genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880--934	28	1.9	29	92	3	94	18	29	21	30	1.97
674--1137	78	5.9	79	91	3	742	26	24	15	34	1.95
674--1137	157	3.0	158	91	2	751	26	24	15	34	1.95
3853--3878	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8058--8127	28	2.5	28	86	4	88	25	18	32	22	1.97
8115--8336	103	2.1	103	81	6	252	32	11	25	30	1.91
8115--8336	52	4.3	51	79	7	214	32	11	25	30	1.91
8009--8503	263	1.9	260	88	5	757	31	12	26	29	1.93
8320--8391	27	2.6	28	86	6	103	23	19	31	25	1.98
10877--10902	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10856--10922	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
10942--11009	19	3.9	18	73	23	65	39	16	10	33	1.82
10964--10988	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10947--11007	32	1.9	32	93	0	104	37	18	11	32	1.86
11066--11120	20	2.7	21	91	5	94	36	20	10	32	1.87
16667--16733	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
16689--16713	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26396--26590	79	2.5	80	83	4	234	30	16	27	24	1.97
26626--27301	51	12.9	51	71	10	393	32	13	26	28	1.93
26642--27136	104	4.8	102	71	10	358	33	13	25	27	1.93
26857--26933	28	2.8	28	83	0	82	23	19	33	23	1.97
26678--27303	262	2.4	261	92	2	1033	32	13	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28226--28272	18	2.6	18	76	6	51	8	25	36	29	1.86
28260--28331	25	3.2	24	66	25	66	6	22	37	33	1.81
28243--28338	43	2.2	43	96	0	174	9	22	38	29	1.86
28243--28310	18	3.4	18	68	24	55	10	23	39	26	1.87
28247--28372	43	2.9	43	88	2	146	8	24	38	28	1.85
28678--28804	26	5.0	25	95	2	218	11	27	7	52	1.65
28909--28935	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
31291--31353	21	3.0	21	95	2	110	50	17	12	19	1.77
32342--32366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34865--34906	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
38796--38862	37	1.9	35	88	11	102	29	23	11	34	1.91
39463--39504	21	2.0	21	100	0	84	38	9	23	28	1.86
39554--39690	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
39660--39730	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
39770--39810	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
41060--41094	3	11.7	3	87	0	52	40	0	28	31	1.57
41900--41958	29	2.0	29	96	0	109	45	10	23	20	1.81
48223--48284	33	1.9	33	86	3	90	32	11	16	40	1.83
50010--50843	209	4.0	210	95	1	1507	41	12	12	34	1.79
51569--52126	164	3.4	165	80	7	605	31	11	8	49	1.69
52607--52632	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
52607--52651	14	2.7	17	83	16	51	77	2	20	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56761--56891	51	2.5	53	81	8	169	31	24	10	33	1.89
56906--57131	51	4.3	52	81	7	244	30	24	11	32	1.92
56824--56974	82	1.9	81	84	4	207	28	25	14	31	1.95
56906--57131	103	2.2	105	83	4	289	30	24	11	32	1.92
56764--57210	236	1.9	236	95	0	813	29	25	12	32	1.92
57100--57295	79	2.5	79	85	2	250	23	27	15	33	1.95
57063--57297	79	2.9	79	82	3	247	25	27	14	32	1.94
57278--57334	28	2.0	28	82	0	69	33	35	7	24	1.82
63446--64574	55	21.0	54	85	9	1506	28	29	20	20	1.98
63446--64574	267	4.2	267	94	1	1913	28	29	20	20	1.98
65329--65396	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
65350--65374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
65331--65393	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
67811--67944	51	2.6	51	80	8	162	32	23	10	33	1.89
67959--68182	51	4.3	51	81	6	245	31	24	10	33	1.89
67877--68025	82	1.9	81	85	4	212	29	25	13	31	1.94
67961--68179	52	4.2	51	80	5	208	31	23	10	34	1.88
68195--68375	79	2.3	79	85	3	231	23	28	15	33	1.95
72071--72126	20	2.7	21	86	5	78	30	17	12	39	1.87
72071--72144	21	3.6	20	83	3	76	29	17	13	39	1.88
74198--74239	19	2.2	19	91	0	66	54	0	21	23	1.44
74647--74686	21	1.9	21	85	10	55	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74825--74864	20	2.0	20	85	9	55	30	0	2	67	1.04
78044--78437	166	2.4	165	81	3	470	31	10	10	47	1.72
78017--78469	166	2.7	164	79	7	468	31	9	10	48	1.70
78956--79010	4	13.2	4	84	7	74	78	0	21	0	0.76
78956--79014	25	2.4	25	88	0	91	79	0	20	0	0.73
78956--79010	17	3.3	17	85	12	78	78	0	21	0	0.76
80408--80437	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
82039--82071	17	1.9	17	93	0	57	51	6	12	30	1.63
82876--82921	21	2.2	21	88	0	65	13	36	0	50	1.41
84547--84624	32	2.5	31	82	4	84	55	8	3	32	1.49
84571--84638	17	4.2	17	77	9	70	57	10	1	30	1.41
84597--84645	25	1.9	25	83	4	62	59	12	0	28	1.34
94277--94305	14	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
94488--94617	67	2.0	66	85	10	178	31	11	6	50	1.65
94609--94639	16	1.9	16	100	0	62	19	19	0	61	1.35
104010--104051	19	2.2	19	86	0	57	52	9	16	21	1.72
105346--105396	20	2.5	21	83	3	59	33	13	9	43	1.77
107071--107117	16	2.9	16	87	9	69	36	0	0	63	0.94
107093--107121	14	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
115915--115977	7	8.9	7	94	3	108	15	28	30	25	1.96
115990--116035	4	11.2	4	88	2	65	45	0	0	54	0.99
116859--116923	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116861--116931	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
116880--116904	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116988--117116	52	2.5	52	94	0	240	35	18	18	27	1.94
124625--125603	311	3.1	307	79	8	987	39	19	16	23	1.92
124625--125587	156	6.2	155	79	7	819	39	20	16	23	1.92
124727--125644	157	5.9	155	77	9	634	38	19	17	24	1.93
126291--126521	129	1.8	125	87	5	347	43	12	11	32	1.79
126402--126858	163	2.8	163	89	4	708	41	9	12	36	1.75
127637--127684	21	2.3	20	82	6	60	6	18	2	72	1.15
128521--128573	24	2.1	25	82	6	63	3	18	1	75	1.05
128529--128567	13	3.2	12	86	13	53	2	15	0	82	0.79
128540--128571	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
129512--129582	20	3.6	20	78	3	81	30	15	15	38	1.89
138392--138453	32	1.9	32	83	3	79	32	14	14	38	1.86
140471--140682	82	2.6	83	76	7	216	41	14	25	18	1.88
140713--140873	83	1.9	83	80	0	187	42	14	23	18	1.88
140963--141385	84	5.1	83	74	4	325	44	14	23	16	1.85
140777--141605	168	5.0	166	80	4	769	43	13	24	17	1.86
141084--141386	42	7.2	42	66	9	116	44	14	23	17	1.85
141766--142626	42	20.6	42	71	6	334	32	16	29	20	1.95
141762--142451	285	2.4	285	79	3	729	31	16	30	21	1.95
142678--142799	43	2.8	43	79	7	149	39	12	30	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142984--143393	96	4.2	96	83	6	459	40	18	21	19	1.91
142990--143393	48	8.3	48	79	6	404	40	18	21	19	1.91
144004--144044	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
144124--144260	53	2.6	53	95	1	238	37	17	17	27	1.92
144323--144348	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
144827--144893	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
145515--145721	89	2.3	88	80	4	227	45	14	18	21	1.84
146853--146894	19	2.2	19	91	0	66	2	9	4	83	0.88
150125--150150	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
152431--152485	27	2.0	27	96	0	101	25	12	10	50	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11