genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3149--3200	11	4.8	11	84	9	63	0	23	0	76	0.78
3151--3198	23	2.0	24	92	4	80	0	22	0	77	0.78
9651--9828	66	2.7	67	84	3	225	24	15	32	28	1.95
9865--10173	73	4.3	72	75	7	277	29	12	26	31	1.93
10438--10535	36	3.0	33	81	14	114	31	26	10	31	1.89
10922--10975	20	2.7	20	91	0	81	37	18	9	35	1.83
11021--11083	32	1.9	33	90	3	101	39	14	17	28	1.89
12863--12888	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
13090--13177	40	2.2	40	95	2	160	44	12	15	27	1.83
14409--14452	21	2.1	21	87	8	63	20	18	2	59	1.49
16006--16160	32	4.6	32	75	12	150	31	24	12	30	1.93
16023--16162	36	4.0	36	81	8	173	27	26	12	33	1.92
16002--16160	68	2.4	68	92	2	259	30	24	12	32	1.92
25279--25304	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
25259--25322	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
25259--25322	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
27758--27795	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
29867--29897	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
33378--33428	19	2.6	19	90	3	75	27	9	15	47	1.77
36505--36578	11	6.9	11	73	21	52	39	0	0	60	0.97
36517--36604	16	5.8	16	74	17	89	39	0	0	60	0.97
36494--36626	43	3.1	43	92	5	209	38	0	0	60	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36494--36606	27	4.0	27	68	29	74	39	0	0	59	1.04
36618--36676	15	3.7	16	77	20	61	40	0	1	57	1.09
36646--36678	8	4.2	8	88	7	50	42	0	0	57	0.98
36545--36672	57	2.3	57	78	10	140	39	0	0	60	1.03
36599--36678	40	2.0	41	83	14	103	40	0	1	58	1.06
40093--40117	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40199--40250	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
46375--46399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
48991--49042	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
50593--50679	7	12.0	7	77	15	88	85	14	0	0	0.61
50594--50680	24	3.8	23	83	10	108	86	13	0	0	0.58
50598--50680	16	5.3	15	87	11	98	85	14	0	0	0.60
50594--50667	1	74.0	1	75	0	67	87	12	0	0	0.53
51702--51786	37	2.3	37	100	0	170	25	15	15	43	1.86
51753--51867	57	2.0	57	98	0	221	19	21	12	46	1.82
52309--52334	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54545--54589	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
58437--58516	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
58502--58540	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
61083--61108	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62138--62435	28	10.5	29	78	9	235	30	27	18	23	1.97
62138--62389	57	4.4	57	85	5	298	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62143--62389	85	2.9	85	83	3	302	29	27	19	23	1.98
62444--63308	49	17.9	49	75	9	733	24	25	17	32	1.96
64051--64104	21	2.6	21	87	0	81	44	12	12	29	1.80
64155--64267	33	3.4	33	100	0	226	32	15	12	39	1.84
64155--64285	66	2.0	66	90	0	208	32	15	12	39	1.84
67456--67505	20	2.5	20	93	0	82	40	22	8	30	1.82
67551--67613	32	1.9	33	87	3	92	41	14	14	30	1.85
67604--67642	20	1.9	21	94	5	71	25	15	23	35	1.94
67691--67734	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
69461--69770	167	1.9	166	85	3	435	34	10	6	48	1.63
73894--73918	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
78999--79515	47	11.0	47	76	4	398	21	21	16	40	1.91
79085--79350	95	2.9	94	82	2	268	22	22	15	39	1.92
79176--79518	142	2.4	141	78	4	357	22	20	15	40	1.90
78999--79518	93	5.5	93	78	4	371	21	21	16	40	1.91
79406--79518	48	2.4	47	83	4	136	24	18	14	42	1.87
82613--82736	52	2.4	51	93	4	205	29	17	18	34	1.94
82613--82756	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	33	1.94
82745--82769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82810--82876	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
82832--82856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82885--84010	49	23.9	49	82	9	1380	31	18	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82878--84015	92	12.1	92	90	5	1440	31	18	25	24	1.97
84010--84080	33	2.1	35	94	5	128	21	16	36	25	1.94
84064--84270	34	5.9	35	84	12	264	33	12	34	19	1.89
84064--84270	71	2.9	69	90	4	308	33	12	34	19	1.89
84315--84457	62	2.3	62	85	9	195	25	19	29	25	1.99
84315--84457	31	4.6	31	83	10	177	25	19	29	25	1.99
85426--85463	10	3.9	10	79	6	51	0	7	5	86	0.69
90753--91269	47	11.0	47	76	4	398	21	21	16	40	1.91
90839--91104	95	2.9	94	82	2	268	22	22	15	39	1.92
90930--91272	142	2.4	141	78	4	357	22	20	15	40	1.90
90753--91272	93	5.5	93	78	4	371	21	21	16	40	1.91
91160--91272	48	2.4	47	83	4	136	24	18	14	42	1.87
94537--94603	37	1.9	35	88	11	102	28	25	13	32	1.93
95064--95089	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95149--95221	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
95128--95204	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
95128--95221	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
95599--95722	52	2.4	52	93	4	207	29	17	17	35	1.93
95599--95742	52	2.8	50	84	13	177	30	17	18	34	1.94
95731--95755	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95796--95862	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
95818--95842	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97610--97648	18	2.2	19	81	13	55	23	7	5	64	1.40
98575--98617	11	3.7	11	76	11	50	81	2	16	0	0.79
108464--108907	89	5.0	87	78	7	380	29	23	10	35	1.89
108513--108907	88	4.5	88	78	8	367	29	22	11	36	1.89
113375--113449	20	3.8	20	73	3	62	44	10	12	33	1.76
113372--113449	40	2.0	39	87	7	113	43	11	11	33	1.77
117898--117925	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
119933--119990	15	3.6	17	70	27	54	72	0	25	1	0.94
119963--119996	13	2.6	13	80	0	50	79	0	20	0	0.73
121057--121330	148	1.9	146	79	3	316	35	13	13	37	1.84
121551--122243	155	4.5	155	75	8	498	23	17	20	38	1.93
131601--131681	39	2.0	40	81	6	94	34	24	4	35	1.77
133046--133088	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
133531--133567	13	2.8	13	91	0	56	40	16	13	29	1.86
138442--138467	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
139167--139210	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
141017--141055	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
141041--141120	20	3.8	20	76	15	79	42	13	15	28	1.85
143134--143164	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
144948--144992	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
147217--147242	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
149675--149700	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149655--149718	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
150139--150304	51	3.3	50	79	6	156	31	10	25	32	1.89
158124--158178	19	2.8	19	86	2	83	40	16	14	29	1.88
158164--158190	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
162883--162921	18	2.0	20	85	14	55	28	20	0	51	1.48
162954--163002	22	2.2	22	92	0	80	46	26	0	26	1.53
164049--164103	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
164064--164107	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
166808--166839	12	2.8	12	95	4	57	0	15	0	84	0.63
169152--169819	337	2.0	336	94	0	1167	32	11	18	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16