genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755231--755269	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
759898--759923	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
766487--766539	28	1.9	27	88	11	81	39	20	16	22	1.92
766516--766667	79	1.9	79	83	0	196	35	13	23	27	1.93
766601--766720	51	2.4	51	84	0	159	29	15	28	27	1.96
766652--766878	79	2.9	78	77	1	229	33	13	25	28	1.93
766522--766778	130	2.0	130	82	1	318	33	12	24	28	1.92
766476--766940	209	2.2	209	81	1	538	35	13	23	28	1.92
766818--766929	51	2.2	51	88	3	163	33	16	24	26	1.96
766992--767052	28	2.2	28	93	0	104	32	18	21	27	1.96
769960--770132	78	2.3	77	80	5	181	42	12	26	18	1.86
770064--770199	42	3.2	42	86	2	175	38	12	26	22	1.89
770186--770849	123	5.5	122	84	5	758	29	18	25	26	1.98
770186--770849	61	10.9	61	82	5	706	29	18	25	26	1.98
771844--771880	14	2.7	14	84	15	51	0	10	0	89	0.49
771844--771878	10	3.4	10	92	7	61	0	11	0	88	0.51
771844--771879	11	3.4	11	88	3	56	0	11	0	88	0.50
783236--783263	14	2.0	14	100	0	56	21	35	21	21	1.96
784220--784391	79	2.2	79	86	1	229	34	15	22	27	1.95
786870--786908	20	1.9	21	94	5	71	53	5	12	28	1.60
793558--793592	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
796823--796875	20	2.6	21	84	6	72	30	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796841--796894	20	2.7	20	88	8	74	29	16	12	40	1.86
798340--798599	79	3.3	79	82	10	275	32	14	25	27	1.95
798608--798703	50	1.9	50	89	0	147	38	11	23	26	1.89
801048--801077	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
801672--801778	41	2.6	41	78	7	110	43	10	25	20	1.83
801831--802083	132	1.9	131	88	5	377	43	12	24	19	1.85
801833--802031	89	2.3	88	84	11	250	43	13	24	18	1.85
801809--802074	43	6.1	43	80	10	265	43	12	24	19	1.85
802049--802272	105	2.1	105	89	0	349	29	14	30	25	1.95
802195--802583	62	6.4	61	84	6	466	28	18	27	25	1.98
808730--809030	79	3.8	79	80	3	304	31	15	25	27	1.96
808998--809093	50	1.9	50	93	0	165	37	12	23	26	1.91
811431--811485	20	2.8	20	85	0	83	47	14	10	27	1.78
814078--814103	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
816646--816684	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
816670--816748	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
820597--820641	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
822855--822880	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
831903--831928	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
832358--832793	164	2.6	162	81	7	468	30	11	8	49	1.69
833398--833440	15	2.9	14	83	13	50	81	2	16	0	0.79
833393--833440	24	2.1	22	84	7	60	79	2	18	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835114--835165	20	2.6	20	87	0	77	36	15	13	34	1.87
837925--837964	21	1.9	21	89	0	62	55	25	2	17	1.55
838204--838246	21	2.1	20	82	4	50	37	11	18	32	1.87
843796--843861	33	2.0	33	88	5	98	34	13	15	36	1.87
845015--845296	155	1.8	155	81	6	356	25	14	19	40	1.90
851059--851104	19	2.4	19	100	0	92	30	19	23	26	1.98
852417--852456	9	4.2	10	81	18	50	50	0	0	50	1.00
852417--852456	19	2.1	18	86	9	53	50	0	0	50	1.00
853385--853430	21	2.1	22	84	4	58	56	0	0	43	0.99
853386--853444	23	2.5	22	78	13	64	55	0	0	44	0.99
853813--853854	13	2.9	14	83	13	50	40	0	0	59	0.97
854493--854546	12	4.6	12	77	11	58	44	0	1	53	1.11
854515--854577	30	2.1	31	93	3	110	39	0	0	60	0.97
854498--854569	35	2.1	34	84	7	92	40	0	0	59	0.97
854544--854589	24	2.0	23	82	4	56	41	0	4	54	1.20
854498--854577	30	2.5	31	86	10	99	41	0	0	58	0.98
855624--855657	15	2.3	15	89	0	50	35	0	0	64	0.94
855644--855691	15	3.0	16	85	8	62	39	2	0	58	1.10
855641--855687	17	2.7	18	83	9	71	36	2	0	61	1.08
855673--855720	18	2.8	17	81	6	51	52	0	0	47	1.00
856352--856395	22	2.0	23	86	4	63	61	0	0	38	0.96
857165--857195	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857152--857195	19	2.4	19	80	3	54	68	0	0	31	0.90
860944--860973	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
866072--866117	23	2.2	21	81	14	51	26	2	2	69	1.11
867573--867609	8	4.8	8	90	6	58	78	0	21	0	0.75
867566--867608	17	2.4	19	85	14	65	79	0	20	0	0.74
874166--874207	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
875315--875382	24	2.8	23	80	17	75	33	0	1	64	1.02
875315--875364	23	2.1	23	85	3	64	34	0	2	64	1.05
875491--875524	14	2.4	14	90	0	50	29	0	0	70	0.87
875499--875526	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
875592--875625	2	16.5	2	87	6	50	44	5	0	50	1.26
876035--876061	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
877834--877875	2	21.0	2	95	0	75	0	47	0	52	1.00
877883--877911	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
884189--884219	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
884489--884531	20	2.2	20	100	0	86	23	9	18	48	1.76
885304--885413	2	56.5	2	77	12	68	45	0	6	47	1.34
890682--890723	21	2.0	21	95	4	77	59	0	0	40	0.97
937556--937586	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
939666--939704	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
939825--939871	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
939827--939869	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942250--942275	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
943808--944574	61	12.5	61	80	4	704	27	23	17	32	1.97
943808--944579	121	6.3	122	77	6	621	26	23	17	32	1.96
943836--944540	182	3.9	181	81	5	720	27	22	17	32	1.97
944442--944564	65	1.9	66	87	1	185	28	25	13	32	1.94
948368--948546	30	5.9	30	83	7	209	24	28	16	30	1.97
948368--948617	62	4.0	61	79	10	229	22	28	15	33	1.94
948365--948551	92	2.0	92	89	4	288	22	27	16	33	1.95
948512--948633	33	3.6	34	76	18	119	20	31	10	37	1.87
948621--948817	33	6.0	33	91	4	328	27	34	18	19	1.95
948620--948824	97	2.1	97	91	5	344	27	34	18	19	1.95
948863--949496	43	14.1	43	82	11	763	25	24	18	31	1.98
948863--948930	22	3.1	22	60	19	52	23	23	20	32	1.98
948863--949496	92	7.0	92	93	4	1003	25	24	18	31	1.98
949452--949571	51	2.3	55	82	5	158	26	23	13	36	1.92
949452--949603	55	2.8	53	81	3	173	25	23	15	36	1.93
949618--949715	49	2.0	49	87	0	142	21	26	21	30	1.98
950238--950338	32	3.1	32	91	1	148	35	11	16	35	1.86
950236--950331	13	5.7	17	70	28	64	34	12	16	36	1.87
950376--950400	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
950409--950533	52	2.4	52	95	0	223	38	19	17	24	1.93
953865--953914	21	2.4	21	83	9	59	38	16	12	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953935--954031	21	4.7	21	79	7	83	45	14	12	27	1.81
953935--953988	20	2.6	21	88	2	74	40	11	16	31	1.84
954049--954089	20	2.0	20	95	0	73	43	9	17	29	1.80
956479--957038	79	7.2	77	76	9	333	27	21	11	39	1.88
956751--957071	76	4.2	76	80	5	272	30	19	10	39	1.86
956592--957071	154	3.1	153	81	5	502	28	20	11	39	1.87
960906--960932	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
960886--960955	32	2.2	33	94	2	124	32	11	18	37	1.87
960971--961051	13	7.1	12	71	28	70	35	17	12	34	1.87
960972--961051	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16