genome.fa.s27.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2789374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466319--1466345	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1468209--1468264	22	2.5	22	85	5	78	41	1	32	25	1.66
1468807--1468831	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
1468817--1468872	19	2.9	19	86	2	76	30	17	16	35	1.92
1470494--1471129	314	2.0	315	94	3	1111	31	12	13	42	1.81
1475892--1475930	20	1.9	21	94	5	71	41	10	15	33	1.81
1483182--1483576	167	2.4	167	81	8	425	31	9	9	50	1.65
1483312--1483722	156	2.5	160	81	8	433	31	9	9	49	1.67
1484854--1484896	21	2.0	21	90	4	68	72	4	2	20	1.14
1486391--1486799	79	5.2	78	76	6	351	28	26	12	32	1.93
1486379--1486798	159	2.7	156	80	8	492	28	26	12	32	1.93
1492210--1492262	16	3.1	17	77	22	58	81	7	9	1	0.96
1493521--1493736	32	6.9	32	84	5	264	23	29	15	31	1.95
1493510--1493739	63	3.7	62	84	4	282	22	28	14	33	1.94
1493510--1493736	95	2.4	94	89	4	334	22	28	14	33	1.94
1493775--1493831	27	2.2	26	87	9	80	19	26	15	38	1.92
1493741--1494081	32	10.9	32	74	10	219	20	27	12	39	1.89
1493725--1494008	126	2.2	128	80	7	312	19	27	11	40	1.87
1493898--1493957	28	2.2	27	82	8	77	20	30	13	36	1.90
1493838--1494229	94	4.3	91	74	14	271	21	30	12	35	1.91
1493794--1494225	126	3.6	124	76	13	323	21	30	12	35	1.91
1493700--1494225	62	8.5	64	74	14	296	20	29	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493820--1494118	32	9.4	31	74	12	110	19	29	13	37	1.90
1493899--1494225	27	11.2	27	70	18	158	21	30	13	34	1.92
1494096--1494226	54	2.4	54	86	5	183	24	32	11	32	1.91
1494463--1494612	32	4.7	32	80	10	164	29	26	20	24	1.99
1494453--1494613	64	2.5	65	84	7	206	29	26	18	26	1.98
1494653--1495070	52	8.0	52	75	6	299	24	25	16	33	1.96
1494660--1495070	104	4.0	104	77	4	348	24	25	16	33	1.96
1494656--1495066	156	2.6	155	80	4	423	24	25	16	32	1.96
1495024--1495106	43	1.9	43	85	0	112	26	25	18	30	1.98
1495769--1495853	15	5.6	15	72	18	77	76	4	0	18	0.96
1495752--1495796	19	2.5	18	83	16	58	77	2	0	20	0.87
1495755--1495853	31	3.2	30	80	9	110	76	4	0	19	0.94
1495761--1495853	30	3.1	29	81	9	107	76	4	0	19	0.95
1497517--1497935	79	5.4	78	78	5	384	27	26	13	32	1.94
1497517--1497912	157	2.5	156	82	8	484	27	25	13	33	1.94
1509131--1509256	58	2.2	58	82	2	155	26	25	12	34	1.92
1509344--1509444	52	1.9	52	82	4	123	25	23	13	36	1.92
1509461--1509605	52	2.8	53	78	7	152	25	26	15	33	1.95
1509566--1509685	61	2.0	61	88	3	179	26	25	12	35	1.91
1510308--1510363	21	2.8	21	78	5	71	39	12	14	33	1.83
1513901--1513929	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
1514608--1514658	21	2.4	21	96	0	93	37	5	21	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1515925--1515991	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1516470--1516495	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1516524--1516578	21	2.5	22	94	5	103	38	10	23	27	1.88
1516567--1516597	10	3.1	10	90	0	53	41	9	25	22	1.84
1516621--1516757	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
1516727--1516797	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1523761--1523838	32	2.4	32	97	0	147	30	14	15	39	1.87
1523687--1523808	51	2.4	51	84	1	154	32	12	12	42	1.80
1526187--1526517	79	4.2	77	78	8	310	28	22	12	35	1.91
1526187--1526517	157	2.1	157	83	4	407	28	22	12	35	1.91
1532955--1533142	81	2.3	81	82	7	222	18	19	13	48	1.80
1534139--1534212	21	3.6	21	85	7	80	36	10	20	32	1.87
1539651--1540103	155	2.9	154	77	5	434	24	16	18	40	1.90
1549669--1549693	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
1549683--1549735	19	2.7	20	88	2	72	30	18	18	32	1.96
1549780--1549810	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1549764--1549830	33	2.0	33	88	5	100	35	13	16	34	1.88
1555823--1555848	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1555971--1556016	22	2.2	21	85	14	60	32	17	2	47	1.60
1557740--1557837	51	1.9	52	91	6	164	45	6	18	29	1.73
1558372--1558424	19	2.7	20	88	2	72	30	18	18	32	1.96
1558454--1558518	20	3.7	20	67	30	65	36	13	13	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1558453--1558528	32	2.3	32	95	2	134	35	13	14	36	1.85
1558453--1558551	33	3.0	33	88	4	139	38	12	13	36	1.81
1560977--1561335	164	2.2	164	82	3	463	32	11	8	47	1.70
1562390--1562696	171	1.8	167	81	4	382	30	12	15	41	1.84
1562989--1563342	167	2.1	164	83	7	432	36	11	11	40	1.78
1563583--1564035	156	2.9	154	81	2	523	25	18	18	37	1.94
1563597--1564136	155	3.5	155	79	5	538	25	17	19	37	1.93
1567872--1567896	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1572289--1572597	107	2.9	107	83	1	388	38	33	16	11	1.84
1575478--1575516	19	2.1	19	90	0	60	23	23	5	48	1.70
1576503--1576977	167	2.9	166	81	7	501	48	8	12	30	1.71
1578239--1578328	45	2.0	44	85	8	119	42	10	26	21	1.84
1578259--1578366	46	2.4	45	85	4	137	38	11	27	22	1.88
1578396--1578669	94	2.9	95	77	6	222	44	16	17	20	1.86
1578396--1578788	48	8.4	48	73	9	193	42	15	18	23	1.88
1581353--1581397	22	2.0	24	82	8	58	33	2	6	57	1.37
1582120--1582712	156	3.8	156	83	2	622	37	19	18	24	1.94
1582120--1582712	311	1.9	311	80	4	694	37	19	18	24	1.94
1583168--1583219	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
1588412--1588536	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1588412--1588556	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
1588545--1588569	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1588615--1588639	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1589450--1589576	67	1.9	68	86	1	184	38	11	25	24	1.89
1589590--1590411	49	16.7	49	87	3	1084	31	17	26	25	1.97
1590404--1590505	33	3.2	32	85	9	147	15	18	37	28	1.92
1590412--1590512	32	3.1	32	88	4	150	17	17	37	26	1.93
1590517--1591344	34	25.6	32	77	13	549	31	12	34	21	1.91
1590497--1591411	132	7.1	129	79	12	811	31	13	33	21	1.91
1590522--1591344	62	12.8	61	81	11	725	31	13	34	21	1.91
1591029--1591334	106	3.1	100	80	12	330	32	12	33	21	1.90
1591188--1591476	93	3.0	93	81	7	285	31	14	31	22	1.94
1591188--1591476	31	9.0	32	86	4	223	31	14	31	22	1.94
1592428--1592477	8	5.8	8	78	17	55	2	10	6	82	0.92
1592428--1592477	19	2.9	16	78	18	55	2	10	6	82	0.92
1599650--1599774	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1599650--1599794	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
1599783--1599807	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1599874--1599898	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1605439--1605512	20	3.7	20	91	7	107	31	16	18	33	1.93
1610180--1610216	16	2.3	16	86	13	58	54	0	10	35	1.36
1611551--1611589	20	2.0	20	94	0	69	35	20	15	28	1.93
1614212--1614265	20	2.7	20	91	5	83	35	14	16	33	1.90
1616434--1616467	13	2.7	13	90	4	52	0	11	5	82	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617072--1617697	166	3.8	166	79	6	655	52	9	11	27	1.68
1619099--1619371	42	6.5	41	70	9	149	32	15	29	22	1.95
1619269--1619431	85	1.9	84	81	1	191	34	15	28	21	1.94
1619440--1619532	43	2.2	42	90	5	143	34	16	25	23	1.95
1619719--1619836	42	2.8	42	74	12	116	32	16	27	22	1.96
1620213--1620844	48	13.3	48	82	2	650	44	17	19	18	1.87
1620213--1620838	142	4.4	144	80	3	667	45	17	18	18	1.86
1621080--1621289	90	2.3	90	91	0	330	31	16	25	26	1.96
1626615--1627163	157	3.5	153	83	4	634	40	19	15	23	1.90
1628824--1628868	22	2.1	22	84	8	58	15	11	8	64	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16