844601--844646	22	2.0	23	87	4	67	23	8	13	54	1.66
845481--845849	148	2.5	146	82	5	390	29	20	19	31	1.97
846915--847021	25	4.1	24	72	24	67	45	0	0	53	1.06
847133--847207	15	5.4	14	72	15	57	61	0	1	37	1.05
847522--847553	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
847939--848038	16	6.2	16	72	9	78	54	3	3	40	1.31
849726--849769	18	2.4	18	80	0	52	72	0	0	27	0.85
850327--850407	9	8.8	9	71	22	53	33	0	9	56	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10