genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734450--734488	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
736756--736781	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
745426--745488	33	1.9	33	87	6	92	30	15	15	38	1.89
748213--748270	30	1.9	30	100	0	116	31	20	3	44	1.68
750195--750450	79	3.3	79	81	3	286	43	15	15	25	1.86
750255--750522	79	3.4	77	78	5	252	41	15	14	27	1.86
750195--750522	158	2.1	157	81	6	369	43	15	14	26	1.85
751033--751077	22	2.0	22	86	0	63	37	0	0	62	0.96
753880--753914	14	2.5	14	100	0	70	14	34	8	42	1.76
754763--754793	15	2.1	14	94	5	53	80	0	0	19	0.71
755778--755863	32	2.5	34	78	12	97	48	1	0	50	1.08
755855--755904	20	2.5	21	80	9	68	38	0	0	62	0.96
755898--755949	21	2.5	21	77	0	59	63	0	0	36	0.95
759361--759405	6	7.8	6	83	16	60	68	0	31	0	0.89
759373--759405	17	2.0	16	94	5	57	66	0	33	0	0.92
760178--760219	22	1.9	22	90	0	66	50	2	2	45	1.27
760484--760512	12	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
760460--760514	18	3.2	18	84	5	69	34	0	0	65	0.93
760599--760650	16	3.1	17	74	20	56	69	1	0	28	0.99
761040--761122	30	2.8	31	80	8	93	44	0	0	55	0.99
761042--761105	23	2.8	23	79	11	60	43	0	0	56	0.99
761076--761109	14	2.5	13	90	4	50	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761248--761309	17	4.1	16	76	13	53	59	0	0	40	0.97
761274--761315	17	2.5	17	80	7	50	57	0	0	42	0.99
761261--761318	30	1.9	30	82	10	73	56	0	0	43	0.99
762010--762039	14	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
764591--764619	7	4.1	7	100	0	58	55	0	13	31	1.39
765093--765135	12	3.8	11	82	14	52	65	0	0	34	0.93
765095--765150	23	2.6	22	81	16	64	62	0	0	37	0.95
765092--765135	11	3.9	11	77	16	54	65	0	0	34	0.93
767029--767068	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
770803--770833	16	1.9	16	100	0	62	32	12	19	35	1.90
884470--884531	31	2.0	32	87	3	90	30	19	11	38	1.87
884497--884552	20	2.9	19	84	5	69	33	17	14	33	1.90
884581--884650	33	2.1	34	86	7	99	32	11	20	35	1.88
884602--884650	13	4.2	13	73	24	54	32	10	18	38	1.84
890781--890809	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
892624--892669	22	2.1	21	88	4	65	30	6	30	32	1.83
892631--892696	19	3.2	21	81	16	84	34	4	28	31	1.78
893245--893271	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
893226--893290	32	2.0	32	90	3	103	27	18	15	38	1.91
893255--893311	19	2.9	19	86	2	78	33	17	15	33	1.92
893340--893409	33	2.1	34	86	7	99	32	11	20	35	1.88
893361--893409	13	4.2	13	73	24	54	32	10	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894674--894710	7	5.6	7	87	6	51	89	10	0	0	0.49
894673--894710	19	2.1	19	95	5	69	89	10	0	0	0.49
894664--894722	26	2.3	24	88	8	82	86	11	1	0	0.65
894663--894722	17	3.7	16	77	8	59	85	13	1	0	0.69
894663--894722	9	7.0	8	81	12	66	85	13	1	0	0.69
895612--896062	61	7.4	62	86	2	601	25	26	18	29	1.98
896645--896716	20	3.6	20	90	3	101	26	13	13	45	1.81
899004--899232	106	2.1	108	86	4	320	27	27	13	31	1.94
899137--899308	79	2.2	79	82	7	197	26	27	15	30	1.96
899036--899257	106	2.1	106	85	4	295	27	27	13	31	1.94
899159--899310	79	1.9	80	84	9	204	27	25	14	32	1.95
904046--904085	20	2.0	21	95	5	73	37	15	7	40	1.75
908671--908735	20	3.6	20	71	26	72	35	10	18	35	1.86
908689--908715	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
908671--908750	33	2.4	33	95	0	142	35	12	16	36	1.86
913176--913431	128	2.0	128	97	0	485	33	14	17	35	1.90
913859--913923	28	2.2	31	83	8	82	15	23	9	52	1.71
914279--914307	5	5.8	5	100	0	58	37	20	20	20	1.94
914370--914426	22	2.5	22	78	10	71	26	0	1	71	0.95
914369--914427	30	2.0	30	83	6	75	27	0	1	71	0.96
914937--915424	42	11.6	43	76	5	304	40	17	26	15	1.90
914937--915433	84	5.9	84	73	7	341	40	17	26	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914937--915404	126	3.7	126	75	5	410	39	17	26	16	1.90
915492--915674	101	1.8	101	85	2	260	39	12	25	23	1.89
915783--916018	44	5.4	44	71	13	132	38	15	24	21	1.92
915816--916043	44	5.2	43	73	16	164	39	15	23	22	1.92
915711--916047	132	2.6	131	80	5	405	41	14	23	21	1.89
917418--917470	15	3.5	15	79	10	63	0	7	7	84	0.76
928848--929019	43	3.7	46	81	10	206	25	25	18	30	1.98
929693--929746	20	2.7	20	85	0	72	31	11	12	44	1.78
929822--929950	52	2.5	52	92	0	204	34	16	17	31	1.92
943801--943837	11	3.5	11	88	3	58	91	8	0	0	0.41
943799--943837	17	2.4	17	95	4	71	89	10	0	0	0.48
945214--945509	30	9.7	29	74	13	195	27	29	15	27	1.96
945214--945509	29	9.7	30	75	12	203	27	29	15	27	1.96
945371--945463	35	2.7	35	83	6	111	19	31	12	36	1.89
945436--945559	28	4.3	30	82	9	134	37	29	16	17	1.92
945579--945763	48	4.0	46	80	12	189	26	24	17	31	1.97
945676--945765	43	2.1	43	93	0	153	25	24	18	31	1.98
946439--946463	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
946593--946720	52	2.5	51	90	2	193	35	17	17	29	1.92
947017--947297	140	2.0	140	98	0	544	33	28	13	24	1.93
951450--951499	15	3.3	15	72	10	57	10	18	36	36	1.84
951441--951498	30	1.9	30	96	0	107	12	17	34	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951971--952035	27	2.2	30	82	17	84	13	20	12	53	1.71
951927--952032	29	3.9	26	71	19	74	20	17	11	50	1.77
952494--952539	19	2.3	20	85	10	60	32	0	4	63	1.14
952512--952561	22	2.3	21	76	10	55	28	0	2	70	0.99
954118--954151	17	1.9	18	94	5	61	44	0	0	55	0.99
954833--955581	166	4.5	166	83	2	918	46	18	6	28	1.73
957480--957586	48	2.3	47	85	8	137	13	12	0	74	1.07
962809--962841	14	2.3	15	89	5	50	27	15	30	27	1.96
966664--966908	130	1.9	130	86	1	348	45	14	11	29	1.79
967851--967889	12	3.2	12	92	3	60	5	20	0	74	1.01
967851--967889	13	3.1	13	88	3	53	5	20	0	74	1.01
968380--968423	19	2.3	19	80	11	54	56	6	2	34	1.38
968482--968975	167	3.0	167	79	10	504	50	8	13	28	1.69
968529--968973	153	2.8	153	79	8	466	50	7	13	28	1.67
970696--970791	48	2.0	48	85	0	129	31	25	15	28	1.96
970724--970791	24	2.8	24	81	0	100	27	25	17	29	1.97
971038--971078	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
971284--971320	13	2.8	13	91	0	56	37	13	5	43	1.67
973285--973311	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
973266--973329	33	2.0	32	84	3	83	26	9	18	45	1.80
974381--974407	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
974391--974445	19	2.8	19	83	2	74	32	20	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976172--976212	3	13.7	3	84	0	55	39	2	31	26	1.70
976172--976214	15	2.9	15	83	13	61	39	2	32	25	1.69
978958--979881	467	2.0	467	98	0	1794	35	10	20	33	1.87
980722--980746	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
980699--980766	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
980860--980884	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
980701--981007	138	2.2	137	95	2	546	31	17	15	34	1.92
982932--982974	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
983417--983456	13	3.1	13	92	0	62	40	15	20	25	1.90
989748--989772	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16