genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1632460--1632524	17	3.6	17	78	15	69	84	9	3	3	0.83
1632460--1632524	19	3.6	17	84	10	76	84	9	3	3	0.83
1632460--1632517	26	2.2	26	87	6	82	84	8	3	3	0.85
1632930--1632972	18	2.4	18	100	0	86	55	4	16	23	1.59
1633159--1633596	156	2.9	151	78	8	370	31	20	10	37	1.86
1633096--1633915	76	10.7	76	78	8	571	30	19	10	39	1.85
1634213--1635000	82	9.7	82	75	7	532	19	23	14	42	1.87
1634478--1634843	41	9.0	41	67	4	175	19	24	14	42	1.88
1634199--1634904	245	2.9	241	78	7	676	19	23	14	42	1.88
1634167--1635595	163	8.9	163	71	11	715	20	22	13	43	1.87
1635007--1635054	24	2.0	24	84	4	62	20	29	10	39	1.86
1635042--1635520	82	5.9	80	75	8	301	20	23	13	43	1.87
1635230--1635520	41	7.2	40	66	13	125	20	22	12	44	1.85
1635196--1635601	81	5.0	81	78	7	346	20	22	12	44	1.85
1638460--1638498	19	2.1	19	95	0	69	61	0	0	38	0.96
1638956--1639422	150	3.1	151	78	6	405	27	15	16	40	1.89
1638956--1639270	152	2.1	151	81	5	359	27	15	16	40	1.89
1646333--1646620	59	5.0	58	73	10	207	15	17	18	48	1.81
1646405--1646614	112	1.9	113	81	6	257	16	17	18	48	1.82
1646529--1646771	59	4.2	58	73	10	190	18	18	18	44	1.88
1651357--1651419	33	1.9	33	87	12	94	30	15	15	38	1.89
1660084--1660153	33	2.1	32	85	15	90	37	17	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1660202--1660254	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
1661575--1661776	97	2.1	96	86	4	273	37	14	22	25	1.93
1664163--1664232	33	2.1	32	84	10	88	34	20	12	32	1.90
1664281--1664333	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
1668193--1668300	51	2.1	51	82	3	128	45	13	11	29	1.79
1668337--1668391	20	2.7	21	80	5	67	32	16	12	38	1.86
1668357--1668406	20	2.4	21	90	3	75	28	16	16	40	1.89
1672955--1673018	33	2.0	32	87	3	92	29	15	14	40	1.86
1673552--1673620	35	1.9	35	83	13	88	36	10	21	31	1.87
1673549--1673645	31	2.9	31	76	19	90	35	11	20	32	1.88
1674320--1674419	47	2.1	49	81	12	118	42	21	13	24	1.88
1674534--1674895	52	7.1	51	74	6	243	36	20	16	26	1.94
1674594--1674783	100	1.9	102	82	4	242	38	20	14	26	1.91
1675079--1675236	51	3.1	50	70	10	140	35	24	18	21	1.96
1681602--1681656	28	2.0	28	85	0	74	16	21	10	50	1.75
1692042--1692067	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1692024--1692087	33	2.0	33	90	9	105	40	15	15	28	1.88
1698394--1698439	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1700843--1700868	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1700825--1700888	33	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
1710354--1710378	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
1711894--1711943	20	2.5	20	87	6	66	34	22	10	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714483--1714522	13	3.1	13	77	0	53	42	15	10	32	1.79
1720365--1720536	85	2.0	85	100	0	344	34	18	18	28	1.95
1723361--1723397	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
1723520--1723566	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
1725965--1725990	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1725947--1726011	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1730717--1730769	20	2.7	20	91	5	81	33	22	11	32	1.90
1730798--1730853	19	2.9	19	83	2	76	37	12	17	32	1.88
1737886--1738013	49	2.6	49	86	2	168	34	18	23	23	1.96
1737886--1738029	48	2.9	49	85	2	182	34	17	23	24	1.96
1738029--1738196	34	5.0	33	75	10	144	35	11	35	18	1.87
1738029--1738164	68	2.0	68	83	7	170	33	12	36	17	1.88
1738026--1738199	66	2.6	67	80	6	174	36	10	34	18	1.86
1738111--1738213	33	3.1	32	80	6	100	38	9	30	21	1.85
1738206--1738369	30	5.7	28	74	7	123	22	15	29	32	1.95
1738276--1738397	58	2.1	57	80	8	131	27	13	29	29	1.94
1739612--1739791	101	1.8	97	83	7	236	32	18	26	23	1.97
1739568--1739802	49	4.8	49	78	7	201	33	17	25	23	1.97
1739584--1739802	97	2.2	97	78	9	239	33	17	26	22	1.96
1739850--1739990	65	2.1	67	82	7	164	36	13	30	19	1.91
1739799--1739978	34	5.4	33	72	15	129	38	12	31	17	1.88
1739968--1740168	28	7.0	28	83	4	233	21	17	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1739962--1740166	87	2.4	87	87	1	297	23	17	30	29	1.97
1741469--1741601	48	2.8	48	80	1	140	35	16	22	25	1.95
1741598--1741774	34	5.3	33	76	8	137	37	12	31	18	1.88
1741663--1741785	33	3.7	33	76	8	115	38	13	30	18	1.89
1741777--1741968	28	6.7	27	84	7	213	20	17	30	31	1.95
1741764--1741968	57	3.6	56	82	9	261	21	17	30	30	1.96
1741798--1741966	87	1.9	87	92	0	284	21	17	28	31	1.96
1743259--1743402	48	2.9	49	81	2	173	35	16	23	24	1.95
1743402--1743566	34	5.0	34	77	11	164	38	12	30	18	1.87
1743399--1743568	33	5.1	33	75	11	168	40	11	30	18	1.86
1743399--1743568	65	2.5	68	77	11	199	40	11	30	18	1.86
1743578--1743650	28	2.6	28	93	0	119	13	16	30	39	1.87
1744900--1745022	49	2.5	48	89	2	174	35	17	22	23	1.95
1744900--1745043	48	2.9	49	86	2	191	35	15	23	25	1.94
1745040--1745227	34	5.6	33	75	6	164	37	12	30	19	1.88
1745097--1745232	67	2.0	68	84	5	179	36	11	29	22	1.89
1745212--1745293	28	2.9	28	92	1	128	15	17	30	36	1.91
1746616--1746664	19	2.6	19	78	15	57	34	14	4	46	1.63
1746793--1746849	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
1753134--1753169	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
1753303--1753343	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1754205--1754250	23	2.0	23	87	4	67	34	2	28	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754600--1754640	19	2.2	19	86	0	55	29	17	4	48	1.67
1754775--1754844	20	3.5	20	80	0	77	37	15	14	32	1.88
1754888--1754955	33	2.1	32	88	2	100	35	16	14	33	1.89
1755734--1755859	49	2.6	48	85	2	153	34	18	22	24	1.96
1755694--1755876	48	3.7	47	80	4	177	32	17	25	24	1.97
1755694--1755876	97	1.8	99	81	6	228	32	17	25	24	1.97
1755874--1756042	34	5.1	33	78	11	152	37	11	31	19	1.87
1755924--1756065	33	4.3	31	79	12	140	35	11	30	22	1.89
1755874--1756066	67	2.9	65	77	13	171	35	11	31	21	1.90
1756038--1756242	28	7.1	30	79	7	203	22	16	28	31	1.96
1756038--1756242	87	2.4	87	86	3	290	22	16	28	31	1.96
1756040--1756244	57	3.6	57	77	7	218	22	16	29	31	1.96
1757694--1757768	20	3.8	20	92	0	114	46	6	10	36	1.65
1757694--1757804	40	2.8	39	81	10	102	48	5	11	34	1.63
1757703--1757804	20	5.1	20	74	17	77	50	5	10	32	1.61
1757733--1757880	40	3.3	46	72	17	114	43	5	13	37	1.67
1760039--1760063	11	2.3	11	100	0	50	44	0	20	36	1.52
1760630--1760698	20	3.4	19	82	11	75	43	13	8	34	1.74
1760578--1760788	116	1.8	116	81	4	264	41	14	9	34	1.79
1761209--1761355	47	3.1	46	92	3	231	38	12	16	33	1.86
1762900--1763024	52	2.4	52	80	5	128	31	15	9	44	1.78
1764075--1764206	66	2.0	66	95	0	237	22	12	15	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767749--1767775	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1767761--1767815	19	2.8	19	81	10	67	32	18	16	32	1.93
1774061--1774086	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1774209--1774255	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
1776682--1776707	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1776664--1776727	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1778930--1778979	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1780774--1780804	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1783015--1783060	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1785433--1785458	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16