genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681324--1681393	20	3.7	20	69	18	67	32	12	20	34	1.90
1685272--1685351	33	2.4	33	85	0	106	37	11	15	36	1.83
1685293--1685350	13	4.9	13	72	23	56	32	13	15	37	1.87
1686166--1686225	24	2.5	25	76	17	72	40	0	16	43	1.48
1686259--1686299	21	2.0	21	85	0	55	21	21	2	53	1.57
1686765--1686805	22	2.0	21	90	9	66	39	12	7	41	1.70
1692277--1692510	57	4.1	57	77	6	204	30	17	26	25	1.97
1692526--1692593	28	2.4	28	87	4	93	27	23	17	30	1.97
1692682--1692792	28	4.0	27	76	6	87	28	19	22	28	1.98
1692671--1692806	56	2.4	56	80	0	146	28	21	22	27	1.99
1695440--1695469	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
1697867--1698034	51	3.3	50	82	3	221	29	25	12	32	1.92
1697973--1698220	79	3.1	79	80	7	220	26	25	14	33	1.94
1697776--1698115	180	1.9	180	81	7	413	27	25	13	33	1.93
1698099--1698275	79	2.2	79	87	4	250	24	24	16	33	1.96
1698968--1699178	29	7.3	29	80	8	184	32	30	17	19	1.95
1698962--1699178	57	3.8	56	79	10	242	31	31	17	19	1.95
1699218--1699285	21	3.2	21	62	25	52	26	26	16	30	1.96
1699204--1699459	43	5.8	43	84	5	341	26	26	17	29	1.98
1699353--1699420	21	3.2	21	62	25	52	23	25	19	32	1.97
1699240--1699416	92	1.9	92	88	0	264	25	25	17	31	1.97
1699195--1699478	135	2.1	135	93	0	487	26	26	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712412--1712464	14	3.9	14	78	14	58	83	16	0	0	0.66
1712412--1712463	20	2.6	19	91	8	86	82	17	0	0	0.66
1712414--1712464	26	2.0	26	84	7	68	82	17	0	0	0.67
1713555--1713899	43	7.7	43	81	7	375	24	26	17	31	1.97
1713648--1713711	21	3.0	21	62	20	51	26	26	18	28	1.98
1713670--1713948	49	5.9	49	75	9	267	25	25	16	32	1.96
1713554--1713899	135	2.6	129	81	8	404	25	26	17	31	1.97
1713562--1713938	184	2.1	178	85	3	493	25	25	17	31	1.97
1713627--1713938	92	3.4	92	91	0	489	25	25	17	31	1.97
1730871--1730920	19	2.5	19	81	15	57	84	6	10	0	0.79
1730871--1730923	11	4.7	11	77	11	54	83	5	11	0	0.81
1731995--1732355	55	6.2	55	84	6	339	27	27	19	25	1.99
1731991--1732553	122	4.8	120	80	8	538	26	26	19	27	1.99
1732016--1732553	61	9.0	60	81	7	485	26	26	19	27	1.99
1732560--1732825	41	6.2	41	72	12	142	20	23	12	43	1.85
1735288--1735384	51	1.9	51	84	0	131	31	22	9	36	1.86
1735193--1735465	129	2.1	129	87	4	399	27	25	13	33	1.93
1735322--1735704	79	4.9	79	79	6	355	25	26	14	33	1.94
1738140--1738174	10	3.5	10	92	0	61	42	8	28	20	1.81
1739050--1739107	30	1.9	30	89	0	89	34	25	6	32	1.83
1741394--1741450	29	2.0	29	100	0	114	29	17	3	49	1.63
1752112--1752418	165	1.9	166	86	2	447	29	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754290--1754763	81	5.9	81	80	5	414	36	10	24	27	1.89
1754327--1754768	161	2.8	157	80	6	451	36	11	24	27	1.89
1754462--1754756	80	3.7	80	80	13	274	37	10	23	27	1.88
1757128--1757263	51	2.7	52	84	4	163	41	13	13	31	1.84
1758928--1759065	50	2.7	51	82	2	161	42	14	13	30	1.84
1760012--1760132	44	2.8	44	87	0	161	39	14	25	20	1.90
1760145--1760266	63	1.9	66	86	5	178	34	14	23	27	1.94
1760043--1760455	186	2.3	183	81	9	470	38	14	24	22	1.92
1760504--1760750	76	3.2	76	95	0	422	38	15	23	21	1.92
1760300--1760983	379	1.8	380	84	3	939	38	15	23	22	1.92
1760790--1760917	43	3.0	42	80	10	134	38	14	25	21	1.92
1760797--1760930	44	3.1	42	80	6	135	39	14	26	19	1.90
1761991--1762045	19	2.8	20	80	5	76	38	16	14	30	1.89
1762632--1762674	22	2.0	20	86	8	59	39	20	4	34	1.74
1764223--1764270	21	2.3	20	80	13	53	47	0	18	33	1.49
1764230--1764271	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
1772586--1772809	114	2.0	113	80	6	256	33	12	14	39	1.85
1773193--1773246	20	2.9	18	79	12	56	59	0	7	33	1.25
1774840--1774871	15	2.1	15	100	0	64	56	18	12	12	1.67
1776485--1776735	130	1.9	131	86	4	364	34	13	23	28	1.93
1776613--1776893	79	3.6	78	80	3	339	33	13	25	27	1.93
1780271--1780330	22	2.6	23	80	12	70	31	5	11	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1785081--1785132	18	2.7	20	77	17	65	32	5	1	59	1.32
1786671--1786710	19	2.1	19	90	9	64	25	7	12	55	1.63
1788638--1788931	150	2.0	151	83	4	380	28	14	11	44	1.81
1794087--1794138	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1796694--1796731	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
1798809--1798839	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1803908--1803938	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1807963--1808014	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
1814232--1814657	92	4.6	92	85	0	530	28	24	13	33	1.93
1814239--1814657	184	2.3	184	86	0	586	28	24	13	33	1.93
1815241--1815598	44	8.2	44	75	7	309	20	22	14	42	1.88
1815247--1815595	87	4.0	84	80	9	310	20	22	14	42	1.88
1815262--1815588	175	1.9	175	81	5	401	20	22	14	42	1.88
1815292--1815656	131	2.8	132	79	5	375	20	23	14	41	1.89
1815240--1815656	131	3.2	131	78	6	328	20	22	15	42	1.89
1816865--1817255	162	2.4	162	84	3	498	28	13	9	47	1.75
1821419--1821515	48	2.0	48	86	7	135	40	22	17	19	1.92
1826664--1826703	20	2.1	20	86	9	57	55	17	0	27	1.43
1832023--1832500	166	2.9	166	84	8	603	50	9	11	28	1.69
1833630--1833807	84	2.1	82	77	6	178	43	13	23	19	1.86
1833799--1833993	81	2.4	82	84	4	243	39	12	27	20	1.89
1834252--1834561	132	2.3	132	79	2	343	40	15	21	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1834548--1834680	35	3.8	35	87	4	135	45	9	20	25	1.80
1834694--1834771	30	2.6	30	79	0	75	41	12	23	23	1.88
1834856--1835101	90	2.7	90	81	5	255	30	13	26	29	1.94
1835398--1835579	74	2.4	76	79	4	217	42	12	18	25	1.86
1836260--1836542	88	3.2	86	76	9	241	43	16	18	21	1.88
1836549--1836823	88	3.1	86	73	10	211	46	13	16	24	1.83
1836390--1836701	158	2.0	158	85	3	396	45	15	16	21	1.85
1837806--1837857	27	2.0	26	88	3	77	67	0	0	32	0.91
1838389--1838572	42	4.3	43	81	5	196	44	9	22	23	1.82
1838388--1838546	85	1.9	85	86	1	230	45	9	21	23	1.81
1839916--1840395	157	3.0	154	82	5	514	31	13	13	41	1.83
1845257--1845323	20	3.3	20	81	4	71	37	8	8	44	1.67
1845270--1845323	20	2.6	21	85	11	76	29	9	11	50	1.69
1849037--1850036	468	2.1	468	84	4	1273	36	21	17	25	1.94
1849037--1849944	156	5.8	157	83	4	964	35	21	16	25	1.94
1849037--1850243	156	7.7	153	79	6	916	36	20	17	25	1.94
1849160--1850195	468	2.2	468	81	6	1163	37	20	17	24	1.94
1850611--1850647	17	2.2	17	90	9	58	18	0	0	81	0.70
1851347--1851379	15	2.1	16	94	5	59	6	21	0	72	1.05
1852017--1852561	160	3.3	163	81	8	561	51	9	10	28	1.68
1853733--1853806	21	3.6	20	81	3	67	40	12	16	31	1.85
1853854--1853909	20	2.6	22	77	5	62	33	14	8	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856275--1856326	27	1.9	27	96	0	95	17	32	21	28	1.96
1857158--1857211	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
1865276--1865329	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
1865358--1865430	20	3.7	19	87	7	85	38	17	15	28	1.90
1868244--1868822	74	8.0	72	82	5	613	26	22	14	36	1.92
1868244--1868822	142	4.0	141	80	6	601	26	22	14	36	1.92
1868288--1868822	289	1.9	283	84	4	725	26	22	14	36	1.92
1873700--1873864	82	2.0	82	95	0	294	29	16	15	37	1.91
1877184--1877243	30	2.0	30	96	0	111	23	1	3	71	1.10
1883239--1883288	20	2.6	18	79	14	55	38	10	18	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11