genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156502--156527	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
156482--156545	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
157247--157290	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
159088--159126	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
161206--161237	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
165298--165323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
165278--165341	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
168929--168954	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
168910--168974	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
169920--169986	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
170465--170490	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
170580--170635	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
170623--170653	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
170677--170813	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
170893--170933	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
172475--172504	13	2.3	13	100	0	60	40	16	13	30	1.87
175653--175719	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
176178--176203	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
176293--176348	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
176336--176366	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
176390--176507	53	2.2	54	95	1	211	27	17	18	36	1.94
176587--176627	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179029--179903	312	2.8	310	82	4	940	38	20	17	23	1.93
178833--179903	156	6.9	156	79	6	789	39	20	16	23	1.92
179052--179918	157	5.6	155	80	6	829	38	20	17	24	1.93
180413--180700	150	1.9	149	83	9	372	38	12	12	36	1.81
180566--180803	127	1.9	127	90	3	381	40	12	11	35	1.78
180692--181148	163	2.8	163	90	1	675	40	9	12	36	1.76
182990--183024	16	2.2	16	89	0	52	8	14	0	77	0.99
185843--185868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
185823--185886	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
188419--188457	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
190224--190296	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
190242--190317	21	3.7	21	78	7	93	40	11	18	28	1.86
190224--190317	41	2.3	41	96	3	172	38	12	19	29	1.89
190356--190381	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
194418--194448	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
196462--196540	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
196527--196565	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
199012--199084	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
199030--199105	21	3.7	21	78	7	93	40	11	18	28	1.86
199012--199105	41	2.3	41	96	3	172	38	12	19	29	1.89
199144--199169	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
202359--202403	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204618--204643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
209078--209121	19	2.2	20	88	4	63	2	18	2	77	0.98
209350--209394	17	2.9	15	78	12	54	62	0	0	37	0.96
209353--209402	18	2.8	18	88	11	68	62	0	0	38	0.96
209787--209862	32	2.4	32	78	10	84	22	3	14	59	1.52
210665--210831	2	92.0	2	70	22	111	50	1	1	46	1.22
210669--210842	25	6.3	28	73	17	116	50	2	1	45	1.24
210664--210721	5	11.0	5	75	17	55	41	0	3	55	1.17
210741--210842	14	7.1	14	74	20	79	55	3	0	39	1.25
210741--210842	16	7.0	16	71	24	59	55	3	0	39	1.25
213192--213420	107	2.1	108	82	4	286	30	16	26	26	1.97
213297--213610	79	4.0	79	85	1	380	32	12	26	28	1.92
218414--219108	89	7.8	89	89	0	987	30	18	15	35	1.92
218414--219590	267	4.5	265	83	5	1437	30	18	14	36	1.91
219039--219176	68	2.0	68	91	2	224	25	18	17	38	1.92
218950--219265	157	2.0	157	86	2	438	28	18	15	37	1.91
219107--219590	89	5.4	88	86	2	612	31	17	14	36	1.89
218861--219354	246	2.0	246	90	0	774	29	18	15	37	1.91
218683--219527	424	2.0	424	91	0	1352	30	18	15	36	1.91
218594--219590	513	1.9	512	87	2	1475	31	17	14	36	1.91
219669--219751	2	47.0	2	68	23	53	42	2	1	54	1.21
219655--219748	7	13.4	7	71	20	72	39	2	1	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219671--219750	5	16.0	5	71	19	60	41	2	1	55	1.21
219653--219748	41	2.3	42	83	7	115	39	2	1	57	1.17
221061--221093	3	11.0	3	93	0	57	69	0	0	30	0.88
226668--226744	20	3.9	19	80	9	84	36	11	14	37	1.82
226706--226841	50	2.7	51	83	2	157	33	16	9	41	1.80
227220--227294	20	3.8	20	78	0	87	33	14	14	37	1.87
228227--228264	20	1.9	20	88	0	58	21	10	10	57	1.61
229178--229211	10	3.3	10	88	8	50	47	0	5	47	1.26
229177--229212	11	3.4	11	88	7	56	50	0	5	44	1.25
233871--234264	167	2.4	165	81	9	374	29	11	10	47	1.74
234982--235030	22	2.2	22	82	10	64	75	2	16	6	1.09
236144--236311	43	3.7	43	78	13	192	33	17	23	25	1.97
236098--236326	95	2.4	95	86	0	314	33	17	23	26	1.96
236391--236818	34	12.8	33	75	14	305	39	10	28	20	1.87
236391--236465	33	2.3	33	88	2	107	42	12	30	14	1.82
236391--236818	103	4.3	99	73	14	333	39	10	28	20	1.87
242865--242898	12	2.8	12	86	0	50	0	26	0	73	0.83
243390--243914	164	3.2	160	78	12	461	48	8	11	32	1.68
243552--243866	154	2.0	158	85	6	437	47	9	10	32	1.70
243833--243879	19	2.4	19	79	10	51	65	4	6	23	1.33
246398--246453	28	2.0	28	100	0	112	28	14	17	39	1.89
249600--249772	52	3.3	52	98	0	328	28	17	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249804--250525	49	14.9	49	85	6	986	31	17	26	24	1.97
249804--250525	98	7.4	98	92	5	1103	31	17	26	24	1.97
250343--250530	92	2.0	93	95	1	342	29	18	27	24	1.98
250525--250664	33	4.2	34	87	3	207	19	16	35	28	1.93
250525--250664	67	2.1	67	89	5	214	19	16	35	28	1.93
250646--251455	105	7.8	106	91	3	1131	33	11	34	20	1.89
250646--251465	70	11.8	69	85	8	956	34	11	34	20	1.89
251426--251706	32	9.0	31	82	7	327	31	16	28	23	1.96
251435--251700	62	4.3	62	94	1	435	30	16	28	23	1.96
252643--252674	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
252631--252673	9	4.9	9	80	5	52	0	9	4	86	0.71
252633--252657	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
252910--252983	14	5.6	13	79	20	75	0	0	16	83	0.64
252910--252984	17	4.5	16	82	14	82	0	0	16	84	0.63
259860--260032	52	3.3	52	98	0	328	28	17	17	35	1.94
259860--260052	104	1.9	104	91	2	316	30	17	18	34	1.94
260041--260065	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
260105--260174	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
260130--260154	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
261251--261530	149	1.9	150	82	3	359	36	16	19	27	1.93
263349--263377	10	3.0	10	95	5	51	68	0	0	31	0.89
263469--263820	166	2.1	165	80	9	392	48	6	13	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273670--273716	22	2.1	22	92	7	78	38	0	27	34	1.57
274409--274463	20	2.7	21	85	2	76	41	14	16	27	1.87
274515--274573	13	5.0	13	71	23	58	35	16	13	33	1.88
274495--274595	33	3.1	33	97	1	186	37	17	12	31	1.88
274528--274593	20	3.7	20	73	26	83	39	18	12	30	1.87
277511--277558	20	2.3	22	79	10	57	58	12	0	29	1.35
280311--280950	71	9.0	66	73	17	294	26	21	14	37	1.92
280310--281036	68	10.1	69	75	13	464	25	22	14	37	1.92
280342--281061	367	2.0	365	89	2	1122	26	22	13	37	1.92
281028--281110	41	2.0	42	83	2	105	22	24	10	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11