genome.fa.s274.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold274
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1642345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1139 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157511--157566	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90
160435--160460	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
164607--164704	42	2.4	41	84	8	119	37	17	9	35	1.82
164696--164802	42	2.5	43	76	13	114	38	16	9	35	1.81
165642--165675	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
167194--167273	36	2.4	32	80	13	92	30	21	16	32	1.95
167208--167277	36	2.0	36	91	2	115	25	25	12	35	1.92
171146--171171	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
172155--172202	21	2.3	20	79	10	51	22	16	2	58	1.49
172172--172213	21	2.0	21	86	9	59	21	19	0	59	1.38
173760--173856	36	2.8	34	84	7	124	30	23	11	34	1.90
174329--174353	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
174310--174371	33	1.9	33	90	3	99	38	14	17	29	1.89
175024--175416	136	2.9	132	79	5	450	36	11	24	27	1.90
175245--175362	53	2.2	53	80	4	132	34	11	26	27	1.91
177933--177988	20	2.7	21	84	15	73	30	17	14	37	1.90
177934--178005	21	3.5	21	83	11	78	29	18	13	38	1.89
179364--179390	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
179967--180012	22	2.1	22	88	4	67	34	26	4	34	1.76
179988--180048	29	2.1	30	87	3	88	36	19	3	40	1.68
181724--181771	21	2.3	21	82	17	64	47	0	14	37	1.44
188314--188347	13	2.6	13	85	0	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189422--189456	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
189794--189831	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
194172--194206	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
195789--195818	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
200152--200228	20	3.8	20	79	6	93	40	12	15	31	1.85
200756--200788	16	2.1	16	88	11	50	63	0	3	33	1.10
202129--202332	100	2.0	102	97	2	385	43	11	24	21	1.85
206331--206491	81	2.0	81	92	2	270	28	6	11	54	1.60
207003--207031	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
207572--207630	22	2.7	23	75	17	61	54	1	0	44	1.10
207678--207706	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
208359--208399	3	13.7	3	89	0	64	29	0	4	65	1.13
208793--208826	6	5.7	6	96	0	59	61	0	0	38	0.96
209794--209839	3	15.3	3	95	0	83	65	0	34	0	0.93
211865--211898	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
214577--214611	17	2.1	17	100	0	70	42	11	22	22	1.85
217315--217446	51	2.6	51	83	1	156	40	10	17	31	1.83
217501--217555	20	2.7	20	83	8	67	30	14	10	43	1.80
218866--218959	32	3.0	32	85	6	129	15	39	19	25	1.91
219883--219927	13	3.5	13	82	11	58	77	2	0	20	0.87
219898--219929	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
229733--229771	20	1.9	21	89	5	62	48	10	12	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230532--231105	83	6.8	84	84	4	669	24	17	28	29	1.97
230532--231111	28	20.7	28	85	3	675	24	17	29	29	1.97
232339--232383	21	2.1	21	84	8	56	0	4	11	84	0.76
232736--232804	34	2.0	34	97	0	129	17	27	18	36	1.94
245887--245953	20	3.4	19	79	8	80	40	14	14	29	1.87
247308--247441	62	2.2	62	81	0	160	31	8	14	45	1.75
251450--251520	32	2.2	32	87	0	106	36	12	14	36	1.84
256795--256836	20	2.0	21	90	4	68	33	11	23	30	1.91
256864--256924	13	5.2	13	74	22	71	39	14	14	31	1.87
256865--256944	33	2.4	33	100	0	160	40	12	15	32	1.84
256878--256946	20	3.8	20	75	25	89	39	11	14	34	1.82
256968--257019	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
256976--257038	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
256968--257038	32	2.2	32	100	0	142	35	19	12	32	1.90
261574--262482	79	11.5	78	79	5	807	26	24	13	34	1.93
261549--262523	237	4.1	237	78	6	904	26	24	13	35	1.92
262418--262648	125	1.8	126	84	5	315	27	21	13	37	1.91
263547--263606	32	1.9	30	83	12	77	58	10	10	21	1.60
263886--263911	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263865--263929	32	2.0	33	90	6	105	29	12	13	44	1.81
263865--263929	19	3.6	19	71	26	61	29	12	13	44	1.81
264544--264647	47	2.4	39	75	23	118	36	22	4	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264559--264655	47	2.1	47	100	0	194	34	22	6	37	1.79
264562--264637	25	3.2	25	64	17	70	32	25	5	36	1.78
266004--266046	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
266490--266515	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
272353--272411	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
272671--272735	32	2.0	33	90	6	105	29	12	13	44	1.81
277595--278243	156	4.1	157	85	5	773	32	13	26	28	1.94
277597--278243	79	8.3	78	83	6	774	32	13	26	27	1.94
277605--278243	235	2.7	233	84	6	822	32	13	26	28	1.94
277651--278245	157	3.8	153	84	5	590	32	12	26	28	1.93
280485--280512	10	2.8	10	100	0	56	32	7	10	50	1.64
280977--281099	42	2.9	41	82	7	140	40	13	23	22	1.89
281026--281125	41	2.4	42	83	5	114	34	15	26	25	1.95
281112--281794	61	11.2	61	84	5	866	26	18	29	26	1.98
282766--282802	16	2.5	15	87	12	51	0	2	16	81	0.81
289638--289679	6	6.8	6	83	5	57	78	14	2	4	1.01
289640--289675	12	2.9	12	95	4	63	75	16	2	5	1.12
291544--291647	29	3.6	28	69	13	68	25	12	16	46	1.82
291526--291822	58	5.2	58	78	8	238	25	10	15	48	1.77
292174--292247	30	2.5	30	95	0	130	25	17	16	40	1.90
297178--297241	19	3.7	18	72	23	66	34	17	12	35	1.87
297172--297240	32	2.2	32	94	0	120	34	17	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297197--297222	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
297209--297262	21	2.7	20	85	5	74	31	16	12	38	1.87
297879--299018	49	24.0	49	76	12	867	31	18	25	24	1.97
297879--299018	101	12.0	100	83	7	987	31	18	25	24	1.97
298439--298768	39	7.7	39	69	19	169	27	20	26	26	1.99
298391--299013	87	7.0	88	81	7	597	29	19	25	25	1.98
298654--299005	136	2.6	137	90	0	553	29	18	26	25	1.98
299113--299276	27	6.0	27	85	2	193	27	13	34	25	1.93
299111--299275	55	3.0	54	82	8	183	27	13	33	24	1.93
299311--299556	31	8.1	31	82	11	287	31	15	29	23	1.95
299308--299551	61	4.0	61	87	6	327	30	15	30	23	1.95
300533--300662	50	2.5	51	81	8	165	29	26	10	33	1.89
300598--300882	79	3.6	78	78	4	268	28	25	11	34	1.91
300833--300952	52	2.4	51	84	5	145	26	29	14	30	1.95
300754--301031	130	2.1	130	80	5	319	24	27	15	32	1.95
300887--301107	79	2.8	79	85	0	273	27	26	12	33	1.93
300546--301068	288	1.8	287	81	6	655	27	25	13	34	1.93
300678--301206	209	2.5	207	79	4	551	28	26	12	33	1.92
301043--301159	51	2.3	50	80	10	130	32	24	9	33	1.87
300851--301247	209	1.9	210	79	5	455	29	25	10	33	1.90
304486--304558	20	3.7	19	87	7	85	28	16	16	38	1.90
304606--304682	32	2.4	33	88	4	120	37	7	16	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312391--312457	33	2.0	33	85	0	89	25	28	17	28	1.98
316785--317055	135	2.0	136	97	0	508	38	15	24	21	1.92
317581--317614	9	3.7	9	84	7	50	82	0	17	0	0.67
317581--317617	19	1.9	19	94	0	65	83	0	16	0	0.64
318524--319092	61	9.3	61	82	5	657	26	25	18	29	1.98
318524--319098	121	4.7	122	84	4	662	26	25	18	29	1.98
319115--319351	41	5.7	42	87	4	293	23	24	10	40	1.87
322284--322488	79	2.6	78	85	2	268	27	23	13	35	1.92
322552--322663	51	2.2	52	88	6	174	31	24	11	33	1.91
322604--322906	79	3.8	76	77	7	284	28	25	12	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10