genome.fa.s22.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold22
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1926927

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1401147--1401326	65	2.8	65	81	6	186	22	18	30	28	1.97
1401202--1401372	65	2.6	64	78	11	170	19	16	33	29	1.94
1406841--1406968	34	3.7	34	87	5	177	33	10	25	29	1.90
1407001--1407059	31	1.9	31	93	3	102	32	15	22	30	1.94
1410763--1410804	19	2.3	19	80	19	61	76	23	0	0	0.79
1412072--1412601	62	8.5	61	79	7	496	22	29	15	33	1.94
1412072--1412601	155	3.4	154	80	7	516	22	29	15	33	1.94
1412072--1412601	123	4.2	123	84	6	599	22	29	15	33	1.94
1412083--1412601	93	5.5	93	81	8	452	22	29	15	32	1.95
1412582--1412913	33	10.8	33	74	17	159	21	34	12	30	1.92
1412610--1413008	27	13.5	27	75	18	248	22	33	12	31	1.91
1412583--1412882	60	5.0	60	80	11	299	22	34	13	30	1.92
1412583--1412942	180	2.0	180	84	3	474	21	34	13	31	1.91
1412582--1412882	120	2.5	121	79	12	332	22	33	12	30	1.92
1412817--1412998	33	5.8	33	76	15	156	20	32	12	34	1.90
1412850--1413001	61	2.5	61	88	6	229	19	32	12	34	1.89
1412910--1412976	34	2.0	34	91	5	109	17	31	11	38	1.87
1412998--1413287	51	5.8	53	73	13	163	24	24	18	32	1.97
1413098--1413188	43	2.1	43	83	0	110	25	20	20	32	1.97
1413047--1413235	95	2.0	94	84	1	243	23	24	20	31	1.98
1413331--1413856	49	10.5	49	72	7	340	22	24	18	33	1.97
1413292--1413727	49	8.6	52	74	5	367	22	24	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1413289--1413819	101	5.3	101	84	2	606	22	24	18	33	1.97
1412998--1413817	202	4.2	199	76	11	699	23	24	18	33	1.97
1418071--1418286	42	5.2	41	78	6	166	16	28	17	37	1.92
1418081--1418286	84	2.5	83	80	4	207	16	28	18	36	1.92
1418330--1419627	86	15.0	86	71	11	474	18	27	17	37	1.93
1418262--1418698	214	2.0	210	80	7	479	19	28	17	34	1.95
1418395--1418621	85	2.7	83	80	11	244	19	26	18	35	1.95
1418434--1418664	128	1.8	128	83	5	315	19	27	16	36	1.93
1418311--1418803	43	11.5	43	75	6	284	20	26	17	35	1.94
1418330--1419627	129	10.0	129	72	9	693	18	27	17	37	1.93
1418833--1419634	43	18.7	43	75	9	410	16	27	17	37	1.92
1418964--1419080	38	2.9	39	72	10	119	14	24	20	40	1.90
1419595--1419782	42	4.5	42	76	8	159	20	30	14	34	1.93
1419578--1419793	84	2.6	85	81	7	226	21	30	14	33	1.93
1419659--1419847	85	2.2	85	80	10	226	20	28	14	36	1.92
1421951--1422040	35	2.6	35	76	13	87	23	30	14	32	1.94
1422016--1422212	42	4.6	42	73	15	147	21	25	12	40	1.88
1422053--1422206	41	3.6	43	73	14	115	19	25	11	42	1.85
1422228--1422344	31	3.8	31	70	8	94	28	29	24	17	1.98
1422227--1422343	62	1.9	62	87	0	171	28	28	24	18	1.98
1422403--1422942	31	16.9	32	73	9	354	31	28	23	16	1.96
1422593--1422731	72	1.9	72	86	2	199	33	29	22	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422562--1422769	103	2.0	103	87	0	299	32	29	23	14	1.95
1422500--1422808	165	1.9	165	86	0	438	31	29	22	15	1.95
1426815--1426845	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
1430273--1430311	20	2.0	20	94	0	69	35	10	15	38	1.81
1431406--1431490	42	2.0	42	100	0	170	25	18	9	45	1.79
1432769--1432981	81	2.7	80	85	2	259	27	26	12	34	1.92
1432800--1433053	79	3.2	79	82	4	235	26	25	13	34	1.93
1433069--1433102	18	1.9	18	88	5	52	20	20	11	47	1.81
1439921--1439974	20	2.7	20	85	2	63	35	16	7	40	1.77
1440643--1441084	52	8.3	52	75	11	308	35	15	24	23	1.94
1441327--1441606	31	8.7	32	84	3	305	20	18	30	31	1.96
1441327--1441606	66	4.4	63	83	5	312	20	18	30	31	1.96
1441623--1441721	27	3.4	27	75	17	92	31	8	31	29	1.86
1441637--1441789	33	4.9	32	77	11	158	36	9	28	26	1.87
1441623--1441746	60	2.1	60	89	3	187	33	8	30	27	1.87
1441679--1441816	27	4.7	27	75	10	78	36	10	26	26	1.89
1441617--1441850	91	2.6	91	77	11	250	36	10	27	24	1.89
1445645--1445720	20	3.7	20	77	6	71	38	10	14	36	1.81
1445775--1445821	21	2.3	21	81	3	60	29	17	10	42	1.82
1446362--1446412	20	2.5	20	90	6	77	37	11	17	33	1.86
1457444--1457468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1457514--1457571	20	3.1	18	76	11	62	32	15	13	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458194--1458486	52	5.7	51	79	7	274	34	16	24	24	1.95
1458165--1458497	101	3.3	101	81	5	352	32	15	26	25	1.96
1458551--1458883	39	7.8	39	70	16	189	26	19	26	27	1.99
1458590--1458846	48	5.8	46	68	17	184	27	20	26	25	1.99
1458413--1458934	87	6.0	88	88	0	708	28	18	26	27	1.98
1459037--1459606	33	17.6	33	70	16	302	35	12	30	20	1.90
1459202--1459254	27	2.0	27	88	0	79	26	15	33	24	1.95
1459076--1459584	65	7.9	62	75	13	309	36	11	30	20	1.89
1459144--1459591	130	3.5	127	76	10	369	36	11	30	21	1.89
1459325--1459384	27	2.2	27	90	0	93	31	13	33	21	1.92
1459450--1459577	70	1.9	66	85	9	177	36	11	31	20	1.88
1459520--1459579	27	2.2	27	93	0	102	31	11	35	21	1.90
1459167--1459621	195	2.4	194	88	2	668	35	11	30	21	1.89
1459586--1459700	31	3.8	31	77	8	112	31	16	26	26	1.97
1459650--1459733	30	2.7	31	75	3	89	35	20	21	22	1.96
1459542--1459768	92	2.5	90	73	16	225	36	14	26	22	1.93
1459788--1459952	30	5.3	30	83	5	204	35	15	26	23	1.94
1459788--1459962	63	2.8	62	81	6	228	36	14	26	22	1.92
1464518--1464622	50	2.0	53	85	5	144	29	25	10	34	1.89
1472088--1472130	20	2.2	20	83	8	52	34	18	4	41	1.71
1472168--1472236	21	3.3	21	79	0	84	40	10	15	33	1.81
1472168--1472244	21	3.7	21	82	0	82	40	10	15	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472723--1472751	15	1.9	15	100	0	58	27	13	6	51	1.66
1473870--1473924	21	2.7	20	86	8	67	27	14	12	45	1.81
1477366--1477413	23	2.2	23	81	7	55	16	10	10	62	1.53
1478087--1478261	27	6.5	27	83	2	190	28	17	33	21	1.95
1478087--1478277	81	2.4	81	82	3	213	28	16	33	21	1.95
1479740--1479777	9	4.3	9	83	6	51	2	2	7	86	0.74
1492198--1492248	20	2.5	20	90	6	77	31	11	19	37	1.88
1492924--1492990	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1493431--1493473	22	2.0	22	95	0	77	34	11	23	30	1.90
1493611--1493635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1493716--1493756	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
1496476--1496530	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
1496491--1496534	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1498091--1498157	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
1498598--1498640	22	2.0	22	95	0	77	34	11	23	30	1.90
1498698--1498753	22	2.5	22	94	0	94	37	14	23	25	1.92
1498800--1498824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1498905--1498945	21	2.0	21	85	9	57	34	14	14	36	1.87
1499314--1499408	47	2.0	47	93	4	165	20	23	16	40	1.91
1506708--1506766	13	4.1	13	75	23	55	27	16	15	40	1.89
1506747--1506787	20	2.0	21	95	4	75	34	12	19	34	1.89
1506832--1506861	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510020--1510147	68	1.9	69	86	1	186	38	11	25	25	1.89
1510164--1511304	49	23.7	49	83	8	1448	30	17	26	25	1.98
1510164--1511304	483	2.4	478	93	2	1896	30	17	26	25	1.98
1510164--1511304	385	3.0	385	95	1	2004	30	17	26	25	1.98
1511297--1511428	32	4.2	32	88	9	202	15	18	37	28	1.92
1511297--1511434	63	2.2	62	87	6	217	16	18	37	27	1.92
1511420--1512356	34	29.2	34	75	14	766	31	12	33	21	1.91
1511435--1512356	63	14.4	63	81	10	939	31	12	33	21	1.91
1511636--1512362	187	3.8	188	95	2	1187	30	12	34	22	1.91
1512275--1512513	31	7.7	31	82	10	211	27	16	31	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11