genome.fa.s274.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold274
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1642345

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1139 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1280079--1284526	159	28.1	160	64	14	703	30	18	13	36	1.90
1279850--1285529	475	12.0	475	85	2	6802	31	18	13	36	1.90
1285291--1285798	269	1.9	269	81	2	617	30	15	14	39	1.87
1284835--1286273	744	1.9	744	81	3	1739	31	17	13	37	1.89
1285560--1287223	475	3.5	471	84	3	1901	31	18	13	36	1.90
1288168--1292225	476	8.5	476	73	11	2568	31	18	13	36	1.90
1294522--1294589	20	3.8	20	74	25	87	30	11	17	39	1.86
1294543--1294601	13	5.0	13	69	23	58	30	13	16	38	1.88
1294523--1294619	33	3.0	33	93	4	162	28	13	18	39	1.89
1294701--1294725	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1294683--1294818	52	2.6	53	91	2	220	30	13	19	36	1.90
1296549--1297249	158	4.4	156	67	13	376	36	12	19	31	1.89
1295210--1297470	476	4.7	476	85	2	2921	36	13	19	31	1.90
1298286--1298350	32	2.0	32	84	3	85	44	15	13	26	1.84
1298988--1299047	25	2.4	25	85	0	84	23	25	3	48	1.66
1304238--1304313	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1304237--1304322	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1304228--1304346	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
1313308--1313348	19	2.2	19	86	4	57	17	9	2	70	1.25
1319384--1319502	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
1319408--1319493	24	3.8	24	70	17	85	10	44	2	43	1.51
1319399--1319469	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322058--1322111	20	2.7	20	88	5	74	38	18	11	31	1.86
1322140--1322193	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
1326623--1327972	472	2.8	472	84	3	1762	39	13	17	29	1.88
1327088--1328819	889	2.0	885	89	2	2643	38	13	17	30	1.88
1327973--1329037	477	2.2	475	86	3	1482	36	13	19	30	1.90
1334167--1334285	42	2.8	42	89	0	166	9	44	1	44	1.46
1334201--1334275	12	6.8	11	78	15	59	10	46	1	41	1.47
1334224--1334255	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
1336087--1337247	159	7.3	158	66	14	418	35	14	18	31	1.91
1335902--1337289	476	2.9	475	87	3	1886	36	14	18	31	1.90
1336700--1339077	893	2.7	894	91	2	3740	34	14	17	33	1.91
1338496--1340355	470	4.0	470	81	4	2174	36	12	18	31	1.89
1340749--1340774	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1340730--1340794	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1346562--1346690	42	3.1	42	87	1	179	7	44	2	45	1.45
1351078--1351103	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1353186--1353314	42	3.1	42	87	1	179	45	2	44	7	1.45
1361454--1361479	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1364035--1364087	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
1365105--1365652	278	2.0	276	86	3	780	33	13	19	33	1.91
1365379--1366638	476	2.7	473	85	4	1559	36	12	18	31	1.89
1366647--1370255	476	7.7	474	82	6	4009	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368429--1370425	916	2.2	888	78	11	2086	36	13	18	30	1.90
1381356--1381526	59	2.9	58	98	1	333	43	22	13	20	1.86
1381473--1382519	475	2.2	474	87	2	1469	36	14	16	31	1.89
1381736--1382372	158	4.0	158	67	12	338	36	15	15	32	1.89
1381830--1382506	158	4.3	157	67	14	384	35	14	16	32	1.90
1382741--1382803	19	3.7	18	74	24	64	31	12	17	38	1.87
1382760--1382784	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1382741--1382811	32	2.2	32	94	0	124	30	12	18	38	1.88
1382856--1382883	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1386029--1394727	476	18.3	475	83	4	9859	36	14	17	32	1.90
1386228--1394011	159	49.2	158	65	13	1698	36	14	17	32	1.90
1397986--1398050	33	2.0	33	84	6	87	32	16	15	35	1.91
1398080--1398117	20	1.9	19	89	5	58	31	18	13	36	1.89
1398499--1398571	20	3.7	19	84	12	78	30	15	16	38	1.89
1398601--1398663	33	1.9	33	90	6	101	33	11	19	36	1.87
1404930--1404969	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1408032--1408855	425	1.9	423	82	3	1028	37	14	16	31	1.89
1408542--1411075	954	2.7	937	81	6	2824	35	13	19	32	1.90
1412013--1413721	473	3.6	472	82	4	2078	35	13	18	32	1.89
1413765--1416290	474	5.4	473	82	5	2904	36	13	18	31	1.89
1416029--1416421	157	2.5	158	81	9	421	35	13	18	32	1.90
1416116--1416447	157	2.1	157	84	5	436	34	13	18	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416177--1416483	157	2.0	157	83	6	390	33	14	18	33	1.91
1415649--1417147	633	2.4	633	83	4	1849	35	12	18	32	1.89
1416751--1417084	158	2.1	159	81	3	388	34	13	18	33	1.90
1416856--1417145	158	1.8	157	80	5	343	34	13	17	33	1.89
1427122--1427159	20	1.9	20	94	0	67	47	10	15	26	1.78
1427923--1429189	476	2.7	473	83	4	1632	35	14	19	30	1.92
1429010--1429374	186	2.0	186	91	1	597	38	13	18	29	1.90
1431538--1433116	474	3.3	470	85	4	2097	36	13	18	31	1.90
1433120--1434904	469	3.8	468	79	6	1817	36	13	17	31	1.89
1435078--1435121	19	2.1	21	88	12	65	47	6	9	36	1.62
1435347--1435487	33	4.3	33	100	0	282	36	12	14	36	1.84
1439802--1439847	20	2.3	20	85	3	58	28	17	17	36	1.92
1440672--1443083	476	5.1	475	82	3	2882	37	12	17	32	1.88
1443406--1443468	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
1443373--1443460	19	4.7	19	70	27	71	35	11	17	36	1.85
1443491--1443536	12	4.1	12	72	16	53	36	19	13	30	1.90
1443524--1443673	52	2.9	53	88	4	216	35	18	16	30	1.92
1457438--1457542	39	2.7	39	78	11	99	81	12	3	1	0.90
1457438--1457542	11	9.6	11	69	12	65	81	12	3	1	0.90
1457440--1457521	30	2.6	31	83	12	98	84	9	4	1	0.83
1457440--1457542	26	4.1	25	79	6	91	82	11	3	1	0.88
1457438--1457527	44	2.0	47	85	12	127	83	11	4	1	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457440--1457524	1	85.0	1	71	0	53	84	9	4	1	0.81
1459044--1459205	33	4.8	34	77	12	147	20	27	13	38	1.90
1459457--1459754	52	6.0	49	71	10	201	24	25	16	33	1.96
1460364--1460420	13	3.9	13	72	24	51	36	14	15	33	1.88
1460352--1460442	32	2.8	32	89	5	128	38	12	15	34	1.84
1460546--1460673	52	2.5	52	89	1	195	35	16	17	30	1.92
1466170--1466284	42	2.7	42	90	2	187	45	1	44	8	1.45
1466245--1466294	18	2.8	18	81	6	57	46	2	44	8	1.44
1472213--1472331	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1472246--1472321	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1472237--1472322	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1472228--1472298	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1473079--1473115	19	1.9	19	94	0	65	5	13	5	75	1.15
1478906--1483191	476	9.1	476	82	4	4937	36	13	18	31	1.90
1484433--1484500	19	3.6	19	88	9	88	41	16	14	27	1.87
1518166--1518210	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1520445--1520470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1520937--1521036	31	3.1	32	86	4	130	37	11	16	36	1.83
1521073--1521097	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1521106--1521234	52	2.5	52	93	5	233	34	18	18	28	1.95
1528061--1528100	10	4.0	10	87	9	55	85	12	2	0	0.71
1528062--1528087	9	2.9	9	100	0	52	92	7	0	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1528061--1528100	21	1.9	21	89	0	62	85	12	2	0	0.71
1528422--1528461	13	3.1	13	85	7	55	87	12	0	0	0.54
1528424--1528462	19	2.1	18	90	4	60	89	10	0	0	0.48
1529421--1529728	31	9.9	30	83	8	350	24	28	17	29	1.97
1529421--1529722	62	4.9	62	90	3	398	24	28	17	28	1.97
1529609--1530962	100	13.6	98	80	10	988	20	33	13	32	1.91
1529672--1530967	235	5.5	231	87	4	1521	19	33	13	32	1.91
1529707--1530962	335	3.7	335	87	4	1596	19	34	13	32	1.91
1530977--1531530	33	17.3	32	88	6	795	28	33	18	18	1.95
1530977--1531523	63	8.5	64	91	3	811	28	33	18	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10