genome.fa.s274.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold274
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1642345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604--668	13	5.0	13	100	0	130	38	15	15	30	1.88
4568--4612	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
6829--6854	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6809--6872	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
6809--6879	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
8268--8336	33	2.1	33	89	5	104	39	17	11	31	1.85
8298--8336	20	2.0	20	94	0	69	43	17	10	28	1.82
8290--8317	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
8365--8419	20	2.8	21	86	10	80	34	12	14	38	1.84
8365--8421	19	2.9	19	87	10	80	33	12	15	38	1.85
9106--9140	17	2.1	17	94	0	61	28	11	17	42	1.83
11934--11991	20	2.8	20	97	2	107	31	10	10	48	1.71
12037--12062	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
14467--14513	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
14635--14673	13	3.0	13	88	0	60	35	10	17	35	1.84
20843--20868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
23483--23511	14	2.1	14	100	0	58	34	6	37	20	1.80
28918--28992	6	12.7	6	69	18	50	1	21	0	77	0.85
28944--28992	21	2.4	22	80	12	61	2	20	0	77	0.87
29933--30053	28	4.3	28	83	0	80	23	16	28	31	1.96
29946--30088	28	5.1	28	84	1	162	21	17	28	32	1.96
30096--30183	28	3.4	28	64	23	82	23	21	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30086--30187	50	2.0	50	100	0	204	23	19	21	35	1.96
30136--30438	137	2.2	138	79	2	326	23	18	26	32	1.97
30239--30411	28	6.2	28	70	11	97	21	16	27	33	1.95
30428--30481	28	1.9	28	88	0	81	18	14	31	35	1.91
31734--31781	25	1.9	25	83	8	62	6	6	4	83	0.91
34067--34112	13	3.5	13	91	5	67	30	8	15	45	1.76
34568--34619	20	2.5	21	84	3	61	42	11	13	32	1.80
42224--42259	17	2.1	18	89	5	56	0	8	2	88	0.59
42223--42251	15	2.0	15	93	6	51	0	10	0	89	0.48
44647--45125	175	2.8	170	81	7	501	30	7	17	44	1.77
44820--45186	166	2.2	165	79	4	373	32	9	16	41	1.80
45592--45987	156	2.5	156	82	4	494	24	14	21	40	1.90
47026--47313	148	2.0	147	83	3	364	41	16	16	25	1.89
47004--47342	148	2.3	148	77	6	357	41	17	15	25	1.89
49291--49639	163	2.1	163	80	6	384	47	8	12	30	1.72
50837--51078	85	2.8	85	78	3	272	50	12	18	18	1.77
51310--51521	40	5.3	39	71	8	131	39	10	28	22	1.87
51273--51523	80	3.2	80	80	6	260	39	12	27	20	1.89
51528--51747	46	4.8	46	80	3	246	42	8	25	24	1.81
51528--51747	91	2.4	91	86	2	298	42	8	25	24	1.81
51732--51764	17	1.9	17	100	0	66	51	0	24	24	1.48
51684--51812	63	2.0	63	85	2	170	42	5	25	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51749--52033	46	6.2	46	81	2	331	42	12	24	20	1.87
51640--51856	109	2.0	109	83	0	272	42	8	24	23	1.82
51748--52033	92	3.1	92	85	3	387	42	12	24	20	1.87
54879--54912	14	2.4	14	86	13	52	5	0	5	88	0.64
58271--58356	19	4.8	19	78	17	94	41	15	13	29	1.85
58293--58317	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58274--58336	32	2.0	32	93	0	108	41	17	14	26	1.88
58917--59231	149	2.1	149	79	1	335	40	19	15	25	1.91
61388--61434	21	2.4	18	83	13	58	78	2	4	14	0.99
61753--61799	14	3.4	14	83	16	55	78	0	14	6	0.93
61756--61799	17	2.5	17	81	7	52	81	0	13	4	0.83
62094--62161	11	6.6	10	74	17	52	85	2	8	2	0.80
62096--62160	26	2.5	25	82	5	67	84	3	9	3	0.83
62094--62161	18	3.8	17	80	5	64	85	2	8	2	0.80
62105--62161	18	3.2	17	82	9	69	85	3	8	1	0.77
63260--63432	60	2.8	60	79	5	161	24	15	10	49	1.75
63333--63473	59	2.3	62	84	3	180	22	16	11	49	1.77
63511--64033	44	12.0	45	77	6	429	17	22	17	42	1.89
63511--64069	88	6.4	87	80	6	488	18	22	16	42	1.89
63664--64094	87	4.9	88	79	6	270	18	22	16	43	1.88
65922--65951	11	2.7	11	94	0	51	86	0	13	0	0.57
70487--70521	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72018--72064	22	2.1	22	100	0	94	14	12	27	44	1.82
74619--75471	157	5.4	157	73	8	678	41	19	13	25	1.87
74695--75472	313	2.5	309	77	7	737	42	19	12	25	1.87
76731--76776	24	1.9	24	86	0	65	6	10	6	76	1.16
78759--78796	15	2.6	15	91	4	60	26	0	18	55	1.43
84404--84439	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
84966--85058	27	3.4	26	81	10	89	39	0	0	60	0.97
84997--85054	20	3.0	20	82	12	59	44	0	0	55	0.99
85618--85793	10	15.9	10	69	21	70	49	2	1	46	1.24
85618--85747	12	11.1	13	71	18	56	47	1	2	48	1.23
85681--85739	11	5.3	11	78	11	66	54	0	0	45	0.99
85670--85830	34	4.5	35	71	17	116	50	1	2	45	1.22
85682--85741	23	2.8	22	82	9	70	55	0	0	45	0.99
85619--85800	22	8.1	22	69	18	101	50	2	2	45	1.26
90180--90218	9	4.3	9	93	0	60	41	0	33	25	1.56
90182--90216	3	11.7	3	93	0	61	37	0	34	28	1.58
92264--92316	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
92264--92332	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
92401--92425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
92382--92445	32	2.0	32	87	3	92	40	14	17	28	1.88
92952--92982	8	3.9	8	100	0	62	25	9	12	51	1.70
92987--93042	22	2.5	22	91	0	85	23	33	3	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101182--101235	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
105885--105910	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
105867--105930	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
109976--110014	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
114623--114648	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114605--114668	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
116489--116545	21	2.7	22	86	7	84	40	0	28	31	1.57
117150--117188	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
128316--128435	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
128316--128455	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
128444--128468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128509--128575	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
128531--128555	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
129448--129821	49	7.7	49	83	6	469	30	17	25	26	1.97
129448--129826	97	3.9	97	84	7	493	30	17	26	25	1.97
129439--129826	140	2.7	142	82	6	496	30	17	26	25	1.97
129821--130058	33	7.2	33	90	5	367	18	17	35	28	1.94
129822--130057	67	3.6	67	90	5	374	18	17	36	27	1.94
130060--130540	34	14.4	34	83	9	512	33	12	33	19	1.90
130128--130492	195	1.9	198	87	6	546	32	12	35	19	1.90
130323--130527	37	5.9	34	83	9	254	33	12	34	20	1.90
130531--130587	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134533--134586	21	2.7	20	83	13	67	31	12	16	38	1.87
134668--134692	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
139860--140232	184	2.0	185	98	0	730	36	18	13	31	1.90
143445--143498	21	2.7	20	86	13	76	31	14	16	37	1.89
143539--143591	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
144745--144769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148677--148701	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
148755--148804	19	2.6	19	87	3	64	40	16	14	30	1.87
157437--157461	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
157417--157479	33	1.9	33	90	6	101	31	15	15	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10