genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078845--2079017	32	5.4	32	73	6	154	35	13	9	40	1.78
2078774--2079351	126	4.6	125	76	12	389	36	13	11	39	1.80
2078745--2079372	63	9.9	64	73	11	332	36	13	11	38	1.81
2079007--2079159	64	2.4	64	81	5	177	40	13	10	35	1.78
2083841--2083969	34	3.8	34	83	7	154	37	10	22	30	1.87
2083839--2083969	68	1.9	69	85	4	185	37	9	22	29	1.87
2087284--2087321	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
2087416--2087487	20	3.7	19	83	9	83	36	15	15	33	1.89
2087416--2087470	19	2.8	19	84	10	76	34	16	14	34	1.89
2088102--2088144	18	2.4	18	80	3	52	58	6	0	34	1.25
2088744--2089116	190	2.0	191	86	3	520	43	10	14	31	1.79
2091573--2091622	16	3.4	16	68	21	54	34	28	6	32	1.81
2091567--2091622	28	2.0	28	100	0	112	32	28	7	32	1.84
2094906--2095022	62	1.9	62	81	0	144	29	14	29	26	1.95
2105565--2105697	51	2.6	52	84	3	144	29	15	14	40	1.87
2110630--2110822	79	2.4	80	86	4	266	32	10	27	29	1.90
2113426--2113773	79	4.5	78	75	10	234	37	12	20	28	1.90
2113746--2113864	50	2.3	50	82	2	130	43	12	19	24	1.85
2118757--2118808	19	2.7	20	81	6	70	28	11	15	44	1.81
2119434--2119510	39	2.0	40	82	7	95	32	20	9	37	1.84
2121354--2121394	13	3.2	13	92	0	64	29	12	19	39	1.88
2127489--2127540	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128096--2128300	79	2.6	79	77	1	214	39	13	18	29	1.88
2134485--2134534	17	2.7	19	70	20	52	32	0	4	64	1.12
2136327--2136395	20	3.4	20	85	2	84	42	10	17	30	1.82
2140141--2140174	13	2.6	14	90	9	54	0	14	0	85	0.60
2140140--2140177	10	3.7	10	83	16	51	0	18	0	81	0.69
2142690--2142723	3	11.3	3	87	0	50	38	0	32	29	1.58
2145170--2145216	20	2.4	20	85	3	60	31	17	17	34	1.92
2145984--2146009	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2146669--2146713	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
2148089--2148140	20	2.4	21	81	12	61	5	23	48	23	1.72
2148575--2148599	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2154759--2154784	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2154738--2154802	34	2.0	32	88	11	96	29	12	23	35	1.91
2154884--2154908	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2160874--2160946	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
2164366--2164433	33	2.1	33	88	5	102	35	17	14	32	1.91
2164462--2164517	19	2.9	19	89	2	76	33	16	17	32	1.92
2165927--2166209	139	2.0	139	98	0	548	29	14	30	26	1.95
2173362--2173392	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2173345--2173408	33	1.9	33	90	6	103	34	18	12	34	1.89
2173458--2173484	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2175812--2175859	23	2.1	23	96	0	87	45	14	20	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177055--2177106	20	2.6	20	87	6	70	32	11	19	36	1.87
2178041--2178095	19	2.7	21	86	8	78	32	14	18	34	1.91
2178041--2178177	20	6.7	20	70	18	77	35	16	16	32	1.91
2185443--2185510	19	3.9	18	75	23	74	35	10	16	38	1.82
2185445--2185505	32	1.9	32	96	0	113	34	11	18	36	1.86
2185464--2185488	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2186478--2186516	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
2191344--2191399	21	2.7	21	97	0	103	33	10	19	35	1.87
2191435--2191502	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2191456--2191480	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2191437--2191499	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2191542--2191567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2191522--2191588	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2193163--2193200	11	3.4	11	96	3	67	89	10	0	0	0.49
2193162--2193210	16	3.1	16	84	0	62	87	10	2	0	0.62
2193161--2193204	12	3.8	12	93	6	72	86	13	0	0	0.57
2194185--2194832	55	11.4	54	87	8	706	26	28	20	24	1.99
2194358--2194498	27	5.1	27	61	16	74	28	29	19	22	1.98
2197387--2197728	52	6.5	53	69	17	187	29	26	12	31	1.93
2197712--2197788	28	2.7	30	86	7	99	23	31	19	25	1.98
2197390--2197780	212	1.8	212	89	4	619	28	26	13	31	1.94
2200767--2200807	21	2.0	21	85	0	55	56	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203118--2203179	31	1.9	33	87	12	94	38	1	0	59	1.07
2203151--2203189	20	2.0	20	89	0	60	38	0	0	61	0.96
2205292--2205322	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2207952--2207997	20	2.3	21	81	11	60	15	6	2	76	1.09
2209514--2209544	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
2209515--2209543	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2210283--2210322	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2210475--2210522	16	2.9	16	87	3	60	64	2	2	31	1.16
2210477--2210522	21	2.1	22	88	4	67	63	2	2	32	1.19
2210483--2210522	10	3.6	12	83	16	50	65	2	0	32	1.06
2211266--2211309	22	2.1	21	87	8	63	50	2	4	43	1.35
2211424--2211448	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2212690--2212744	20	2.8	20	91	0	83	34	12	16	36	1.87
2213176--2213333	33	5.0	31	78	15	130	29	12	25	32	1.92
2213176--2213333	66	2.4	64	82	9	194	29	12	25	32	1.92
2217578--2217609	3	10.7	3	93	0	55	37	0	34	28	1.57
2223330--2223356	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2225831--2225888	20	2.9	21	82	12	68	36	13	15	34	1.87
2225877--2225901	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2225986--2226026	13	3.2	13	93	6	75	34	17	14	34	1.90
2227814--2227838	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
2228615--2228657	21	2.0	21	100	0	86	44	0	27	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229548--2229574	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2229560--2229614	20	2.8	20	91	0	83	34	12	16	36	1.87
2230045--2230203	30	5.0	33	77	18	160	29	12	24	33	1.92
2230046--2230200	65	2.5	61	81	12	188	29	12	24	32	1.93
2235341--2235433	43	2.2	43	88	3	134	18	25	13	41	1.88
2235386--2235875	71	6.9	70	75	12	362	24	24	16	35	1.95
2235380--2235915	213	2.5	210	82	6	593	24	25	15	34	1.95
2236403--2236456	20	2.7	20	91	2	81	38	11	18	31	1.86
2237403--2237450	20	2.3	20	85	3	60	43	8	14	33	1.75
2237506--2237602	51	1.9	51	93	0	167	26	13	15	44	1.83
2239741--2239958	98	2.2	96	84	7	282	30	22	11	35	1.90
2239741--2239977	95	2.5	97	82	6	277	29	22	12	35	1.91
2244454--2244479	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2244503--2244600	20	4.8	20	78	9	99	34	13	10	41	1.78
2252618--2252853	30	7.5	31	87	6	318	19	33	14	31	1.92
2252626--2253422	34	24.4	33	76	13	389	21	31	11	35	1.90
2252618--2252853	96	2.5	94	87	4	352	19	33	14	31	1.92
2252709--2253556	34	26.2	33	74	16	361	21	31	11	35	1.89
2252709--2253524	68	12.5	67	73	15	449	21	31	11	35	1.89
2252709--2253524	102	8.4	100	74	15	445	21	31	11	35	1.89
2253443--2253567	61	2.0	61	89	0	187	25	32	11	30	1.91
2253371--2253546	88	2.0	87	83	9	225	24	33	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253406--2253551	27	5.1	27	77	15	134	23	33	10	31	1.90
2253565--2253637	31	2.2	33	88	9	114	35	35	15	13	1.87
2253654--2253879	49	4.8	49	77	10	238	29	26	15	27	1.96
2253654--2253905	137	1.8	137	95	1	461	29	26	16	27	1.97
2257081--2257159	19	4.6	18	76	20	80	39	16	10	34	1.82
2257071--2257140	31	2.2	32	94	2	124	40	17	10	32	1.82
2257833--2259068	102	12.5	99	83	7	1235	32	17	25	23	1.96
2257914--2259068	49	23.4	49	79	8	1173	32	17	25	23	1.97
2257998--2259068	193	5.5	193	86	5	1370	32	17	25	23	1.97
2259076--2259183	30	3.7	29	75	9	103	19	16	28	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16