genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  2  of  16  ( 1890 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166695--166991	124	2.4	122	86	6	408	29	21	23	24	1.99
172700--172764	20	3.6	20	73	26	81	30	12	10	46	1.76
172720--172776	13	4.8	13	70	24	54	31	14	12	42	1.82
172698--172776	33	2.4	33	100	0	158	30	12	12	44	1.80
172761--172797	19	1.9	19	100	0	74	32	16	16	35	1.91
172825--172878	20	2.7	20	88	5	74	33	12	16	37	1.87
179038--179064	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
179194--179234	21	2.0	22	85	9	59	31	24	0	43	1.54
181637--181690	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
183249--183485	128	1.8	132	81	9	297	44	8	5	41	1.56
184247--184325	33	2.4	33	89	2	124	48	11	11	29	1.74
187981--188043	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
188000--188024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
187981--188049	32	2.2	32	100	0	138	33	11	18	36	1.87
188798--188862	33	2.0	33	87	0	94	33	12	13	40	1.82
188818--188842	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188905--188932	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
201436--201477	16	2.6	16	84	0	57	26	4	11	57	1.54
201433--201493	32	1.9	32	82	0	77	32	4	13	49	1.63
201722--201754	16	2.1	16	88	11	50	54	0	0	45	0.99
207365--207418	27	2.0	27	96	0	99	42	14	14	27	1.85
208346--208395	14	3.6	14	84	10	75	26	4	0	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208343--208398	28	2.0	28	100	0	112	25	7	0	67	1.15
208351--208412	28	2.2	28	85	2	79	22	11	1	64	1.34
212661--212705	21	2.2	20	84	4	54	35	4	0	60	1.17
218186--218238	16	3.2	16	76	10	61	45	0	0	54	0.99
218191--218310	34	3.4	33	75	18	109	42	0	0	55	1.11
218191--218290	19	5.4	18	72	16	73	41	0	1	58	1.05
218210--218291	38	2.1	40	90	6	132	39	0	1	59	1.05
218218--218302	20	4.3	19	71	20	59	41	1	1	56	1.14
218755--218787	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
222096--222136	16	2.5	17	80	11	50	43	2	4	48	1.37
222175--222203	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
222290--222329	13	3.2	13	86	10	57	45	0	0	55	0.99
223155--223184	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
223485--223548	23	2.7	24	79	13	60	32	1	3	62	1.20
231330--231355	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
236080--236237	79	2.0	79	94	0	280	47	13	21	17	1.82
238154--238183	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
238820--238860	17	2.5	17	85	14	52	43	0	0	56	0.99
242333--242358	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
242999--243084	38	2.3	39	83	4	104	31	25	5	37	1.80
244927--244965	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
251147--251172	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252192--252226	13	2.8	13	86	4	54	37	20	11	31	1.88
252170--252238	33	2.1	33	89	5	104	37	20	11	30	1.88
252288--252338	19	2.6	19	87	3	66	39	13	15	31	1.87
255327--255554	97	2.4	97	83	3	277	36	12	24	26	1.91
256723--256807	35	2.4	35	96	3	154	30	31	17	20	1.95
260280--260324	22	2.0	23	82	4	56	35	17	2	44	1.62
265071--265675	301	2.0	301	99	0	1192	30	20	19	29	1.97
268845--269346	42	11.9	42	83	0	565	13	29	18	38	1.89
270404--270495	35	2.6	36	84	5	125	29	29	19	21	1.98
270547--270651	47	2.2	47	86	0	138	31	39	13	16	1.87
270761--270986	76	3.0	76	85	0	317	27	38	15	17	1.91
270491--270994	196	2.5	194	70	15	456	29	37	14	18	1.90
272500--272657	57	2.8	57	83	2	183	32	15	24	26	1.95
272663--273038	28	12.8	28	74	10	211	26	17	27	28	1.97
272676--273038	59	6.2	59	76	6	312	26	16	27	28	1.97
272661--273038	30	12.8	30	75	9	260	26	16	27	28	1.97
273301--273353	20	2.6	21	84	6	72	41	11	15	32	1.82
274037--274061	10	2.5	10	100	0	50	48	44	0	8	1.32
278498--278582	16	5.2	16	78	7	73	41	29	15	14	1.86
280155--280270	20	5.7	19	75	15	81	35	15	17	31	1.91
280196--280231	11	2.9	13	84	16	58	30	16	16	36	1.91
288557--288581	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288537--288601	33	2.0	33	85	11	89	33	18	12	35	1.88
288633--288683	19	2.6	20	87	3	68	37	11	17	33	1.86
289047--289081	16	2.2	16	94	0	61	40	22	17	20	1.92
289054--289112	16	3.7	16	83	0	64	42	18	15	23	1.88
291605--291639	16	2.2	16	89	0	52	85	2	8	2	0.79
292160--292284	33	3.8	33	82	2	153	20	26	11	42	1.85
292160--292270	33	3.4	33	84	2	161	18	25	9	45	1.80
292328--292657	131	2.5	131	85	1	430	29	32	15	22	1.94
292328--292666	98	3.5	97	82	6	384	29	33	15	22	1.94
292318--292659	33	10.5	33	81	6	315	29	32	15	22	1.95
292736--293977	52	23.7	52	75	8	912	23	21	15	38	1.92
292736--293964	211	5.9	209	79	5	984	23	21	16	38	1.93
293919--294056	61	2.3	62	76	3	163	24	23	13	37	1.92
293919--294087	61	2.8	61	74	6	162	24	24	14	36	1.93
294830--294908	20	3.8	20	76	12	70	39	16	6	37	1.74
298339--298505	26	6.0	28	81	7	164	20	19	31	28	1.97
298327--298455	29	4.6	28	81	12	149	24	17	31	27	1.97
298867--299022	58	2.7	58	78	4	154	48	18	8	23	1.76
306719--307199	165	2.9	163	81	7	454	47	8	12	31	1.72
306819--307199	165	2.3	166	84	6	470	46	8	12	32	1.71
308561--308602	21	2.0	21	90	0	66	50	11	9	28	1.70
310613--310643	16	1.9	16	93	0	53	29	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311476--311536	30	2.1	29	81	9	70	47	0	3	49	1.18
313539--313592	20	2.7	20	94	0	90	37	11	18	33	1.86
317199--317224	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
322056--322299	112	2.2	112	83	4	305	30	18	21	29	1.97
322335--322377	20	2.1	21	86	4	61	39	13	13	32	1.85
324756--324966	80	2.6	80	88	3	316	31	26	9	33	1.88
324968--325073	52	2.0	52	83	7	135	37	16	13	32	1.88
327090--327142	16	3.3	16	89	0	70	20	18	22	37	1.94
327104--327150	16	2.9	16	93	0	76	25	23	19	31	1.98
328017--328048	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
328003--328065	33	1.9	32	87	9	92	28	15	14	41	1.87
328033--328088	19	2.9	19	83	2	76	28	17	16	37	1.91
336774--336800	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
338051--338143	36	2.8	34	80	9	111	29	24	12	33	1.93
338604--338642	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
338755--338779	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
338736--338800	32	2.0	32	84	3	85	43	16	12	27	1.84
347203--347295	32	2.8	32	72	12	89	33	22	13	30	1.93
347432--347472	19	2.2	19	95	0	73	46	4	24	24	1.72
350506--350536	6	5.2	6	100	0	62	35	16	16	32	1.91
350918--350963	21	2.2	20	92	3	74	36	0	2	60	1.09
350918--350963	10	4.5	10	78	21	51	36	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351647--351754	8	12.4	8	73	23	69	40	0	0	59	0.98
351652--351724	6	12.8	6	76	13	66	38	0	0	61	0.96
351647--351754	25	4.5	24	77	13	105	40	0	0	59	0.98
351657--351724	29	2.4	30	85	7	97	38	0	0	61	0.96
351648--351754	35	3.0	34	75	22	96	40	0	0	59	0.97
351707--351771	33	2.0	32	85	8	87	47	0	0	52	1.00
351722--351775	16	3.4	17	77	12	60	51	0	0	48	1.00
353369--353398	7	4.3	7	95	0	51	33	0	23	43	1.54
356483--356516	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
356516--356553	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16