genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458163--2458188	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2462253--2462283	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2464356--2464393	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
2466889--2466914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2466870--2466934	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2468852--2468879	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2468834--2468899	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
2468933--2468993	19	3.5	19	75	25	80	36	19	11	32	1.88
2468918--2468993	32	2.4	32	95	0	134	35	18	13	32	1.89
2471938--2471963	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2471915--2472123	86	2.4	85	95	2	366	29	17	15	37	1.91
2472024--2472049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2473567--2473632	13	4.9	13	75	17	64	43	0	0	56	0.99
2473747--2473795	21	2.3	21	82	6	55	61	0	0	38	0.96
2473742--2473794	23	2.3	24	77	9	65	62	0	0	37	0.96
2473746--2473795	20	2.3	23	80	16	61	62	0	0	38	0.96
2474604--2474689	34	2.4	36	78	7	95	56	1	1	40	1.14
2476192--2476224	16	2.1	16	94	0	57	33	12	39	15	1.84
2476297--2476480	93	2.0	93	97	0	350	34	16	16	32	1.91
2486551--2486653	17	5.4	20	83	11	98	33	3	36	26	1.75
2486562--2486655	19	5.2	19	87	7	126	32	4	36	26	1.76
2486571--2486657	17	4.9	17	86	8	120	32	3	37	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486562--2486667	36	2.9	36	84	9	137	33	3	33	29	1.75
2487188--2487261	19	3.7	19	85	8	87	28	16	18	36	1.93
2487290--2487353	33	1.9	33	84	12	87	37	9	18	34	1.83
2491321--2491457	61	2.2	61	83	2	159	39	13	26	21	1.89
2491411--2491653	52	4.8	50	74	8	179	34	13	24	26	1.93
2496696--2496889	35	5.5	35	80	2	210	26	23	9	40	1.84
2496701--2496889	105	1.8	105	83	0	252	26	22	9	41	1.84
2496877--2497326	60	7.5	61	77	4	333	24	24	11	40	1.88
2497245--2497322	30	2.6	29	80	8	84	23	21	11	43	1.85
2496893--2497326	180	2.4	178	80	5	462	24	24	11	39	1.88
2496895--2497326	120	3.6	118	79	8	433	24	24	11	40	1.88
2497512--2497756	42	5.9	42	74	8	171	17	26	18	37	1.92
2497525--2497729	84	2.5	83	82	5	245	17	28	18	36	1.93
2497784--2498192	42	9.6	43	77	3	247	17	25	19	38	1.93
2497784--2498119	43	7.9	43	78	4	263	16	25	19	38	1.92
2497838--2498004	85	2.0	86	81	1	201	17	25	17	38	1.92
2499125--2499591	167	2.8	168	83	5	562	30	10	8	49	1.68
2499781--2499806	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2500504--2500547	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
2502351--2502389	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2502375--2502453	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2505687--2505712	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505667--2505731	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2514467--2514492	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2514447--2514511	33	2.0	33	87	6	96	29	13	15	41	1.86
2514543--2514615	20	3.6	20	81	9	76	28	12	16	42	1.84
2520452--2520485	16	2.1	16	94	0	59	35	5	14	44	1.70
2523300--2523341	19	2.2	19	100	0	84	30	4	14	50	1.63
2532127--2532173	19	2.3	20	86	13	62	44	6	2	46	1.40
2538549--2538907	122	2.9	123	84	6	438	32	13	25	28	1.93
2538713--2538827	51	2.3	51	80	10	128	30	10	26	33	1.90
2538765--2538938	79	2.2	79	87	0	240	30	14	25	29	1.95
2538816--2539121	107	2.9	106	79	3	353	30	15	26	27	1.96
2539057--2539225	51	3.3	51	77	4	162	33	14	24	28	1.94
2541525--2541598	20	3.7	19	80	7	76	43	12	16	28	1.83
2547844--2547877	9	3.7	9	88	4	50	88	2	5	2	0.70
2547844--2547911	10	6.8	9	75	20	55	85	8	2	2	0.80
2547853--2547912	8	7.8	8	74	10	54	85	10	1	3	0.79
2549154--2549664	28	18.1	28	83	4	553	30	29	17	22	1.96
2549642--2549704	32	2.0	31	84	3	81	30	23	15	30	1.96
2550544--2550671	20	5.8	20	69	21	87	31	14	11	42	1.82
2550551--2550717	91	1.8	91	88	2	255	31	14	12	41	1.84
2556298--2556337	21	1.9	21	94	0	71	57	10	10	22	1.61
2557209--2557252	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557306--2557330	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2558220--2558263	20	2.0	20	87	12	61	63	13	9	13	1.51
2559885--2559923	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
2566014--2566057	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
2566111--2566136	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2566091--2566154	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
2566091--2566154	32	2.0	33	87	9	96	28	14	17	40	1.88
2567202--2567272	20	3.8	17	83	12	79	36	14	14	35	1.86
2567293--2567364	20	3.6	20	79	7	92	38	16	11	33	1.84
2567287--2567379	40	2.3	40	94	0	168	39	13	15	31	1.86
2567287--2567379	20	4.6	21	73	9	86	39	13	15	31	1.86
2572293--2572803	80	6.4	80	79	6	505	32	10	26	30	1.90
2572228--2572734	160	3.2	159	84	4	606	32	10	26	30	1.90
2572279--2572803	81	6.6	80	78	6	465	32	10	26	30	1.89
2572692--2572933	131	1.8	131	85	3	344	32	8	26	32	1.87
2572593--2573013	210	2.0	211	87	3	605	33	9	26	30	1.88
2572810--2573097	79	3.6	79	76	6	269	32	11	26	29	1.92
2572807--2573097	158	1.8	159	82	5	374	32	11	26	29	1.92
2572577--2573025	212	2.1	213	85	4	622	32	10	26	30	1.89
2574293--2574334	20	2.1	20	95	0	75	50	7	9	33	1.62
2575075--2575346	69	3.9	69	83	2	339	32	15	25	26	1.96
2575057--2575341	139	2.0	140	85	3	387	33	15	23	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575317--2575671	61	5.9	59	76	8	248	28	17	24	30	1.97
2575358--2575674	61	5.2	61	80	1	334	29	16	25	28	1.97
2576656--2576706	9	5.4	9	82	15	50	5	1	5	86	0.78
2576651--2576706	28	2.0	27	83	10	69	5	1	7	85	0.79
2576651--2576707	16	3.3	16	76	21	53	5	1	8	84	0.84
2590631--2590787	20	7.8	20	79	5	165	33	18	12	36	1.88
2590623--2590787	41	4.0	41	87	4	219	32	19	12	35	1.89
2590902--2591445	272	2.0	272	100	0	1088	35	24	12	28	1.91
2601091--2601116	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2601073--2601136	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2607294--2607355	13	4.9	13	86	7	92	35	19	14	30	1.92
2607294--2607355	24	2.5	25	94	5	108	35	19	14	30	1.92
2607475--2607520	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2609921--2609946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2609903--2609966	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
2614893--2614936	22	2.0	23	90	4	72	36	0	31	31	1.58
2615612--2615637	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2615594--2615657	33	2.0	32	84	3	83	37	18	15	28	1.92
2617289--2617319	13	2.4	13	100	0	62	38	16	6	38	1.74
2617273--2617341	33	2.1	33	86	5	95	33	13	14	39	1.85
2618925--2618958	9	3.8	9	88	0	50	44	0	26	29	1.55
2619657--2619728	36	2.0	36	94	0	126	43	15	20	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625785--2625855	28	2.5	28	95	0	124	28	16	28	26	1.97
2625813--2626016	79	2.6	79	81	11	247	33	14	24	27	1.94
2625971--2626044	28	2.6	28	83	8	89	28	20	27	24	1.99
2625739--2626169	186	2.3	186	82	8	520	34	14	24	26	1.94
2632600--2632671	28	2.6	28	75	2	74	25	25	22	27	2.00
2632842--2633125	32	8.9	31	78	4	255	29	28	19	22	1.98
2632852--2633125	63	4.3	63	81	2	289	29	27	20	22	1.98
2632840--2633125	95	3.0	95	80	6	328	29	27	19	22	1.98
2633141--2633491	52	6.7	51	72	13	239	24	27	16	31	1.96
2634263--2634318	21	2.8	20	86	5	76	37	17	10	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16