genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1513466--1513490	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
1513466--1513517	16	3.1	16	74	15	50	1	9	5	82	0.90
1513762--1513786	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
1513757--1513796	15	2.6	16	84	8	55	2	5	7	85	0.83
1520686--1520810	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1520686--1520830	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
1520819--1520843	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1520908--1520932	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1520887--1520952	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
1522001--1522053	27	2.0	27	92	0	88	35	13	26	24	1.92
1522406--1522430	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1522419--1522469	20	2.5	21	84	9	70	41	13	17	27	1.87
1524116--1524160	9	5.0	9	94	0	72	42	2	33	22	1.66
1524121--1524160	3	13.3	3	83	0	53	40	0	35	25	1.56
1528703--1528738	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
1528870--1528910	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
1529174--1529224	20	2.4	20	83	9	57	21	49	23	5	1.71
1531210--1531260	20	2.5	20	87	0	75	41	13	15	29	1.86
1531293--1531343	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
1534277--1534358	35	2.5	33	81	16	107	34	20	13	31	1.91
1534805--1534859	21	2.7	21	85	2	67	40	14	9	36	1.78
1536122--1536153	12	2.7	12	100	0	64	15	40	9	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540183--1540231	20	2.5	20	93	0	80	32	12	14	40	1.83
1543197--1543227	15	2.0	16	93	6	55	45	12	19	22	1.84
1544861--1544924	13	4.9	13	70	12	51	37	14	15	32	1.87
1544843--1544895	14	3.8	14	80	5	54	41	11	15	32	1.82
1544942--1545172	33	7.1	33	79	3	220	29	29	15	25	1.96
1545434--1545654	61	3.6	61	78	0	199	22	22	16	38	1.92
1546481--1546511	16	1.9	16	93	0	53	32	19	12	35	1.90
1548598--1548845	96	2.6	97	81	3	295	27	27	12	32	1.92
1552027--1552071	23	1.9	24	95	4	83	31	11	6	51	1.63
1554119--1554152	4	8.5	4	93	0	59	2	23	0	73	0.97
1554220--1554263	21	2.0	21	86	4	61	45	4	6	43	1.51
1554925--1554987	28	2.2	28	94	0	108	39	6	6	47	1.54
1555608--1555653	20	2.2	20	88	3	65	43	0	0	56	0.99
1555613--1555661	20	2.6	19	81	9	57	46	0	0	53	1.00
1557164--1557224	30	2.0	31	83	3	79	54	1	1	42	1.20
1557185--1557250	26	2.5	27	87	7	100	56	0	0	43	0.99
1557516--1557559	18	2.5	17	85	7	52	38	0	2	59	1.10
1557611--1557644	18	1.9	18	88	5	52	11	17	17	52	1.73
1559829--1559864	16	2.3	16	90	4	56	61	0	2	36	1.11
1559895--1559945	22	2.3	21	78	21	52	49	1	9	39	1.47
1559888--1560339	164	2.7	166	77	8	469	50	8	8	32	1.63
1560054--1560426	166	2.3	164	81	7	416	51	8	9	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1563519--1563561	21	2.0	21	95	0	77	18	11	13	55	1.68
1564530--1564560	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
1564588--1564625	13	2.9	13	96	0	67	39	15	13	31	1.86
1566950--1566974	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1566962--1566997	19	1.9	18	94	5	63	33	11	11	44	1.75
1567016--1567051	11	3.1	11	92	8	54	36	11	16	36	1.84
1567017--1567053	13	3.1	12	92	7	58	35	13	16	35	1.88
1567062--1567186	52	2.4	52	95	0	223	34	18	19	28	1.95
1573860--1573884	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1576061--1576106	21	2.2	21	96	0	83	60	15	6	17	1.55
1576607--1576633	10	2.7	10	100	0	54	77	0	11	11	0.99
1577327--1577366	19	2.0	19	85	9	53	80	0	2	17	0.83
1577299--1577355	27	2.1	27	80	6	62	71	3	1	22	1.10
1581518--1581593	20	3.8	20	80	0	89	40	13	13	32	1.83
1581519--1581599	40	2.0	41	90	2	128	38	14	12	34	1.84
1581637--1581691	20	2.7	21	80	11	69	34	16	10	38	1.84
1584122--1584147	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1588264--1588320	20	2.7	21	91	8	89	42	12	21	24	1.87
1589075--1589141	20	3.4	19	75	8	62	31	10	14	43	1.80
1589887--1589922	15	2.4	15	95	0	63	8	11	11	69	1.37
1591141--1591191	27	1.9	26	96	4	93	17	33	21	27	1.96
1597581--1597623	21	2.0	21	95	0	77	18	11	13	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1598592--1598622	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
1598650--1598687	13	2.9	13	96	0	67	39	15	13	31	1.86
1601013--1601037	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1601025--1601060	19	1.9	18	94	5	63	33	11	11	44	1.75
1601079--1601114	11	3.1	11	92	8	54	36	11	16	36	1.84
1601080--1601116	13	3.1	12	92	7	58	35	13	16	35	1.88
1601125--1601249	52	2.4	52	95	0	223	34	18	19	28	1.95
1607922--1607946	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1610123--1610168	21	2.2	21	96	0	83	60	15	6	17	1.55
1610669--1610695	10	2.7	10	100	0	54	77	0	11	11	0.99
1611389--1611428	19	2.0	19	85	9	53	80	0	2	17	0.83
1611361--1611417	27	2.1	27	80	6	62	71	3	1	22	1.10
1615579--1615654	20	3.8	20	80	0	89	40	13	13	32	1.83
1615580--1615660	40	2.0	41	90	2	128	38	14	12	34	1.84
1615698--1615752	20	2.7	21	80	11	69	34	16	10	38	1.84
1618183--1618208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1622324--1622380	20	2.7	21	91	8	89	42	12	21	24	1.87
1623135--1623201	20	3.4	19	75	8	62	31	10	14	43	1.80
1623947--1623982	15	2.4	15	95	0	63	8	11	11	69	1.37
1625201--1625251	27	1.9	26	96	4	93	17	33	21	27	1.96
1630498--1630693	98	2.0	99	96	1	367	34	26	13	26	1.93
1636986--1637021	16	2.3	15	90	9	63	91	5	2	0	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636978--1637023	20	2.3	19	88	7	65	86	6	6	0	0.69
1638278--1638303	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1638290--1638342	21	2.6	19	81	18	63	37	15	13	33	1.86
1638402--1638427	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1638384--1638447	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
1644511--1644576	20	3.7	20	73	26	83	27	21	18	33	1.96
1644531--1644588	13	4.9	13	68	23	56	29	18	18	32	1.96
1644511--1644588	33	2.4	33	100	0	156	28	20	17	33	1.96
1646447--1646489	20	2.0	22	91	8	72	32	0	30	37	1.58
1647151--1647202	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
1648080--1648105	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1648062--1648125	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1648563--1648629	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1651793--1651817	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1653681--1653706	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1653663--1653726	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1654164--1654230	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1655066--1655278	28	7.5	28	83	5	234	30	28	16	25	1.97
1655066--1655311	56	4.2	56	82	7	262	29	28	16	24	1.97
1655066--1655278	84	2.5	84	85	5	268	30	28	16	25	1.97
1655285--1655364	32	2.5	33	89	4	126	26	30	21	22	1.99
1656076--1656190	51	2.3	51	83	7	155	27	16	13	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1664047--1664127	37	2.4	33	87	10	110	29	18	19	32	1.96
1664136--1664160	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1664203--1664299	19	5.8	18	69	30	81	37	17	12	32	1.87
1664222--1664274	13	3.6	13	73	26	52	32	16	15	35	1.90
1664201--1664297	32	3.0	32	95	3	169	36	17	12	34	1.87
1667985--1668079	20	4.8	19	82	7	109	28	17	13	40	1.88
1670451--1670568	51	2.3	51	85	0	164	30	26	11	31	1.92
1670396--1670643	130	1.9	127	80	7	286	29	25	12	32	1.93
1670500--1670806	79	3.9	79	78	6	318	27	26	14	32	1.94
1679427--1679475	20	2.5	20	93	0	80	38	20	10	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11