genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796930--797044	10	10.9	11	68	24	70	81	13	4	0	0.88
796930--797058	19	7.3	19	75	13	100	82	11	5	0	0.88
796932--797057	12	10.3	12	77	14	84	81	11	5	0	0.89
796930--797072	7	19.6	7	73	18	62	81	10	7	0	0.92
798011--798086	39	1.9	38	87	10	109	21	34	15	28	1.94
798062--798759	61	11.6	60	86	3	777	25	27	19	28	1.99
798755--799028	45	6.2	45	74	16	232	18	27	12	41	1.87
798750--798962	88	2.4	90	85	4	270	19	28	12	40	1.87
798764--799006	135	1.8	134	89	0	380	20	26	13	39	1.90
800062--800104	21	2.0	21	90	0	68	32	37	9	20	1.85
802135--802364	51	4.5	49	77	10	203	29	24	10	35	1.89
803859--803883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
803839--803905	33	2.0	33	88	0	98	32	13	13	40	1.83
803979--804107	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
815912--816040	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
828005--828679	28	23.5	28	87	5	779	29	29	17	23	1.97
828258--828737	56	8.1	64	79	12	241	29	29	16	24	1.97
828768--828876	49	2.3	47	81	6	114	22	25	18	33	1.96
829579--829696	20	5.9	20	86	7	168	31	15	12	40	1.84
829579--829765	40	4.9	39	75	15	185	29	14	14	40	1.86
829640--829815	71	2.5	70	87	3	253	28	17	13	39	1.88
829711--829767	20	2.8	20	81	5	62	29	14	17	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843566--843681	9	13.0	9	74	14	107	82	12	4	0	0.80
843568--843681	22	4.7	25	76	15	114	83	12	4	0	0.79
843568--843672	1	105.0	1	68	0	57	83	11	4	0	0.78
844704--844788	37	2.3	37	100	0	170	25	15	15	43	1.86
845147--845411	57	4.7	55	83	8	311	33	32	17	16	1.93
845147--845411	28	9.4	28	84	5	322	33	32	17	16	1.93
845433--845740	39	6.9	48	70	18	229	27	25	17	28	1.98
845443--845789	88	3.9	88	89	1	505	27	25	17	29	1.97
845723--845836	52	2.2	52	79	6	124	28	23	13	34	1.92
846875--846939	32	2.0	33	90	3	105	35	13	15	35	1.87
846981--847005	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
846993--847045	20	2.7	20	100	0	106	26	18	15	39	1.90
847034--847162	52	2.5	52	93	0	222	33	18	19	28	1.96
862469--862744	29	9.4	29	88	2	365	31	28	16	22	1.96
862468--862724	59	4.4	59	94	0	426	30	29	17	22	1.96
862700--862780	28	2.8	27	83	9	81	33	27	19	19	1.96
862468--862769	118	2.6	115	86	3	406	31	29	16	22	1.96
862784--863635	92	9.1	92	92	2	1283	24	26	17	31	1.97
863477--863626	52	2.9	52	88	0	228	22	25	18	34	1.96
864489--864545	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
864471--864569	32	3.1	32	97	1	180	35	12	17	35	1.87
864471--864564	19	5.6	18	71	28	82	35	12	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864607--864631	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
864640--864765	52	2.4	52	93	0	207	36	19	19	24	1.95
873599--873628	13	2.3	13	100	0	60	43	16	13	26	1.85
875046--875280	130	1.8	131	84	2	330	39	11	21	28	1.88
875205--875360	80	2.0	80	85	0	213	37	13	22	26	1.91
875312--875429	51	2.3	50	89	1	182	32	13	27	26	1.94
875246--875504	129	2.0	131	87	4	373	33	12	25	27	1.92
875362--875535	79	2.2	78	83	2	233	30	16	28	25	1.96
875494--875561	27	2.5	28	85	4	93	26	17	30	25	1.97
875364--875712	186	1.9	184	81	8	431	32	13	27	26	1.94
875520--876009	79	6.2	78	80	5	479	32	14	26	26	1.95
875520--876009	158	3.1	158	84	2	583	32	14	26	26	1.95
875944--876041	51	1.9	51	91	0	160	33	10	27	28	1.89
879101--879199	51	1.9	50	85	4	135	31	9	28	31	1.88
879110--879220	51	2.2	52	78	3	118	31	11	26	30	1.92
879154--879456	79	3.8	79	74	4	236	33	13	24	29	1.93
879574--879693	51	2.4	51	92	0	195	34	12	25	28	1.92
879466--879642	79	2.3	78	83	6	216	36	13	24	25	1.92
879625--879851	79	2.9	79	82	5	289	33	13	26	27	1.93
879497--879768	130	2.1	131	83	8	342	35	11	25	27	1.91
882357--882419	29	2.3	26	86	10	83	28	11	12	47	1.76
882853--882938	42	2.0	43	90	2	138	23	27	2	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885672--885768	42	2.3	43	80	10	110	41	14	20	23	1.89
885752--886208	61	7.4	61	82	7	502	27	19	28	25	1.98
885757--886208	188	2.5	182	83	8	558	27	18	28	25	1.98
885747--886209	249	1.9	243	84	5	626	27	18	28	25	1.98
893474--893540	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
893494--893518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
893581--893605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
893614--893733	52	2.3	52	95	0	213	34	18	17	30	1.94
899361--899445	42	2.0	43	88	6	129	22	27	3	47	1.68
905028--905066	20	1.9	21	89	5	62	53	5	12	28	1.60
907031--907056	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
911929--912029	37	2.7	37	93	0	175	35	14	15	33	1.89
916333--916404	17	4.4	17	75	18	64	79	2	11	6	1.03
916334--916397	27	2.3	27	84	5	76	82	3	10	3	0.89
918639--918663	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
918614--918683	33	2.1	33	86	5	97	40	18	10	31	1.84
918711--918771	20	3.0	20	85	2	86	34	16	13	36	1.87
919820--919903	33	2.5	33	94	0	141	27	9	33	29	1.88
921375--921414	13	3.1	13	85	0	62	40	10	15	35	1.80
921422--921483	24	2.8	22	78	16	74	25	17	17	38	1.92
921422--921478	20	2.6	23	86	10	75	28	17	15	38	1.91
1071815--1071877	12	4.9	13	77	11	51	0	12	4	82	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1071846--1071880	12	2.8	12	91	4	52	0	8	2	88	0.61
1071838--1071876	20	1.9	21	89	5	62	0	7	5	87	0.68
1077530--1077563	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
1084275--1084485	83	2.6	79	80	4	217	29	16	29	23	1.96
1084437--1084504	28	2.4	28	85	4	84	23	17	36	22	1.94
1084496--1084881	52	7.4	51	70	9	179	32	12	25	30	1.92
1084496--1084717	104	2.1	103	79	4	223	33	12	24	29	1.92
1084588--1084717	51	2.5	52	79	1	154	35	14	23	26	1.93
1084391--1084886	263	1.9	263	86	2	719	32	13	26	28	1.93
1084700--1084775	27	2.8	26	86	6	98	22	21	32	23	1.98
1084763--1084881	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
1087248--1087273	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1087227--1087293	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1087313--1087380	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1087335--1087359	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1087316--1087378	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1088309--1088651	129	2.7	129	85	0	445	11	19	20	47	1.81
1089044--1089093	26	2.0	24	84	7	64	72	4	0	24	1.02
1089068--1089105	15	2.7	14	84	8	51	71	0	0	28	0.87
1090573--1090771	43	4.7	43	76	3	152	30	17	31	20	1.96
1090574--1090770	42	4.6	42	75	5	135	30	17	30	20	1.96
1091212--1091658	55	8.0	54	84	7	579	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1091212--1091653	109	4.0	109	87	5	609	23	20	27	28	1.99
1091212--1091629	222	1.9	226	89	4	666	23	20	27	27	1.99
1092620--1092689	8	8.8	8	74	10	54	0	12	5	81	0.86
1092652--1092691	15	2.6	15	92	4	62	0	10	5	85	0.75
1098352--1098385	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
1105260--1105327	28	2.4	28	85	4	84	23	17	36	22	1.94
1105319--1105704	52	7.4	51	69	9	179	32	12	24	29	1.92
1105411--1105540	51	2.5	52	79	1	154	35	14	23	26	1.93
1105214--1105709	263	1.9	263	87	2	728	32	13	25	28	1.94
1105523--1105598	27	2.8	26	90	6	107	22	22	32	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11