genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1692467--1692527	32	1.9	32	96	0	113	39	16	9	34	1.82
1692565--1692641	21	3.7	21	82	3	93	36	18	11	33	1.87
1693388--1693465	20	3.9	20	80	6	77	28	14	20	37	1.91
1695928--1696034	51	2.1	51	94	0	196	32	14	14	37	1.88
1701364--1701824	241	1.9	238	83	6	592	31	18	20	29	1.96
1702357--1702382	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1703302--1703326	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1703280--1703347	33	2.1	33	86	5	93	32	16	17	33	1.92
1706201--1706228	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1706181--1706247	33	2.0	33	88	11	102	29	16	13	40	1.87
1713475--1713533	20	2.8	20	82	5	64	37	13	11	37	1.82
1713791--1713836	21	2.2	21	88	3	67	34	17	8	39	1.80
1719613--1719637	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1721549--1721590	15	3.1	15	74	25	56	50	0	0	50	1.00
1721542--1721589	11	3.7	13	76	20	55	50	0	2	47	1.12
1721549--1721591	11	3.2	14	78	21	56	51	0	0	48	1.00
1723433--1723487	28	2.0	28	92	0	92	25	18	12	43	1.85
1723694--1723727	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
1724770--1724794	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1726572--1726620	18	2.8	18	72	27	52	63	0	0	36	0.95
1727068--1727105	20	1.9	20	88	0	58	60	0	2	36	1.11
1727080--1727158	32	2.4	32	91	4	122	56	1	0	41	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1731072--1731112	18	2.3	18	95	0	73	17	19	7	56	1.64
1733258--1733291	3	11.3	3	87	0	50	61	2	2	32	1.26
1743525--1743585	20	2.8	22	80	11	81	42	0	3	54	1.17
1745410--1745464	28	2.0	28	96	0	101	25	16	12	45	1.83
1746748--1746772	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1748554--1748602	18	2.8	18	72	27	52	63	0	0	36	0.95
1749047--1749179	5	28.4	5	65	18	54	54	0	0	44	1.05
1749064--1749152	32	2.7	32	91	7	133	57	0	0	42	0.98
1749041--1749123	25	3.2	26	75	11	82	59	0	1	39	1.05
1750465--1750518	20	2.7	20	91	5	83	38	18	11	31	1.86
1750548--1750601	19	2.8	20	85	5	74	42	14	11	31	1.81
1751205--1751246	22	1.9	22	95	0	75	23	33	2	40	1.68
1753214--1753254	20	2.0	20	85	9	55	53	17	0	29	1.44
1759199--1759236	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
1759271--1759324	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
1760500--1760563	32	2.0	33	87	3	94	37	12	15	34	1.85
1761585--1761619	12	2.9	12	91	0	52	34	25	8	31	1.86
1765488--1765514	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1767217--1767251	18	1.9	18	94	0	61	40	0	28	31	1.57
1768076--1768101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1768056--1768119	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
1772634--1772708	20	3.8	19	78	7	87	33	12	12	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1774038--1774105	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1780246--1780270	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1782103--1782151	24	2.0	24	96	0	89	34	0	18	46	1.49
1782814--1782839	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1782794--1782861	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
1797843--1799056	28	42.4	28	80	11	1109	27	29	18	23	1.98
1797912--1799056	509	2.2	510	83	8	1423	27	29	19	23	1.98
1799667--1799744	20	3.9	19	72	8	66	33	7	12	46	1.71
1799667--1799744	40	2.0	39	85	7	104	33	7	12	46	1.71
1806615--1806677	32	2.0	32	93	0	108	34	11	17	36	1.85
1809870--1809947	20	3.9	20	77	9	79	39	11	15	33	1.83
1810509--1810570	32	1.9	32	90	0	97	27	16	24	32	1.96
1810522--1811135	28	21.5	28	82	7	661	23	17	29	29	1.97
1810582--1811135	172	3.3	168	85	4	729	22	17	30	29	1.97
1812350--1812419	23	3.0	24	76	15	74	7	4	8	80	1.03
1812349--1812428	8	9.8	8	75	15	65	6	3	8	81	0.98
1812356--1812429	17	4.4	17	76	6	71	6	2	8	82	0.93
1821733--1821776	23	1.9	23	85	0	61	68	6	13	11	1.39
1825940--1826014	20	3.8	19	82	7	96	38	13	14	33	1.85
1827988--1828104	51	2.3	51	90	0	189	42	11	18	27	1.84
1828068--1828144	20	3.8	20	81	6	102	38	15	16	28	1.90
1829052--1829118	32	2.1	32	91	0	107	29	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1829058--1829426	28	12.9	28	82	6	332	21	17	30	30	1.96
1830675--1830713	17	2.3	17	86	0	51	2	2	10	84	0.81
1830677--1830773	39	2.5	38	85	9	117	4	3	11	81	0.94
1830674--1830773	10	10.5	10	69	9	59	4	3	11	82	0.92
1830676--1830791	46	2.5	43	80	18	119	5	3	10	81	0.97
1835472--1835525	19	2.8	18	77	20	63	33	16	12	37	1.87
1836243--1836640	49	8.2	49	73	10	246	30	19	26	23	1.98
1836275--1836553	151	1.8	150	82	4	355	32	17	26	23	1.97
1836255--1836566	151	2.1	151	79	5	348	32	18	26	23	1.97
1836529--1836684	39	3.6	43	76	13	131	28	19	26	25	1.99
1836615--1836683	21	3.2	21	67	18	61	30	17	26	26	1.97
1836722--1836994	57	4.8	56	82	8	311	21	17	28	32	1.96
1836722--1836998	29	9.7	29	82	7	311	20	17	28	32	1.96
1838411--1838471	11	5.2	12	79	16	74	1	0	13	85	0.68
1838411--1838488	9	8.7	9	79	12	72	1	1	14	83	0.78
1838425--1838475	4	12.8	4	77	8	50	1	0	13	84	0.71
1838411--1838490	8	9.9	8	80	11	83	1	1	15	82	0.80
1838412--1838488	26	2.9	26	81	12	86	1	1	14	83	0.79
1845890--1845942	20	2.6	20	81	3	61	41	15	15	28	1.87
1845994--1846018	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1845974--1846041	33	2.1	32	86	2	91	36	17	13	32	1.89
1847625--1847658	9	3.8	9	96	0	59	38	0	35	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1847625--1847658	3	11.3	3	87	0	50	38	0	35	26	1.57
1854697--1854749	20	2.6	21	81	3	63	39	13	16	30	1.87
1854801--1854825	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1854782--1854848	33	2.1	32	88	2	98	35	17	14	31	1.91
1858148--1858189	19	2.2	19	100	0	84	42	14	16	26	1.86
1858160--1858222	32	1.9	33	87	9	94	41	14	14	30	1.85
1863490--1863559	19	3.7	19	90	0	104	30	11	18	40	1.86
1863612--1863636	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1871140--1871568	213	2.0	213	94	0	750	30	20	24	24	1.99
1875134--1875200	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1875739--1875794	21	2.6	22	91	5	96	39	10	23	26	1.87
1875855--1875940	34	2.5	34	94	0	145	26	20	18	33	1.96
1875923--1875993	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
1876033--1876073	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1879135--1879228	13	7.3	13	71	17	72	81	12	5	0	0.84
1879127--1879217	25	3.6	26	80	15	111	82	10	6	0	0.84
1879108--1879229	10	13.0	9	71	17	52	79	10	9	0	0.94
1879135--1879228	17	5.8	16	74	10	68	81	12	5	0	0.84
1879128--1879228	26	3.8	26	72	21	86	81	11	6	0	0.88
1880524--1881763	102	12.3	102	85	5	1400	23	25	17	33	1.96
1880523--1881821	254	5.2	251	81	7	1426	23	25	17	33	1.96
1880524--1881672	356	3.3	353	86	4	1474	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1880566--1881715	49	22.8	49	79	8	1161	22	25	17	34	1.96
1882521--1882603	19	4.7	19	78	17	97	31	10	19	38	1.86
1882522--1882584	32	2.0	32	96	0	117	31	12	19	36	1.89
1882541--1882565	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1882688--1882817	52	2.5	52	87	1	188	37	18	16	27	1.92
1883657--1883702	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
1897644--1897706	19	3.4	18	78	21	69	85	1	9	3	0.77
1897643--1897703	22	2.9	21	80	7	70	85	1	9	3	0.78
1897642--1897770	23	5.3	23	74	19	100	81	10	6	1	0.94
1897642--1897770	21	6.0	21	71	16	77	81	10	6	1	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16