genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501054--2501287	49	4.9	46	77	8	206	25	23	17	32	1.97
2501059--2501287	93	2.4	94	84	5	266	25	23	18	32	1.97
2501149--2501445	49	5.9	49	70	11	190	23	23	17	35	1.96
2503515--2503555	10	4.1	10	84	12	57	82	17	0	0	0.66
2503519--2503543	9	2.8	9	100	0	50	84	16	0	0	0.63
2503518--2503558	11	3.8	11	87	3	57	85	14	0	0	0.60
2504875--2505431	28	19.4	28	82	6	562	29	29	16	23	1.96
2505522--2505626	49	2.2	47	85	6	133	21	22	20	35	1.96
2506364--2506428	31	2.1	32	91	2	105	32	15	10	41	1.81
2507286--2507326	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
2509649--2509699	20	2.5	21	90	3	77	31	17	11	39	1.86
2510476--2510542	32	2.1	32	94	0	116	37	10	16	35	1.83
2510480--2510540	19	3.6	18	70	25	60	36	11	16	36	1.85
2510480--2510553	32	2.3	32	88	4	105	37	12	16	33	1.85
2518707--2518732	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2518689--2518752	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
2520952--2520996	22	2.1	21	84	8	56	55	6	15	22	1.63
2524824--2524869	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2527274--2527299	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2533613--2533705	20	4.7	20	90	0	132	33	16	8	41	1.78
2533743--2533811	21	3.3	21	95	0	129	39	14	15	30	1.88
2538640--2538774	58	2.3	56	83	7	155	51	10	10	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2539508--2540100	167	3.6	164	79	9	581	27	10	8	54	1.63
2539989--2540220	119	1.9	118	85	5	315	24	11	9	54	1.66
2540108--2541322	166	7.5	164	82	7	1326	27	12	7	52	1.66
2539831--2540388	277	2.0	273	81	7	653	27	10	8	53	1.64
2539665--2540481	442	1.8	441	84	3	1124	28	10	7	53	1.63
2541905--2541955	9	5.9	9	77	9	52	84	3	11	0	0.75
2541902--2541964	12	5.5	12	78	16	62	80	3	15	0	0.83
2541903--2541957	24	2.3	25	87	9	80	83	3	12	0	0.77
2541904--2541957	11	5.0	10	78	10	54	83	3	12	0	0.78
2542670--2542700	16	1.9	16	93	0	53	19	6	16	58	1.59
2542838--2542868	15	2.1	15	93	0	53	22	12	0	64	1.27
2543593--2544845	155	8.1	154	85	5	1428	23	16	19	40	1.91
2543601--2544845	466	2.7	462	84	6	1504	23	16	19	39	1.91
2545999--2546289	58	5.0	59	82	6	299	48	13	10	27	1.75
2546042--2546140	29	3.4	29	72	14	87	48	13	9	29	1.72
2546000--2546161	30	5.5	29	66	26	83	49	12	9	28	1.72
2545999--2546231	117	2.0	118	85	5	321	48	12	9	28	1.72
2546038--2546317	117	2.4	118	80	6	318	47	13	10	27	1.77
2546600--2546631	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2548524--2548811	56	5.1	56	73	9	178	28	16	12	42	1.85
2548636--2549014	112	3.4	109	73	9	327	30	19	12	37	1.88
2551070--2551118	26	1.9	25	84	12	64	53	6	22	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2558644--2558910	124	2.2	124	91	2	430	23	27	20	28	1.99
2558644--2558910	61	4.3	62	89	4	398	23	27	20	28	1.99
2558924--2559348	55	7.5	56	85	7	483	26	28	20	23	1.99
2558929--2559348	226	1.9	225	91	1	698	26	28	20	23	1.99
2558927--2559348	171	2.5	165	85	6	555	26	28	20	23	1.99
2559399--2559513	60	1.9	60	87	0	167	27	24	20	27	1.99
2559510--2559680	42	4.0	42	77	12	168	19	25	12	42	1.86
2559510--2559674	87	1.9	86	84	8	219	19	25	12	42	1.86
2560340--2560421	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
2560370--2560857	33	14.9	33	79	14	498	20	32	12	33	1.91
2560398--2560845	61	6.9	62	92	4	503	21	33	12	32	1.91
2560553--2560605	27	2.0	26	92	3	88	22	39	16	20	1.92
2560371--2560857	70	7.5	66	90	6	546	20	32	12	33	1.91
2560924--2562137	49	24.7	49	86	4	1698	24	27	17	30	1.97
2560924--2562167	100	12.6	101	90	5	1824	24	27	17	30	1.97
2560924--2562142	295	4.1	295	94	1	1999	24	27	17	30	1.97
2562003--2562071	22	3.2	22	63	19	54	26	26	17	30	1.97
2562047--2562185	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
2563033--2563057	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2563123--2563147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2563156--2563284	52	2.5	52	93	2	215	36	16	17	30	1.91
2570535--2570565	13	2.4	13	94	0	53	93	3	3	0	0.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571500--2571581	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
2571530--2572017	33	14.9	33	79	14	498	20	32	12	33	1.91
2571558--2572005	61	6.9	62	92	4	503	21	33	12	32	1.91
2571713--2571765	27	2.0	26	92	3	88	22	39	16	20	1.92
2571531--2572017	70	7.5	66	90	6	546	20	32	12	33	1.91
2572084--2573297	49	24.7	49	86	4	1698	24	27	17	30	1.97
2572084--2573327	100	12.6	101	90	5	1824	24	27	17	30	1.97
2572084--2573302	295	4.1	295	94	1	1999	24	27	17	30	1.97
2573163--2573231	22	3.2	22	63	19	54	26	26	17	30	1.97
2573207--2573345	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
2574193--2574217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2574283--2574307	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2574316--2574444	52	2.5	52	93	2	215	36	16	17	30	1.91
2578222--2578246	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2578263--2578317	20	2.8	20	85	0	83	30	14	10	43	1.80
2580731--2580949	51	4.3	51	85	3	271	27	27	13	31	1.94
2584585--2584624	20	2.0	20	90	0	62	47	10	20	22	1.79
2585571--2585625	20	2.8	20	85	0	74	40	14	14	30	1.86
2587259--2587300	22	1.9	22	85	9	59	61	4	28	4	1.36
2587788--2587819	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2588425--2588450	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2588733--2588781	25	2.0	25	84	8	64	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589106--2589144	16	2.4	16	91	0	60	48	0	0	51	1.00
2589936--2589989	23	2.4	23	90	3	83	48	0	0	51	1.00
2590029--2590095	21	3.2	21	73	12	66	32	0	0	67	0.91
2596849--2596920	32	2.2	32	92	0	117	34	9	16	38	1.82
2596828--2596913	19	4.7	19	71	19	67	36	10	16	37	1.83
2597021--2597063	20	2.1	21	95	4	79	32	23	11	32	1.90
2599510--2599899	79	5.0	78	84	4	448	26	25	14	33	1.94
2599510--2599901	158	2.5	155	82	3	509	26	25	14	33	1.94
2604868--2604915	20	2.3	20	85	3	60	33	18	14	33	1.91
2605771--2605822	18	2.9	18	97	0	95	9	17	13	59	1.60
2608813--2609356	57	9.7	57	73	7	344	31	13	20	34	1.91
2609018--2609225	105	2.0	105	83	5	269	32	16	19	30	1.94
2608900--2609339	219	2.0	219	80	2	499	31	13	20	34	1.91
2611120--2611259	20	6.9	20	69	19	85	33	17	17	31	1.93
2611202--2611257	19	2.9	19	89	2	85	33	17	16	32	1.92
2611242--2611268	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2615057--2615090	16	2.1	16	100	0	68	26	11	26	35	1.91
2619438--2620056	308	2.0	308	91	0	1015	41	13	10	34	1.80
2621506--2621548	21	2.2	20	87	8	61	67	0	0	32	0.91
2622294--2622327	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2638463--2638499	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2639687--2639723	6	6.2	6	96	0	56	10	35	0	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639803--2639836	6	5.7	6	92	0	59	2	47	32	17	1.63
2639804--2639844	18	2.3	18	95	0	73	4	48	29	17	1.67
2640784--2640965	13	13.8	13	63	25	53	56	2	1	40	1.21
2640781--2640854	11	6.4	11	72	17	60	59	4	1	35	1.25
2640768--2640854	35	2.5	35	80	10	97	59	3	1	35	1.22
2640843--2640922	25	2.8	27	73	26	83	53	1	0	45	1.08
2640840--2640913	32	2.3	32	88	4	105	55	1	0	43	1.08
2642736--2642770	16	2.2	16	90	10	54	31	0	20	48	1.50
2642962--2643056	37	2.5	37	76	19	99	28	14	17	38	1.90
2647162--2647207	15	2.9	15	87	6	56	30	6	17	45	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16