genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259196--2259562	69	5.4	68	88	3	508	35	14	33	17	1.90
2259530--2259638	27	4.0	27	80	3	128	30	16	33	20	1.94
2259196--2259562	34	10.8	34	87	4	501	35	14	33	17	1.90
2259591--2259735	62	2.4	61	86	5	195	33	15	26	24	1.95
2259633--2259738	31	3.5	31	76	6	126	36	14	24	24	1.92
2259640--2259919	142	2.0	142	94	0	497	35	13	25	24	1.93
2259778--2259872	31	3.1	31	81	6	120	32	15	27	24	1.95
2261151--2261197	12	3.9	12	75	10	51	8	2	4	85	0.81
2261137--2261181	16	2.9	16	81	15	58	2	0	11	86	0.65
2261138--2261195	24	2.5	24	86	5	75	5	1	8	84	0.83
2268119--2268145	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2268195--2268255	19	3.6	18	72	25	60	37	19	9	32	1.85
2268212--2268268	13	3.9	13	72	24	51	33	19	12	35	1.89
2268195--2268270	32	2.4	32	93	0	134	38	18	10	32	1.85
2268564--2268779	52	4.1	52	84	4	274	24	24	15	36	1.93
2269532--2269611	20	3.9	19	75	12	70	35	13	10	41	1.78
2272131--2272178	25	1.9	24	84	16	62	27	20	6	45	1.75
2280199--2280297	1	99.0	1	75	0	72	85	10	0	4	0.71
2280199--2280295	8	11.9	8	78	10	90	85	10	0	4	0.72
2280215--2280298	18	4.7	18	82	5	109	85	9	0	4	0.72
2280199--2280297	26	3.7	27	86	9	123	85	10	0	4	0.71
2280202--2280295	35	2.7	34	88	6	143	85	10	0	4	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281203--2281270	28	2.4	27	78	7	73	44	20	19	16	1.87
2281895--2282034	34	4.2	32	73	14	97	24	31	16	27	1.96
2281895--2282020	66	1.9	66	91	0	207	24	31	14	29	1.94
2281912--2282104	34	5.8	34	79	10	193	25	32	17	25	1.97
2281978--2282131	32	4.7	32	88	4	143	27	31	19	21	1.97
2281912--2282104	100	1.9	100	81	9	232	25	32	17	25	1.97
2282155--2282298	59	2.5	58	75	7	148	27	24	14	34	1.94
2282361--2282517	52	3.0	52	81	7	169	25	20	14	40	1.90
2282488--2282640	61	2.5	61	76	4	148	24	22	13	39	1.89
2282581--2282823	52	4.7	52	67	12	124	27	23	14	34	1.94
2282781--2282917	62	2.2	61	85	1	175	24	26	10	37	1.89
2284667--2284913	95	2.6	96	82	3	293	27	23	13	35	1.92
2287724--2287880	80	2.0	79	86	3	217	30	26	10	32	1.90
2288961--2289315	154	2.3	155	80	3	394	26	13	17	43	1.85
2289185--2289438	137	1.9	137	83	1	339	26	12	18	42	1.86
2289045--2289576	291	1.8	290	80	6	646	25	13	17	43	1.85
2290099--2290142	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
2290330--2290406	33	2.4	31	86	4	109	40	10	14	35	1.80
2290841--2290923	36	2.4	36	80	7	93	27	14	27	30	1.95
2292448--2292488	21	2.0	21	90	0	64	53	0	26	19	1.45
2292449--2292510	21	3.0	20	81	9	61	54	1	22	20	1.53
2295555--2295598	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295792--2295845	20	2.7	20	91	0	81	33	11	16	38	1.84
2296223--2296311	32	2.6	36	81	16	118	29	12	25	32	1.92
2296219--2296316	36	3.0	31	81	16	110	30	11	27	30	1.91
2297188--2297258	35	1.9	38	83	11	94	54	8	11	25	1.63
2299720--2299769	16	3.1	16	75	11	57	24	26	14	36	1.93
2300208--2300445	113	2.1	113	86	0	325	35	12	18	33	1.88
2300412--2300600	52	3.7	51	83	6	231	29	15	13	41	1.85
2308682--2308718	18	2.1	18	100	0	74	37	16	27	18	1.92
2314548--2314576	4	7.5	4	92	7	51	79	0	0	20	0.74
2314545--2314576	15	2.1	15	100	0	64	81	0	0	18	0.70
2315815--2316033	52	4.2	52	79	1	177	21	21	18	38	1.94
2315815--2316033	105	2.1	105	79	3	226	21	21	18	38	1.94
2316789--2316828	20	2.0	20	95	0	71	35	7	27	30	1.84
2319130--2319224	50	1.9	50	91	4	156	44	16	12	26	1.84
2319917--2320177	143	1.8	139	84	3	351	39	13	22	24	1.90
2319871--2320177	69	4.4	68	77	9	246	38	14	22	24	1.91
2320150--2320312	65	2.4	66	85	6	202	36	14	22	25	1.93
2323035--2323332	155	1.9	155	94	1	526	27	23	16	32	1.96
2332446--2332623	80	2.2	80	85	4	232	30	12	27	29	1.93
2334887--2334999	52	2.2	50	87	3	154	39	14	15	30	1.87
2336529--2336583	23	2.5	22	76	8	58	41	1	0	56	1.10
2336563--2336754	29	6.5	29	72	16	144	41	4	2	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2336700--2336755	26	2.2	25	81	9	69	39	1	1	57	1.20
2336709--2336768	26	2.3	27	85	2	77	40	1	3	55	1.27
2336662--2336840	97	1.8	97	85	7	254	39	3	1	54	1.29
2339972--2340057	43	2.0	43	97	0	163	43	16	12	27	1.84
2343332--2343467	72	1.9	73	81	7	170	39	10	11	38	1.76
2343330--2343487	72	2.2	72	78	5	158	38	9	12	39	1.75
2349504--2349618	20	5.7	19	79	10	122	37	13	15	33	1.86
2349504--2349622	41	2.9	41	85	10	147	36	13	16	33	1.88
2350386--2350828	28	15.7	29	78	8	375	24	16	28	30	1.96
2350420--2350822	56	7.2	57	80	4	435	25	16	28	30	1.96
2350420--2350828	84	4.9	84	79	3	421	25	15	28	30	1.96
2350433--2350822	141	2.8	141	78	7	359	24	16	27	30	1.96
2352066--2352155	1	90.0	1	75	0	81	0	2	10	87	0.62
2352066--2352157	9	10.0	9	87	12	134	0	2	10	86	0.64
2352066--2352155	25	3.5	25	85	8	110	0	2	10	87	0.62
2361035--2361069	16	2.1	17	89	5	54	40	11	8	40	1.72
2365677--2365734	28	2.0	29	87	9	84	6	15	0	77	0.97
2365677--2365763	38	2.3	38	82	9	97	5	20	0	73	1.03
2369329--2369407	20	3.8	20	80	6	77	37	12	15	34	1.85
2370147--2370311	61	2.7	60	76	11	165	40	12	24	23	1.89
2370261--2370417	52	3.0	51	83	9	167	39	14	24	22	1.90
2370477--2370827	32	11.0	30	80	8	299	24	18	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370477--2370827	64	5.5	63	85	4	368	24	18	27	29	1.98
2370477--2370827	158	2.2	158	83	4	429	24	18	27	29	1.98
2371000--2371071	28	2.6	28	74	10	76	27	16	27	27	1.97
2371112--2371164	13	4.0	13	80	2	52	35	15	13	35	1.86
2371128--2371175	14	3.5	14	88	5	71	35	14	10	39	1.80
2372251--2372332	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2372315--2372485	51	3.3	51	80	4	207	33	11	25	29	1.91
2372468--2372543	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2375012--2375037	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2374991--2375057	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2375077--2375144	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2375099--2375123	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2375080--2375142	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2375200--2375256	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2376571--2377908	55	24.3	55	93	2	2080	21	20	29	28	1.98
2376837--2376926	26	3.3	26	67	19	76	20	17	33	28	1.95
2376867--2376955	29	3.2	29	66	15	87	20	19	32	28	1.96
2377169--2377256	26	3.3	26	66	20	72	20	18	32	28	1.96
2377552--2377641	26	3.3	26	68	14	74	20	17	33	28	1.95
2377582--2377670	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
2378890--2378937	1	48.0	1	78	0	51	0	4	6	89	0.58
2378890--2378938	9	5.7	9	82	4	57	0	4	8	87	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378890--2378938	25	2.0	25	87	0	71	0	4	8	87	0.65
2378890--2378937	14	3.3	15	88	8	73	0	4	6	89	0.58
2444871--2444933	19	3.6	19	72	24	75	38	15	17	28	1.91
2444889--2444946	13	4.0	13	72	23	53	37	15	17	29	1.90
2444871--2444966	32	3.0	32	92	1	156	40	15	15	28	1.88
2449013--2449043	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2451124--2451161	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2453603--2453657	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
2453728--2453753	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2453710--2453773	32	2.0	33	87	3	94	42	17	12	28	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16