genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313948--2313999	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
2317158--2317216	22	2.7	22	74	10	59	5	20	1	72	1.12
2317535--2317559	9	2.8	9	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2317696--2318564	164	5.4	163	77	10	757	52	7	10	29	1.63
2323137--2323199	2	30.5	2	84	12	83	47	0	6	46	1.28
2324115--2324143	6	4.8	6	100	0	58	17	17	31	34	1.93
2326824--2326862	20	2.0	20	89	0	60	43	0	0	56	0.99
2326956--2326989	15	2.1	16	89	10	52	44	5	11	38	1.65
2328078--2328120	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2330498--2330552	18	2.9	18	75	20	51	45	1	0	52	1.11
2331555--2331603	19	2.4	21	83	13	66	12	2	22	63	1.39
2332605--2332675	32	2.2	32	87	0	106	38	12	15	33	1.85
2332753--2332880	51	2.5	52	96	1	240	35	17	18	28	1.94
2335824--2335848	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2335911--2335935	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2335944--2336072	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
2349915--2350001	1	87.0	1	76	0	84	88	10	1	0	0.57
2349913--2350001	10	9.0	10	84	9	121	87	11	1	0	0.59
2349913--2350001	19	4.5	19	86	6	124	87	11	1	0	0.59
2351426--2351601	29	6.0	30	79	9	175	27	29	17	26	1.97
2351422--2351715	29	9.7	30	75	10	172	27	28	15	27	1.97
2351486--2351538	27	2.0	27	88	0	79	33	32	16	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351577--2351668	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
2351642--2351765	28	4.3	29	79	9	121	35	31	16	16	1.91
2351785--2352014	48	4.8	48	81	8	272	26	24	17	32	1.97
2351881--2351970	43	2.1	43	91	0	144	26	23	17	32	1.97
2351785--2352023	92	2.5	95	85	6	313	25	24	16	32	1.96
2351924--2352073	52	2.8	55	82	3	198	25	23	16	35	1.95
2352866--2352890	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2352846--2352912	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2352953--2352977	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2352986--2353115	52	2.5	52	92	1	215	33	18	17	30	1.94
2355790--2356574	401	2.0	401	94	0	1381	26	25	21	25	2.00
2367345--2367435	1	91.0	1	70	0	56	84	12	3	0	0.73
2367345--2367456	10	10.5	11	75	9	90	83	14	2	0	0.76
2367345--2367439	32	3.1	29	81	13	109	84	12	3	0	0.74
2367345--2367456	31	3.5	31	80	17	115	83	14	2	0	0.76
2367348--2367447	41	2.5	40	87	9	141	83	14	3	0	0.77
2368885--2369101	30	7.5	28	79	15	230	33	33	12	19	1.90
2368927--2369084	27	5.6	27	82	11	210	34	33	14	17	1.91
2368893--2369125	57	4.1	57	89	2	333	34	33	14	18	1.91
2369129--2369282	34	4.4	35	86	4	197	18	31	12	36	1.89
2369276--2369426	33	4.7	33	82	8	179	26	32	18	22	1.97
2369417--2370215	49	16.9	49	80	8	877	25	24	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369417--2370168	92	8.0	92	88	4	1002	25	23	17	32	1.97
2369417--2370349	141	6.6	135	81	9	841	25	24	17	31	1.97
2369417--2370168	190	4.0	184	89	3	1000	25	23	17	32	1.97
2374491--2374569	29	2.7	29	92	0	122	37	2	24	35	1.69
2374678--2375064	157	2.5	157	80	6	394	28	13	15	41	1.86
2376634--2376667	18	2.0	17	88	11	52	61	2	0	35	1.11
2377603--2377748	71	2.1	71	84	0	184	38	18	16	26	1.92
2382551--2382616	32	2.1	32	100	0	132	24	9	27	39	1.85
2385185--2385272	31	2.8	32	81	6	99	47	7	1	43	1.40
2388425--2388473	2	25.0	2	83	4	55	51	0	4	44	1.20
2388673--2388735	30	2.1	30	100	0	126	20	19	6	53	1.66
2389311--2389365	16	3.3	17	73	16	53	30	0	0	69	0.89
2391252--2391322	35	2.0	35	94	0	124	45	14	8	32	1.74
2391801--2391834	3	11.0	3	87	6	50	32	0	2	64	1.08
2393640--2393677	19	2.0	20	84	5	51	15	2	13	68	1.32
2395735--2395771	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2397047--2397076	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
2397026--2397093	33	2.1	33	86	10	95	36	17	14	30	1.90
2397123--2397177	19	2.8	19	86	2	74	36	12	18	32	1.88
2397162--2397188	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2405476--2405540	33	2.0	33	85	11	89	30	15	15	38	1.88
2410537--2410577	8	5.1	8	87	0	64	43	12	7	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410537--2410577	16	2.6	16	100	0	82	43	12	7	36	1.70
2411873--2412295	165	2.6	164	81	8	468	32	12	7	47	1.68
2412912--2412965	11	4.9	11	78	15	58	77	0	18	3	0.91
2412912--2412965	21	2.5	22	74	17	58	77	0	18	3	0.91
2413723--2413776	19	2.8	20	77	2	65	27	18	16	37	1.93
2414197--2414241	13	3.2	13	82	17	54	40	13	15	31	1.86
2422716--2422819	52	2.0	52	98	0	199	26	18	19	35	1.95
2422685--2422954	135	2.0	135	100	0	540	31	17	20	30	1.95
2422851--2422979	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
2422988--2423012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2423074--2423098	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2423053--2423117	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
2423055--2423138	19	4.7	19	80	18	108	36	17	11	33	1.87
2431966--2431992	11	2.5	11	100	0	54	85	14	0	0	0.61
2432997--2433077	37	2.2	37	97	0	153	27	13	14	44	1.83
2433439--2433670	32	7.4	32	83	3	292	31	30	18	19	1.96
2433439--2433670	92	2.5	95	83	5	308	31	30	18	19	1.96
2433439--2433670	124	1.9	124	91	0	383	31	30	18	19	1.96
2433662--2433703	20	2.1	20	90	0	66	38	28	21	11	1.89
2433682--2434001	28	11.3	28	81	9	375	30	31	19	18	1.96
2433682--2434001	57	5.7	55	85	6	385	30	31	19	18	1.96
2433682--2434008	142	2.3	141	90	2	503	31	30	18	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2434075--2434429	52	7.0	49	73	7	239	28	25	14	31	1.95
2434075--2434239	49	3.3	49	84	6	206	26	25	15	32	1.96
2434075--2434269	100	1.9	101	84	1	257	29	24	14	31	1.95
2434912--2434938	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
2434892--2434957	33	2.0	33	84	0	87	34	15	9	40	1.78
2434975--2435028	20	2.7	20	97	0	99	35	16	11	37	1.84
2448335--2448389	19	2.8	20	86	2	76	38	14	7	40	1.74
2448415--2448470	20	2.8	20	81	7	78	42	12	19	25	1.86
2458214--2458260	3	15.7	3	95	0	85	68	2	0	29	1.02
2461821--2461898	30	2.6	30	88	6	106	34	1	2	61	1.18
2461850--2461912	29	2.1	30	88	2	92	42	0	0	57	0.99
2461850--2461902	17	3.4	17	70	20	60	39	0	0	60	0.97
2461917--2462029	30	3.9	28	74	13	93	53	1	0	44	1.17
2461935--2462027	29	3.2	29	78	7	91	52	1	0	46	1.07
2462202--2462255	24	2.2	24	83	6	74	9	12	0	77	0.98
2462220--2462254	18	1.9	18	94	0	61	14	8	0	77	0.99
2462220--2462254	12	2.9	12	82	0	52	14	8	0	77	0.99
2462294--2462332	18	2.1	19	85	4	53	30	0	0	69	0.89
2462269--2462338	22	3.2	21	75	13	61	28	1	4	65	1.20
2462471--2462510	18	2.1	20	86	9	57	47	2	2	47	1.29
2467099--2467149	20	2.5	20	87	6	68	33	15	15	35	1.90
2467185--2467235	19	2.6	20	84	6	68	37	13	15	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467221--2467247	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2482448--2482495	20	2.4	20	92	0	78	41	6	14	37	1.71
2483344--2483986	49	13.1	49	75	7	471	33	17	25	23	1.96
2483344--2483961	148	4.2	148	91	1	927	33	17	25	23	1.96
2497337--2497393	13	3.9	13	72	24	51	36	12	17	33	1.87
2497336--2497425	32	2.8	32	89	0	135	34	15	16	33	1.91
2499297--2499323	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
2499295--2499344	20	2.5	20	83	3	66	82	6	12	0	0.85
2500738--2501011	28	9.7	28	81	10	297	31	30	16	21	1.95
2500744--2500991	57	4.4	57	90	2	376	31	30	17	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16