genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1975757--1975800	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1977601--1977639	13	3.0	13	92	0	60	41	12	12	33	1.82
1977629--1977704	20	3.5	20	75	16	71	42	14	14	28	1.85
1979717--1979747	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1981551--1981595	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1983814--1983839	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1985093--1985134	21	2.0	21	90	0	66	45	11	4	38	1.62
1989574--1989997	160	2.6	161	82	5	486	36	10	13	40	1.78
1990099--1990197	52	1.9	52	82	0	126	31	23	9	36	1.86
1994425--1994462	11	3.5	11	82	3	51	15	0	5	78	0.91
1994428--1994532	8	12.5	8	77	16	70	15	2	6	75	1.13
1994445--1994532	8	10.9	8	83	11	83	14	3	6	75	1.15
1994429--1994532	25	4.2	24	82	11	104	15	2	6	75	1.14
1995932--1995988	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
1995974--1996002	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
1995990--1996042	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
1996107--1996172	20	3.7	20	69	26	74	37	15	12	34	1.84
1996093--1996174	33	2.5	33	93	0	137	37	13	12	36	1.82
2004730--2004786	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2004775--2004799	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2004786--2004840	20	2.7	20	83	8	67	40	14	18	27	1.89
2004872--2004972	33	3.1	33	88	1	141	36	15	14	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005867--2005891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
2012988--2013103	58	2.0	58	96	0	214	25	25	15	32	1.95
2014683--2014707	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2014663--2014725	33	1.9	33	87	6	92	31	19	12	36	1.89
2014753--2014809	19	2.9	20	84	5	80	31	15	14	38	1.87
2014779--2014841	33	1.9	32	84	9	83	42	15	11	30	1.82
2017878--2017919	20	2.2	19	86	4	57	23	21	11	42	1.86
2023129--2023171	21	2.0	23	86	9	63	69	9	0	20	1.15
2023880--2023933	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
2027783--2027857	23	3.3	22	77	15	57	70	4	1	24	1.12
2027783--2027854	12	6.3	11	74	19	51	70	4	1	23	1.12
2029175--2029545	64	5.8	64	79	5	284	40	14	23	21	1.90
2029204--2029397	66	3.0	66	84	3	232	41	13	21	23	1.88
2030296--2030613	60	5.2	59	74	12	155	48	18	14	18	1.82
2030497--2030592	30	3.2	29	65	16	70	50	18	13	17	1.79
2030479--2030654	60	2.9	60	90	0	262	49	18	13	18	1.79
2030384--2030654	126	2.2	120	80	5	283	47	19	13	18	1.81
2030539--2030638	30	3.3	30	65	15	80	52	18	13	17	1.75
2031073--2031139	20	3.2	20	68	15	53	43	10	23	22	1.84
2031737--2032024	112	2.6	114	86	3	388	37	15	14	31	1.89
2032265--2032302	17	2.3	17	86	4	51	2	10	0	86	0.66
2032268--2032302	9	3.8	9	88	3	52	2	11	0	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035799--2035830	16	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
2035800--2035838	18	2.3	16	86	8	51	43	0	0	56	0.99
2036166--2036445	155	1.8	154	81	2	355	37	16	15	30	1.90
2037953--2037997	13	3.4	13	82	14	56	73	0	0	26	0.84
2037961--2037998	19	2.0	20	89	5	60	73	0	0	26	0.83
2037956--2038004	16	3.1	16	77	8	55	71	2	0	26	0.97
2047648--2047700	20	2.6	21	87	3	81	41	13	16	28	1.86
2052001--2052030	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2054374--2054793	79	5.3	79	71	12	304	27	25	13	33	1.94
2054405--2054524	51	2.4	51	89	0	186	30	25	11	32	1.91
2054504--2054580	28	2.8	28	86	4	102	24	31	18	25	1.97
2054456--2054654	107	1.9	107	81	4	249	28	25	14	32	1.94
2054532--2054789	79	3.3	78	83	8	315	27	25	14	32	1.94
2059587--2060576	28	34.5	28	81	6	916	23	18	29	28	1.97
2061884--2061928	17	2.7	17	80	13	58	6	15	8	68	1.36
2069154--2069180	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
2070078--2070129	24	2.0	26	85	10	72	55	9	3	30	1.50
2070188--2070223	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2070279--2070314	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2074374--2074427	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
2074675--2074710	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2078058--2078094	20	2.0	19	85	15	51	0	5	24	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084600--2084624	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2084664--2084733	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2084689--2084713	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2087987--2088061	38	1.9	39	86	7	109	25	9	5	60	1.49
2088509--2088562	18	3.5	15	83	14	65	37	1	0	61	1.07
2088811--2088843	10	3.4	10	83	8	50	78	0	21	0	0.75
2089642--2089937	162	1.8	161	86	5	427	36	10	13	39	1.79
2093407--2093892	79	6.2	78	82	6	511	33	13	25	26	1.94
2093376--2093839	158	2.9	157	83	3	567	34	13	25	26	1.93
2093828--2094004	51	3.5	50	80	6	187	33	11	26	28	1.91
2093408--2093892	234	2.1	235	84	5	640	33	14	25	27	1.94
2096291--2096345	20	2.8	20	97	0	101	43	14	16	25	1.86
2097057--2097222	41	4.0	41	71	16	144	46	13	20	19	1.83
2097270--2097421	61	2.6	61	80	9	165	31	19	24	24	1.98
2097343--2097515	94	1.8	94	91	2	285	23	21	28	26	1.99
2097440--2098074	111	5.7	109	77	13	561	26	19	26	27	1.99
2097464--2097908	172	2.6	166	87	4	615	25	20	25	28	1.99
2097920--2098069	61	2.5	61	87	5	223	27	19	28	25	1.99
2098606--2098634	12	2.4	12	100	0	58	34	17	17	31	1.93
2098637--2098750	40	2.7	39	80	12	104	42	13	25	19	1.87
2103572--2104256	46	14.8	46	78	5	603	22	20	17	39	1.92
2103572--2104258	139	4.9	139	79	8	614	21	20	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103572--2104306	93	7.9	93	78	6	640	22	20	17	39	1.92
2105903--2105946	22	2.0	23	86	13	65	18	18	9	54	1.69
2109805--2109849	18	2.5	18	100	0	90	17	15	4	62	1.49
2111132--2111450	162	2.0	160	85	3	426	35	11	13	39	1.81
2111808--2111910	48	2.1	48	98	1	197	23	9	28	38	1.86
2112175--2112280	36	3.0	36	90	1	160	24	26	14	34	1.93
2112833--2112903	20	3.6	19	84	3	88	42	14	14	29	1.84
2116914--2117006	36	2.7	35	80	8	104	30	25	15	29	1.95
2122524--2122551	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2122578--2122635	21	2.8	21	79	10	66	36	13	10	39	1.79
2126956--2127021	33	2.0	33	84	0	87	33	12	12	42	1.79
2129632--2129656	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2129612--2129678	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2129719--2129746	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2129752--2129876	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
2134580--2135226	28	22.5	28	84	4	682	23	17	30	29	1.97
2134580--2135226	58	11.2	56	84	4	688	23	17	30	29	1.97
2134580--2135226	86	7.5	86	84	6	758	23	17	30	29	1.97
2136441--2136516	24	3.4	22	76	8	82	2	3	11	81	0.93
2136464--2136522	1	59.0	1	75	0	55	1	1	8	88	0.66
2136452--2136521	16	4.6	16	80	10	76	1	2	11	84	0.80
2136463--2136522	9	6.8	9	85	11	88	1	1	10	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140268--2140317	22	2.3	22	92	0	82	10	20	20	50	1.76
2140276--2140319	22	2.0	22	100	0	88	9	18	18	54	1.69
2148676--2148720	23	2.0	23	82	8	56	40	22	6	31	1.80
2149202--2149254	20	2.7	20	88	8	81	35	16	18	28	1.93
2150801--2150827	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2150876--2150930	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
2155351--2155571	79	2.8	79	79	9	227	33	14	24	28	1.94
2155503--2155673	51	3.4	51	75	3	130	33	12	23	29	1.92
2158251--2158324	20	3.7	19	83	7	94	41	12	16	29	1.84
2158340--2158369	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16