genome.fa.s28.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold28
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2815568

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  16  of  16  ( 1890 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640642--2640673	16	2.0	16	93	0	55	37	21	18	21	1.94
2642757--2642806	23	2.3	21	89	6	73	84	12	2	2	0.80
2642758--2642866	23	4.7	22	76	16	71	81	12	1	3	0.90
2642769--2642866	32	3.1	30	79	13	108	81	12	2	4	0.91
2642815--2642866	27	1.9	27	92	7	88	84	15	0	0	0.62
2647501--2647586	43	2.0	43	90	0	136	29	19	25	25	1.99
2647602--2647875	28	9.5	29	79	8	111	18	18	29	32	1.95
2647595--2647875	29	9.7	29	78	8	261	18	19	29	32	1.96
2647616--2647882	57	4.7	56	81	6	218	19	18	30	31	1.95
2649326--2649362	10	3.7	10	89	10	58	0	2	8	89	0.58
2658728--2658755	11	2.5	11	100	0	56	92	7	0	0	0.37
2660102--2660927	34	23.8	35	85	7	985	20	33	11	34	1.89
2660099--2660947	71	12.2	71	86	6	1043	20	33	11	34	1.89
2660931--2661166	33	7.2	33	88	7	329	27	35	18	18	1.94
2660929--2661166	67	3.6	67	89	5	360	27	35	18	18	1.94
2661281--2661348	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
2661297--2661367	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99
2661302--2661370	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
2661166--2662133	98	9.9	98	75	15	819	25	26	17	30	1.97
2661166--2661635	49	9.8	49	86	4	579	26	26	17	29	1.98
2661652--2662389	49	15.0	49	77	12	619	25	26	17	30	1.97
2661536--2661751	116	1.9	116	84	0	288	25	27	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2661779--2661846	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
2661795--2661865	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99
2661800--2661868	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
2661166--2662345	498	2.4	498	98	0	2252	25	26	17	30	1.97
2662034--2662249	116	1.9	116	84	0	288	25	27	15	31	1.96
2662205--2662398	43	4.2	43	78	15	199	26	25	17	30	1.97
2662299--2662458	52	3.0	53	80	7	187	26	24	14	35	1.94
2662205--2662398	91	2.1	91	91	4	307	26	25	17	30	1.97
2662299--2662627	67	5.6	56	76	12	261	25	24	13	36	1.91
2662348--2662627	123	2.3	123	98	0	533	26	24	12	37	1.91
2663407--2663431	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2663387--2663457	34	2.1	34	86	2	99	33	11	14	40	1.81
2663497--2663521	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2663530--2663650	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
2673574--2673601	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2673651--2673704	21	2.7	19	75	8	63	31	16	12	38	1.87
2674718--2675038	28	11.5	28	86	4	416	28	30	17	23	1.97
2674715--2675083	113	3.2	111	83	6	436	28	30	18	23	1.97
2675860--2676123	20	12.4	20	70	17	124	31	18	12	37	1.88
2675980--2676106	61	2.0	64	81	4	152	33	18	11	37	1.86
2675842--2676176	155	2.2	155	87	4	482	30	18	12	37	1.88
2678978--2679004	9	3.0	9	100	0	54	55	22	11	11	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684967--2685023	22	2.5	23	88	5	80	70	12	17	0	1.17
2686210--2687426	157	7.8	155	77	7	1073	23	19	20	36	1.95
2686269--2687426	466	2.5	466	81	6	1290	23	18	20	37	1.94
2686251--2687426	312	3.8	305	77	8	1138	23	18	20	37	1.94
2691665--2692302	158	4.0	155	65	13	359	37	14	18	29	1.91
2690964--2694688	476	7.9	474	85	2	4937	36	14	18	30	1.91
2690970--2694688	950	3.9	950	88	2	5116	36	14	18	30	1.91
2695020--2695075	19	2.9	19	84	5	76	35	12	16	35	1.86
2695020--2695074	20	2.8	20	86	2	76	34	12	16	36	1.87
2695119--2695149	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2695105--2695169	33	2.0	33	84	6	87	35	13	16	33	1.89
2703762--2703826	33	2.0	33	90	6	105	35	13	16	33	1.89
2703774--2703806	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
2705081--2715355	476	21.7	476	87	2	13447	35	14	18	30	1.92
2705081--2715355	951	10.8	950	86	3	13388	35	14	18	30	1.92
2708100--2714923	159	43.2	161	63	17	772	35	14	18	30	1.92
2716981--2717072	24	4.2	23	71	18	70	43	2	43	10	1.51
2716972--2717103	42	3.1	42	86	2	176	44	2	43	9	1.48
2722593--2723178	297	2.0	297	86	2	818	37	13	19	29	1.91
2722890--2723821	476	2.0	476	85	3	1284	37	15	18	28	1.91
2722162--2723654	773	1.9	773	88	2	2232	37	14	18	29	1.91
2723411--2724259	438	1.9	438	85	1	1164	37	15	18	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726563--2731078	159	28.5	156	64	16	586	37	15	18	29	1.91
2726387--2731507	476	10.8	476	95	0	8490	36	15	18	29	1.91
2733214--2734829	159	10.2	157	64	16	424	36	15	18	29	1.92
2732917--2735261	476	4.9	476	94	0	3801	36	15	18	29	1.91
2736969--2738584	159	10.2	157	64	16	408	36	15	18	29	1.91
2736672--2739016	476	4.9	476	93	1	3776	36	15	18	29	1.91
2740427--2743247	476	5.9	476	93	0	4568	36	15	18	29	1.91
2740644--2743208	159	16.2	156	64	15	598	36	15	18	29	1.91
2744694--2744781	39	2.2	40	79	4	106	32	19	7	39	1.81
2746633--2746666	13	2.6	13	90	9	52	32	17	17	32	1.94
2748739--2748776	15	2.4	16	82	8	51	15	18	18	47	1.83
2752186--2752224	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
2752277--2752302	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2752694--2793078	476	84.7	476	86	3	46664	36	15	18	29	1.91
2765650--2765973	158	2.1	158	90	0	513	37	16	16	29	1.91
2765650--2766041	158	2.5	158	83	4	398	36	16	16	30	1.91
2772528--2792744	159	127.6	156	63	11	3840	36	15	18	29	1.91
2795312--2795420	42	2.6	42	88	0	155	12	44	0	42	1.49
2795357--2795419	12	5.8	12	70	24	50	14	47	0	38	1.44
2798292--2798355	32	2.0	33	87	3	94	28	12	17	42	1.85
2798968--2799052	39	2.2	37	80	17	93	31	25	5	36	1.80
2800898--2800935	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806045--2809554	159	22.1	155	64	15	709	29	19	15	36	1.92
2805814--2810370	476	9.6	475	88	2	6445	29	19	15	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16

The End!