genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  6  of  11  ( 1216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1105586--1105704	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
1109195--1109393	43	4.7	43	75	3	152	30	17	31	20	1.96
1109468--1109549	42	2.0	42	85	4	112	31	23	30	14	1.94
1109707--1110258	42	13.1	42	70	14	201	39	16	25	18	1.91
1109862--1110311	85	5.3	84	74	10	349	38	16	25	18	1.92
1109894--1110278	127	3.0	126	73	11	356	39	16	25	18	1.91
1110150--1110224	38	1.9	39	84	7	100	36	12	30	21	1.90
1110292--1110391	42	2.4	41	80	12	107	33	16	27	24	1.95
1109888--1110392	258	2.0	256	80	10	564	39	16	25	18	1.91
1110954--1111388	78	5.6	79	82	5	446	28	14	28	28	1.95
1111348--1111516	90	1.9	90	82	4	216	27	14	28	29	1.95
1111954--1112121	88	1.9	88	86	0	237	45	12	17	24	1.82
1111966--1112154	88	2.1	88	82	1	227	46	14	16	22	1.83
1112895--1113003	45	2.3	48	85	7	143	27	15	11	45	1.80
1113855--1113902	21	2.5	20	87	12	73	27	22	12	37	1.90
1120071--1120124	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
1120153--1120208	20	2.8	20	100	0	112	35	14	10	39	1.81
1121857--1122137	79	3.6	77	81	7	318	30	17	26	24	1.97
1122654--1122991	76	4.3	79	80	7	357	33	14	25	26	1.94
1122928--1123042	51	2.3	51	84	4	153	28	13	27	29	1.95
1125015--1125040	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1125100--1125172	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1125079--1125155	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1125079--1125172	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1127612--1127650	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1129729--1129759	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1133821--1133846	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1133906--1133978	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1133885--1133961	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1133885--1133978	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1135426--1135468	20	2.1	21	95	4	79	37	11	18	32	1.87
1135511--1135552	21	2.0	21	90	0	66	30	16	7	45	1.74
1135569--1135620	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1135577--1135639	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
1135569--1135641	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1136496--1137034	55	9.4	56	86	7	619	25	20	26	26	1.99
1136645--1136786	28	5.1	28	60	21	66	26	19	25	28	1.98
1136782--1136869	26	3.3	26	66	25	74	23	21	29	25	1.99
1137055--1137812	55	13.4	54	71	15	379	24	19	29	25	1.99
1136736--1137811	331	3.2	328	84	8	1200	24	19	29	26	1.99
1137383--1137812	61	7.4	58	81	10	451	23	20	29	26	1.99
1137228--1137523	160	1.9	155	85	8	411	25	19	29	25	1.98
1136561--1137638	270	3.9	270	76	12	791	25	20	28	26	1.99
1137652--1137782	26	4.9	27	66	18	78	20	18	32	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137383--1137813	168	2.5	171	86	5	579	23	20	29	25	1.99
1149102--1149138	4	9.2	4	93	0	65	72	2	0	24	0.97
1151206--1151542	79	4.3	78	81	6	335	33	15	25	26	1.95
1151213--1151494	155	1.8	157	84	6	394	31	16	26	24	1.96
1151213--1151542	155	2.1	157	82	6	393	32	15	26	26	1.95
1154023--1154047	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1154035--1154077	21	2.0	21	100	0	86	27	18	9	44	1.80
1154102--1154151	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
1158346--1158472	34	3.8	33	72	15	98	26	25	11	36	1.90
1158390--1158652	27	8.8	32	75	14	131	23	29	13	33	1.93
1158356--1158500	66	2.2	66	85	2	184	27	26	12	33	1.92
1158513--1158659	27	5.4	27	89	1	204	23	29	13	33	1.93
1158512--1158682	55	3.1	55	84	1	227	23	30	12	33	1.92
1158513--1158682	27	6.3	27	86	1	196	23	30	12	33	1.92
1158516--1158682	54	3.1	54	84	1	217	23	29	13	33	1.93
1158705--1158791	32	2.7	33	77	8	90	31	33	13	21	1.93
1158808--1159256	28	15.5	28	78	6	281	30	28	16	24	1.96
1158906--1158983	32	2.5	32	86	12	101	30	24	17	26	1.97
1158671--1159256	56	9.9	56	73	10	321	29	28	16	25	1.97
1160089--1160203	51	2.3	51	93	0	194	26	18	11	43	1.84
1165844--1165974	64	2.0	64	97	0	244	40	13	19	25	1.89
1168095--1169122	154	6.7	154	82	4	1073	37	19	18	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1171029--1171110	43	1.9	43	90	5	130	9	23	19	47	1.79
1171010--1171310	129	2.3	129	83	1	343	11	18	21	47	1.81
1171088--1171366	129	2.2	129	86	0	378	11	17	21	49	1.79
1177125--1177149	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
1177292--1177323	16	2.1	16	94	5	57	34	12	9	43	1.75
1179101--1179170	35	2.0	35	85	0	95	28	18	21	31	1.97
1179680--1180118	78	5.6	76	84	7	490	26	19	12	41	1.87
1181208--1181237	14	2.1	15	93	6	53	0	13	0	86	0.57
1187617--1187647	13	2.5	13	94	5	55	41	12	16	29	1.85
1187602--1187667	33	2.0	33	87	0	96	40	12	12	34	1.80
1187634--1187690	20	2.8	20	97	0	105	33	10	12	43	1.76
1189363--1189966	301	2.0	301	93	0	1019	22	21	20	36	1.96
1192501--1192579	39	2.0	40	95	2	142	29	18	20	31	1.97
1196501--1196714	99	2.1	99	87	5	225	38	10	23	27	1.87
1196503--1196714	101	2.1	99	88	5	311	37	10	24	27	1.88
1196503--1196741	101	2.4	100	84	6	263	39	9	22	28	1.86
1196503--1196770	101	2.7	101	81	8	228	41	8	21	28	1.83
1199206--1199283	20	3.9	20	71	6	68	42	11	12	33	1.79
1215916--1216122	31	6.4	32	72	9	100	28	27	16	28	1.97
1215997--1216111	31	3.7	31	81	3	133	31	27	18	22	1.97
1216416--1216557	51	2.8	52	90	1	205	25	26	16	32	1.96
1217359--1217479	52	2.4	52	88	2	174	30	13	13	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1221918--1222064	62	2.4	62	86	1	206	28	16	12	42	1.84
1235923--1235947	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
1239331--1239376	9	5.0	9	89	5	74	84	15	0	0	0.62
1239332--1239407	11	7.4	10	76	14	66	82	13	2	1	0.83
1239330--1239376	19	2.5	19	93	3	78	82	17	0	0	0.66
1239341--1239400	10	5.5	11	78	11	61	83	13	1	1	0.80
1239332--1239400	20	3.2	21	78	13	70	84	13	1	1	0.77
1239331--1239400	32	2.3	30	87	7	104	82	14	1	1	0.80
1239338--1239401	22	3.0	21	83	2	74	81	15	1	1	0.85
1240619--1241454	28	29.5	28	86	1	1024	30	29	17	23	1.97
1241911--1242424	253	2.0	253	97	0	974	27	21	19	31	1.97
1242570--1242616	20	2.3	20	81	0	58	29	12	14	42	1.83
1247571--1247678	56	1.9	56	94	3	191	57	13	18	10	1.64
1251787--1251834	21	2.3	21	96	3	89	25	27	0	47	1.52
1253606--1253852	32	7.9	32	78	9	260	24	29	14	31	1.95
1253599--1253846	63	4.0	63	80	9	258	24	28	14	32	1.95
1253606--1253852	95	2.6	94	87	3	340	24	29	14	31	1.95
1253826--1253905	35	2.3	34	80	6	90	22	26	13	37	1.91
1253855--1254191	32	10.9	30	77	12	260	20	27	13	38	1.90
1253856--1254197	95	3.7	95	79	10	298	20	28	12	38	1.89
1254165--1254224	27	2.2	27	87	0	84	21	31	11	35	1.90
1253891--1254224	63	5.5	60	79	12	319	20	28	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1254451--1254707	32	8.0	32	85	5	306	29	28	19	22	1.98
1254451--1254707	96	2.7	97	85	4	344	29	28	19	22	1.98
1254732--1254879	43	3.2	43	75	17	145	26	24	18	31	1.97
1254747--1254854	52	2.1	52	91	3	173	25	25	17	32	1.97
1254801--1254893	43	2.2	43	90	0	141	27	23	18	30	1.98
1254732--1254945	95	2.3	95	83	1	259	25	24	18	31	1.97
1254851--1254983	52	2.7	49	81	5	142	25	23	16	34	1.95
1255182--1255315	61	2.2	61	80	5	146	24	24	14	36	1.93
1255294--1255644	153	2.3	152	82	7	385	23	24	16	35	1.95
1255296--1255588	52	5.7	52	78	8	269	23	23	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11