genome.fa.s274.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold274
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1642345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1139 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738921--738974	27	2.0	26	92	7	90	0	9	5	85	0.75
739212--739257	16	2.9	16	90	0	65	6	17	2	73	1.14
746251--746317	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
746669--746734	21	3.3	19	83	10	78	27	12	15	45	1.81
746694--746734	21	2.0	21	100	0	82	26	9	14	48	1.75
747311--747472	65	2.5	63	83	11	202	32	10	25	31	1.90
747313--747473	31	5.0	30	81	10	169	32	10	24	32	1.89
748141--748190	20	2.5	20	83	0	64	40	16	10	34	1.81
750542--750567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
750522--750585	32	2.0	33	90	9	105	29	15	15	39	1.89
752649--752691	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
754222--754247	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
754956--754994	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
756637--756683	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
756804--756855	13	4.0	13	100	0	104	38	15	15	30	1.88
758931--758961	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
760765--760809	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
763030--763055	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763010--763073	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
765195--765225	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
769279--769304	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
769259--769322	32	2.0	33	87	9	96	31	15	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773704--773800	30	3.2	30	75	13	110	26	25	10	37	1.88
773665--774371	60	11.7	61	76	9	480	23	23	11	41	1.87
773672--773830	30	5.3	30	67	13	94	24	24	11	39	1.88
773665--774333	120	5.5	120	77	6	553	24	23	11	40	1.87
774069--774237	30	5.6	30	71	8	128	24	23	10	42	1.85
774160--774267	30	3.6	30	74	9	103	26	21	9	42	1.83
775270--775659	159	2.4	155	79	8	399	32	9	6	51	1.59
776656--777426	161	4.8	161	84	3	944	34	10	13	41	1.79
779521--779584	33	2.0	32	84	3	83	26	14	15	43	1.85
779642--779679	20	1.9	20	94	0	67	28	10	23	36	1.88
779645--779805	63	2.6	63	86	2	216	31	11	19	37	1.88
783157--783245	36	2.6	33	82	7	108	31	25	13	29	1.94
787026--787083	21	2.8	21	77	15	66	20	24	1	53	1.55
788702--788772	36	2.0	36	91	2	117	28	29	9	32	1.89
789205--789257	10	5.1	10	73	8	52	39	5	26	28	1.79
792007--792039	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
792015--792057	14	3.6	12	87	12	54	0	18	0	81	0.69
792006--792058	10	4.9	11	82	13	58	0	20	0	79	0.74
795327--795356	10	2.9	10	95	5	51	13	6	0	80	0.91
795441--795494	28	2.0	27	82	10	65	38	3	5	51	1.43
795847--795893	20	2.3	21	73	23	55	34	12	21	31	1.91
799026--799273	29	8.6	29	76	9	175	39	3	20	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799028--799270	58	4.2	56	78	6	200	39	3	20	36	1.69
799025--799273	88	2.9	88	79	4	254	39	3	20	36	1.69
799388--800001	156	4.0	155	78	8	522	24	15	18	41	1.89
801767--801856	47	1.9	48	86	4	130	42	21	14	22	1.88
807663--807718	19	2.8	20	78	5	69	33	14	16	35	1.88
808707--808764	13	4.0	13	76	23	62	27	15	17	39	1.90
808720--808782	19	3.6	19	76	24	84	25	15	19	39	1.91
808687--808782	32	3.0	32	95	1	165	26	14	19	39	1.90
808824--808876	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
810738--810783	23	1.9	25	86	8	69	58	15	15	10	1.63
812045--812070	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
812025--812088	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
812754--812799	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
814536--814560	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
818455--818499	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
818633--818665	16	2.1	16	88	5	50	30	12	3	54	1.52
820717--820742	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
820697--820760	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
823411--823448	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
823481--823533	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
823481--823549	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
827533--827599	33	2.0	33	88	0	98	26	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828524--828665	20	6.9	19	78	14	113	30	16	17	35	1.92
828591--828665	20	3.8	20	94	1	125	32	16	16	36	1.90
828694--828740	20	2.3	20	85	0	67	34	17	14	34	1.90
830745--830779	15	2.3	15	95	0	61	77	0	22	0	0.78
830745--830779	12	2.9	12	95	0	61	77	0	22	0	0.78
832408--832433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
832390--832453	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
845446--845471	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
846682--846712	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
852793--852842	1	50.0	1	81	0	55	90	6	4	0	0.57
852793--852847	19	2.8	20	86	5	76	87	7	5	0	0.68
854188--854328	27	5.1	27	59	16	65	28	26	19	25	1.99
854491--854576	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
854734--854877	29	5.2	29	65	21	110	28	33	19	18	1.96
853830--854989	55	21.1	55	93	2	1849	28	29	20	22	1.98
860412--860467	1	56.0	1	83	0	67	91	5	3	0	0.52
860412--860467	23	2.4	23	90	0	85	91	5	3	0	0.52
861455--862798	55	24.4	55	93	1	1980	28	29	19	21	1.98
861813--861953	27	5.1	27	59	16	65	28	26	19	25	1.99
862116--862201	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
863418--863493	21	3.7	21	89	7	111	35	13	15	35	1.87
863529--863596	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863531--863593	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
863550--863574	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
863636--863661	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
866000--866133	51	2.6	51	81	8	162	32	25	9	32	1.88
866117--866192	27	2.8	27	88	9	102	22	34	22	21	1.97
866008--866396	52	7.4	51	69	13	218	29	25	12	32	1.93
866384--866455	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
866006--866506	263	1.9	263	89	2	774	27	26	13	31	1.94
866409--866611	78	2.6	79	83	2	239	24	30	16	28	1.97
868583--868608	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
870383--870427	20	2.4	18	86	13	72	42	8	17	31	1.80
870389--870429	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
871175--871200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
871157--871220	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
876704--876787	37	2.3	37	83	4	98	33	10	9	46	1.71
879414--879448	18	1.9	18	94	0	61	48	8	17	25	1.75
881211--881261	19	2.7	19	77	14	61	54	0	3	41	1.19
881351--881404	23	2.4	22	81	3	63	53	1	0	44	1.11
881383--881446	14	4.6	14	79	12	69	48	3	0	48	1.17
881618--881658	21	2.0	21	90	0	64	39	4	4	51	1.45
881959--882017	18	3.4	18	76	21	63	50	0	0	49	1.00
881953--882047	32	2.9	34	78	18	101	51	0	1	47	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881953--882036	16	5.1	16	73	16	66	51	0	0	48	1.00
881953--882050	34	2.9	32	85	10	126	51	0	1	47	1.07
884518--884552	3	11.7	3	100	0	70	34	0	34	31	1.58
891505--891555	20	2.6	19	79	11	59	29	17	13	39	1.88
891719--891757	20	2.0	19	90	5	60	35	7	15	41	1.76
894428--894526	16	6.2	16	77	13	105	29	17	17	36	1.92
894423--894526	32	3.2	33	82	8	126	29	17	16	36	1.92
901617--901878	41	6.1	41	73	12	150	43	14	15	27	1.85
901617--901806	82	2.3	82	82	5	224	42	14	14	28	1.85
906491--906542	16	3.2	16	78	10	61	25	1	1	71	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10