genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158424--2158463	20	2.0	20	100	0	80	30	15	20	35	1.93
2163451--2163503	24	2.2	24	96	0	97	43	22	7	26	1.80
2166521--2166644	65	1.9	66	83	5	162	50	4	17	27	1.64
2167865--2167911	18	2.3	19	79	20	51	46	2	4	46	1.34
2168587--2168682	28	3.5	27	81	16	92	15	6	1	77	1.03
2171261--2171315	21	2.6	21	82	0	65	40	9	18	32	1.82
2171374--2171423	20	2.5	20	87	9	75	48	14	4	34	1.62
2172396--2172597	79	2.6	79	82	4	221	30	16	28	25	1.97
2172549--2172620	28	2.6	28	88	4	101	25	19	33	22	1.97
2172609--2172733	52	2.4	52	78	6	137	32	12	24	30	1.92
2175092--2175117	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2175071--2175137	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2175157--2175224	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2175179--2175203	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2175160--2175222	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2175295--2175320	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
2175913--2176865	55	17.3	55	91	3	1455	21	20	29	28	1.98
2176157--2176242	29	3.1	29	64	21	74	19	19	31	29	1.97
2177848--2177891	21	2.2	21	84	8	56	0	9	4	86	0.70
2190295--2190496	79	2.6	79	82	3	219	29	15	29	25	1.96
2190451--2190522	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2192993--2193018	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192972--2193038	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2193058--2193125	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2193080--2193104	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2193061--2193123	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2193181--2193237	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2193249--2193274	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
2193500--2193537	20	1.9	20	88	0	58	44	10	13	31	1.77
2196372--2196488	21	5.8	21	66	20	63	42	0	2	54	1.14
2196422--2196492	15	4.7	15	71	11	65	42	0	1	56	1.08
2196784--2196933	5	31.0	5	67	17	68	42	0	0	56	1.09
2196782--2196934	8	17.4	9	67	20	58	43	0	0	55	1.09
2197125--2197180	14	4.0	14	75	13	53	41	1	0	57	1.09
2203308--2203341	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2204616--2204677	16	3.9	15	75	8	52	35	0	0	64	0.94
2206089--2206121	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2207575--2207599	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2207751--2207877	15	8.5	15	67	19	52	61	4	12	21	1.49
2207751--2207797	15	3.2	15	81	6	60	55	4	17	23	1.59
2207815--2207865	26	2.0	26	88	7	77	62	5	11	19	1.49
2211360--2211384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2211393--2211516	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
2214741--2214815	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2214741--2214818	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2223245--2223956	27	26.0	27	88	2	1028	23	33	13	29	1.93
2223245--2223956	55	13.0	54	87	4	957	23	33	13	29	1.93
2223245--2223956	82	8.7	81	89	2	1028	23	33	13	29	1.93
2223939--2224545	32	19.0	32	94	0	1018	31	35	17	14	1.91
2225000--2225074	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2225000--2225077	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2233501--2234212	27	26.0	27	88	2	1028	23	33	13	29	1.93
2233501--2234212	55	13.0	54	87	4	957	23	33	13	29	1.93
2233501--2234212	82	8.7	81	89	2	1028	23	33	13	29	1.93
2234195--2234801	32	19.0	32	94	0	1027	31	35	17	14	1.91
2235256--2235330	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2235256--2235333	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2243759--2244470	27	26.0	27	88	2	1028	23	33	13	29	1.93
2243759--2244470	55	13.0	54	87	4	957	23	33	13	29	1.93
2243759--2244470	82	8.7	81	89	2	1028	23	33	13	29	1.93
2244453--2245059	32	19.0	32	94	0	1027	31	35	17	14	1.91
2245514--2245588	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2245514--2245591	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2253423--2253460	4	9.5	4	88	0	58	0	23	0	76	0.79
2256938--2256984	21	2.2	21	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2257114--2257140	13	2.1	13	100	0	54	14	0	7	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257268--2257318	25	2.0	26	84	3	68	56	3	0	39	1.18
2257255--2257331	29	2.6	28	78	10	73	55	2	0	41	1.13
2257284--2257378	21	4.4	21	69	22	63	50	2	0	47	1.13
2257278--2257329	23	2.2	23	82	6	59	53	1	0	44	1.11
2257276--2257405	60	2.1	61	88	7	160	50	1	0	47	1.10
2257312--2257406	14	6.6	14	71	19	72	48	1	0	50	1.07
2257315--2257405	26	3.2	26	69	21	83	49	1	0	49	1.08
2257306--2257418	60	1.9	60	98	0	217	48	0	0	49	1.13
2257840--2257865	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2258055--2258088	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2258202--2258235	18	1.9	17	88	5	50	41	2	0	55	1.15
2261355--2261421	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2262472--2262513	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
2262935--2262993	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
2266806--2266872	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2268084--2268137	21	2.4	21	84	9	63	72	0	24	3	1.01
2268915--2269024	57	1.9	57	81	7	134	26	10	13	50	1.73
2274570--2274685	29	4.1	28	82	6	126	25	17	28	29	1.97
2278887--2279188	165	1.8	166	87	0	453	27	14	7	50	1.70
2279184--2279225	18	2.3	18	84	8	50	23	21	7	47	1.75
2279319--2279367	25	2.0	25	84	8	64	24	2	6	67	1.24
2279837--2279884	24	2.0	24	84	8	62	72	2	22	2	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280684--2281136	163	2.8	162	85	5	616	37	11	10	40	1.76
2282280--2282306	11	2.5	11	100	0	54	14	22	7	55	1.64
2281895--2282310	156	2.7	155	80	2	474	25	17	19	38	1.93
2283527--2284317	409	1.9	409	87	1	1138	28	15	25	30	1.96
2284973--2284997	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2284953--2285018	32	2.0	33	91	2	107	36	12	15	36	1.84
2285059--2285084	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2285072--2285251	52	3.5	52	96	0	324	35	17	17	30	1.93
2289844--2289888	9	4.8	9	83	8	54	82	17	0	0	0.68
2289844--2289889	10	4.5	11	81	13	62	82	17	0	0	0.67
2289844--2289886	19	2.2	20	92	8	72	81	18	0	0	0.69
2291159--2291369	32	6.8	30	88	5	278	24	32	13	29	1.93
2291421--2291478	27	2.1	27	90	0	89	20	29	12	37	1.89
2291357--2291642	34	8.8	33	76	8	264	20	31	11	36	1.88
2291448--2291589	66	2.2	66	86	6	191	19	30	12	38	1.89
2291633--2291914	43	6.2	43	68	18	178	25	24	18	31	1.97
2291790--2291970	87	2.1	87	88	0	263	26	25	19	28	1.99
2291969--2292188	49	4.4	49	84	3	296	23	26	18	31	1.97
2291969--2292198	98	2.3	99	87	2	327	23	26	18	32	1.97
2300990--2301164	79	2.2	78	80	8	176	33	14	25	26	1.95
2301121--2301195	28	2.7	27	83	4	78	26	18	30	24	1.98
2301186--2301293	51	2.1	51	85	0	144	31	12	24	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301230--2301412	78	2.3	80	88	3	273	32	14	24	28	1.95
2301230--2301449	80	2.8	78	84	5	271	31	14	25	29	1.94
2302941--2303005	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
2302959--2302984	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2302941--2303005	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
2306761--2306795	17	2.1	17	100	0	70	28	31	5	34	1.81
2309167--2309204	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2309316--2309361	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2311734--2311785	21	2.6	20	93	6	88	46	15	11	26	1.80
2313868--2313895	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16