genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3183--3218	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
4652--4714	26	2.5	26	87	7	85	49	0	1	49	1.10
4658--4719	13	5.0	12	78	19	65	51	0	1	46	1.10
7899--7936	10	4.0	10	80	13	53	0	18	0	81	0.69
7905--7962	17	3.3	17	81	13	64	1	22	1	74	1.01
12114--12165	19	2.7	19	90	3	77	36	17	15	30	1.91
12150--12176	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
16509--16533	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16598--16622	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17455--17680	52	4.5	52	78	9	188	34	17	23	25	1.96
17558--17784	43	5.1	43	81	6	283	31	18	24	25	1.98
17514--17784	92	3.0	92	88	5	383	31	18	24	25	1.97
17779--17907	33	3.9	33	88	4	199	20	17	32	29	1.96
17777--17911	65	2.1	65	90	5	213	21	17	31	29	1.96
17898--18054	34	4.5	35	79	9	169	35	12	31	21	1.90
17898--18053	70	2.2	69	84	4	188	35	12	31	21	1.90
19535--19583	1	49.0	1	79	0	53	0	0	10	89	0.48
19528--19588	8	7.5	8	85	10	79	0	0	14	85	0.60
19537--19583	9	5.4	9	94	5	80	0	0	10	89	0.49
19537--19588	17	3.1	17	89	8	79	0	0	13	86	0.57
19528--19588	25	2.5	25	91	2	97	0	0	14	85	0.60
33414--33467	20	2.7	20	100	0	108	42	11	11	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33364--33498	72	1.9	72	93	3	236	33	15	17	34	1.91
33507--33531	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33573--33599	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
34413--34642	55	4.6	52	79	9	196	35	17	22	24	1.95
34413--34741	43	6.9	50	76	12	243	33	17	23	25	1.96
34520--34746	43	5.1	43	82	6	292	31	18	24	25	1.98
34476--34746	92	3.0	92	89	5	392	31	18	24	25	1.98
34741--34869	33	3.9	33	87	4	190	20	17	31	29	1.96
34739--34873	65	2.1	65	89	5	204	22	17	31	29	1.96
34860--35016	70	2.2	69	85	4	199	35	12	32	20	1.89
34860--35015	34	4.5	35	80	9	176	35	12	32	20	1.90
36497--36544	1	48.0	1	78	0	51	0	0	10	89	0.48
36475--36554	15	5.1	16	77	16	69	2	0	16	81	0.80
36478--36530	27	2.0	27	88	0	79	1	0	15	83	0.74
36487--36556	7	9.6	7	82	13	63	1	0	15	82	0.73
36499--36544	9	5.4	9	89	10	71	0	0	10	89	0.50
36490--36556	15	4.2	16	83	12	77	1	0	14	83	0.72
36490--36556	24	2.8	24	90	4	100	1	0	14	83	0.72
36478--36551	24	2.9	27	80	12	84	2	0	14	82	0.78
48841--48961	52	2.3	52	94	0	206	29	18	18	33	1.94
48969--48993	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49059--49083	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51261--51287	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
51316--51354	20	1.9	21	94	5	71	30	17	15	35	1.91
53234--53259	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
53216--53279	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
55479--55528	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
59286--59311	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
59462--59511	20	2.5	20	100	0	100	38	18	12	32	1.87
60039--60082	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
61885--61923	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
64002--64032	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
65837--65881	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
68097--68122	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69386--69422	13	2.8	13	100	0	74	29	13	16	40	1.86
69545--69590	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
71974--71999	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
71956--72019	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
77268--77336	33	2.1	33	89	5	104	39	18	10	31	1.84
77386--77412	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
80744--80811	19	3.9	18	73	23	74	36	11	14	36	1.83
80746--80808	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
80872--81000	52	2.5	52	98	0	249	34	17	19	28	1.95
83126--83179	27	2.1	26	86	10	76	24	38	16	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92265--92341	33	2.3	33	88	4	111	33	12	18	35	1.89
92290--92341	13	4.5	13	71	26	53	32	11	17	38	1.85
94541--94583	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
94541--94583	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
96630--96668	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
96759--96895	53	2.6	53	95	1	247	26	16	18	38	1.92
96865--96935	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
96976--97014	20	2.0	20	85	10	53	41	10	12	35	1.77
99868--99894	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
102520--102582	32	2.0	32	100	0	126	34	12	12	39	1.82
105737--105776	20	2.0	21	90	5	64	52	12	12	22	1.72
106673--106731	20	2.9	19	82	12	64	37	10	13	38	1.79
114057--114176	51	2.4	51	80	2	125	29	15	28	26	1.96
113981--114498	130	4.0	130	82	4	553	34	13	24	27	1.93
114110--114255	79	1.8	79	82	5	188	31	13	26	28	1.94
114191--114306	51	2.2	53	90	3	182	33	12	24	30	1.91
114319--114438	51	2.4	51	85	2	161	33	14	25	27	1.94
116858--116912	20	2.8	20	94	0	92	49	12	10	27	1.74
117319--117369	23	2.2	23	89	0	75	39	13	13	33	1.84
117498--117699	103	2.0	103	85	7	277	34	13	24	27	1.93
120081--120153	20	3.6	20	77	3	65	35	15	16	32	1.90
121322--121370	18	2.6	19	84	12	57	2	22	2	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121961--121990	13	2.4	13	94	5	53	13	0	6	80	0.91
128846--129336	244	2.0	244	97	0	937	32	12	15	39	1.86
134814--134886	34	2.1	34	84	0	92	32	19	16	31	1.94
134898--135004	31	3.4	31	73	1	88	29	20	19	29	1.97
134900--134990	31	2.9	32	73	4	105	30	21	16	30	1.96
134880--135130	32	7.9	32	75	4	161	28	22	19	29	1.98
135434--135490	28	2.0	28	86	0	78	38	29	21	10	1.87
135643--136756	52	21.5	52	72	4	602	27	22	15	34	1.95
135643--136756	260	4.3	258	79	4	936	27	22	15	34	1.95
137076--137210	51	2.6	51	89	2	209	26	14	14	44	1.83
139524--139957	79	5.5	76	80	8	390	29	24	11	33	1.91
139530--139957	158	2.7	157	81	7	467	29	24	11	33	1.91
141989--142050	4	15.5	4	89	0	97	27	1	0	70	0.96
153393--153621	61	3.8	60	77	12	186	28	26	14	30	1.95
153536--153739	112	1.8	112	82	2	266	28	28	13	29	1.94
153628--153826	59	3.3	59	80	4	204	27	27	16	29	1.97
153662--153841	61	3.0	60	82	7	188	25	27	17	30	1.97
153721--153957	127	1.8	129	79	7	275	25	24	18	30	1.98
155982--156533	79	7.0	79	82	5	573	29	23	11	35	1.90
162011--162062	20	2.6	20	100	0	104	30	11	19	38	1.87
164904--164961	20	2.9	21	87	7	84	39	12	17	31	1.86
164942--164972	13	2.4	13	94	0	53	38	12	16	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164923--164992	33	2.1	33	94	0	122	40	11	18	30	1.86
164904--165009	53	2.0	53	83	7	135	41	12	16	30	1.84
165616--165715	41	2.4	41	83	6	123	45	9	26	20	1.80
165762--165916	42	3.6	42	78	9	168	36	14	27	21	1.92
165899--166136	122	2.0	122	89	3	372	30	19	25	24	1.98
165900--166137	61	3.9	61	83	5	318	30	19	25	24	1.98
166194--166400	60	3.5	59	85	4	263	26	19	28	25	1.99
166340--166591	100	2.6	97	87	6	350	26	19	28	25	1.98
166413--166811	155	2.6	155	86	1	530	28	20	26	24	1.99
166676--166991	62	5.2	61	82	8	362	30	21	23	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16