genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  16  of  16  ( 1898 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647277--2647302	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
2647374--2647554	38	4.8	38	73	9	129	27	11	18	43	1.84
2653041--2653414	174	2.2	173	81	4	425	36	12	10	40	1.78
2653407--2653461	26	2.1	26	83	10	67	40	7	3	49	1.48
2654503--2654540	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
2664607--2664644	17	2.2	17	95	0	67	21	23	10	44	1.83
2664678--2664702	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2665152--2665215	32	1.9	34	87	9	96	29	12	21	35	1.91
2668336--2668361	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
2670213--2670237	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2670374--2670398	10	2.5	10	100	0	50	20	20	8	52	1.71
2678947--2678977	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
2679315--2679348	18	2.0	18	88	11	54	58	2	0	38	1.13
2679314--2679354	18	2.3	19	80	20	52	60	2	0	36	1.10
2679745--2679813	27	2.5	27	75	11	68	50	5	2	40	1.41
2679924--2679965	13	3.3	13	73	6	50	54	0	2	42	1.13
2679914--2679965	25	2.1	24	86	6	77	53	1	1	42	1.23
2679952--2680007	17	3.4	17	74	16	55	51	1	0	46	1.11
2680233--2680283	9	5.7	9	79	9	59	72	0	0	27	0.85
2680233--2680276	19	2.4	19	92	3	72	68	0	0	31	0.90
2680231--2680282	8	6.0	8	81	16	59	69	0	0	30	0.89
2680435--2680489	20	2.8	21	81	13	73	70	0	3	25	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681351--2681398	10	4.8	10	76	19	55	75	0	0	25	0.81
2681352--2681419	29	2.3	30	82	9	79	69	1	0	29	0.98
2684020--2684088	33	2.1	33	86	5	95	39	15	10	34	1.82
2684042--2684067	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2684022--2684061	20	2.0	20	90	0	62	35	12	12	40	1.81
2684050--2684087	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
2684462--2684711	128	2.0	128	94	0	437	29	19	8	43	1.79
2684846--2684929	33	2.5	33	92	0	141	34	23	3	38	1.72
2685569--2685606	11	3.6	11	86	10	53	42	10	26	21	1.85
2686827--2686853	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2693039--2693093	19	2.8	20	86	5	76	38	18	12	30	1.88
2704967--2705000	9	3.7	9	96	4	59	91	0	8	0	0.43
2704967--2705000	10	3.5	10	92	8	61	91	0	8	0	0.43
2706573--2707268	42	16.5	42	72	6	426	17	28	19	35	1.94
2706694--2707234	84	6.4	83	79	5	498	18	28	19	34	1.95
2706666--2707234	168	3.4	164	80	6	590	17	28	19	34	1.95
2707809--2707856	19	2.5	21	83	12	59	75	4	0	20	0.97
2707809--2707863	25	2.3	23	87	9	76	72	3	1	21	1.09
2708280--2708355	28	2.8	28	87	2	100	42	15	30	11	1.83
2724795--2724857	21	3.0	20	84	11	74	84	6	4	4	0.88
2724795--2724851	10	5.6	10	79	10	62	85	7	3	3	0.80
2726060--2727193	28	39.0	28	82	6	1079	28	29	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726064--2727197	175	6.5	173	85	6	1225	28	29	18	23	1.97
2728073--2728147	20	3.8	19	82	7	96	32	14	13	40	1.85
2728681--2728708	10	2.8	10	100	0	56	42	35	0	21	1.53
2732119--2732172	18	3.1	18	75	2	56	35	5	12	46	1.66
2732119--2732172	17	3.1	17	73	5	54	35	5	12	46	1.66
2733800--2733859	18	3.3	18	78	0	57	50	8	3	38	1.49
2735715--2735742	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2735748--2735873	52	2.4	52	94	0	225	37	18	18	26	1.93
2739221--2739260	21	1.9	21	89	0	62	27	10	7	55	1.60
2741742--2741768	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
2743634--2743702	32	2.2	31	89	2	102	43	4	14	37	1.65
2750226--2750258	14	2.3	15	94	5	59	30	0	6	63	1.18
2751062--2751094	15	2.3	15	89	5	50	27	0	9	63	1.24
2752267--2752672	166	2.4	162	79	6	388	33	10	7	49	1.65
2752386--2752728	165	2.1	167	79	6	367	30	11	9	48	1.70
2754932--2755500	156	3.7	156	83	7	642	24	15	19	39	1.91
2754932--2755500	311	1.8	312	81	9	714	24	15	19	39	1.91
2756743--2757119	152	2.5	152	76	6	359	38	15	14	31	1.88
2759953--2759982	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
2759932--2759996	33	2.0	33	87	0	94	35	15	13	35	1.87
2760049--2760075	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2764581--2765073	79	6.2	79	89	1	713	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2764581--2765339	158	4.7	158	86	5	1045	32	14	25	27	1.95
2765059--2765087	14	2.1	14	100	0	58	13	27	31	27	1.94
2764980--2765322	79	4.0	93	87	7	330	31	16	25	27	1.96
2764902--2765339	172	2.6	171	88	5	652	32	14	25	27	1.95
2765073--2765339	79	3.4	79	94	0	444	32	14	25	27	1.94
2766772--2766809	14	2.7	14	100	0	76	21	42	7	28	1.81
2766786--2766999	35	6.1	35	93	2	376	20	29	6	44	1.75
2767009--2767036	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
2767470--2767571	40	2.5	39	81	10	116	43	11	28	16	1.83
2767704--2767877	61	2.9	61	83	7	221	27	20	25	26	1.99
2767975--2768112	54	2.6	54	94	1	242	23	21	28	26	1.99
2767704--2768518	204	3.9	206	79	12	755	24	20	28	26	1.99
2768126--2768257	55	2.4	56	88	3	205	21	23	28	27	1.99
2768033--2768207	94	1.9	94	90	4	282	23	21	30	25	1.99
2767982--2769058	165	6.7	151	85	8	965	22	20	29	26	1.99
2768181--2768356	94	1.9	95	90	3	284	23	21	30	25	1.99
2768275--2769089	55	14.5	54	85	6	1000	22	21	29	27	1.99
2775279--2775353	28	2.7	28	95	0	132	22	18	34	24	1.96
2775307--2776000	79	8.8	79	91	2	1083	31	14	26	27	1.95
2777395--2777567	35	4.9	35	95	4	314	19	30	5	44	1.74
2777579--2777605	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
2782234--2782303	33	2.1	33	83	0	86	35	18	11	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782353--2782379	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2784849--2784890	19	2.2	19	86	0	57	42	7	26	23	1.80
2784856--2784894	19	2.1	19	100	0	78	43	10	20	25	1.83
2786286--2786330	23	2.0	23	90	0	72	33	33	20	13	1.91
2786255--2786697	78	5.6	79	81	5	455	37	28	23	11	1.90
2786448--2786494	23	2.1	23	88	4	69	34	27	21	17	1.95
2786256--2786699	160	2.8	161	81	2	545	37	28	22	11	1.89
2786721--2786780	30	2.0	31	83	9	79	41	33	15	10	1.80
2786905--2787114	110	1.9	109	97	0	393	25	6	18	49	1.71
2787786--2788062	150	1.9	150	80	3	335	29	15	15	38	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16

The End!