genome.fa.s286.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold286
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1428881

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113469--113825	128	2.8	126	81	7	397	41	14	11	33	1.81
114795--114832	11	3.5	11	82	10	51	0	26	0	73	0.83
115248--115780	165	3.2	163	82	4	606	51	10	9	28	1.69
122776--122801	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
122808--122853	25	2.0	22	83	12	56	45	2	0	52	1.13
124420--124567	58	2.6	57	82	4	163	50	15	8	25	1.72
124526--124746	58	3.8	59	70	7	164	49	12	10	27	1.73
126703--127180	165	2.9	166	84	3	631	31	11	8	48	1.70
127747--127794	20	2.4	20	85	0	69	77	0	16	6	0.97
127740--127796	29	2.0	28	86	3	78	75	0	19	5	0.99
130673--130723	19	2.6	19	81	6	66	31	11	19	37	1.88
131596--131649	21	2.5	21	88	8	74	37	12	14	35	1.85
138071--138488	80	5.2	79	78	7	308	31	11	24	31	1.92
138071--138389	159	2.0	161	84	2	419	32	11	24	30	1.91
138071--138432	160	2.3	159	82	4	399	31	11	25	31	1.92
138022--138558	241	2.2	237	76	6	530	32	10	25	31	1.90
140818--140935	51	2.3	51	83	4	139	38	13	16	31	1.87
141011--141070	20	3.0	20	95	4	104	30	25	6	38	1.81
142528--142571	21	2.2	20	84	12	54	36	9	15	38	1.80
144092--144252	60	2.7	58	76	7	164	21	12	13	52	1.72
144271--144411	58	2.4	58	77	4	149	26	12	17	44	1.83
154352--154411	19	3.1	19	78	7	68	50	13	18	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154857--155178	135	2.4	132	78	3	311	37	18	10	32	1.86
155769--155882	56	2.0	59	81	8	137	40	12	15	31	1.85
155836--156157	34	9.5	33	78	8	258	42	16	11	30	1.83
157468--157518	20	2.5	20	83	3	66	43	9	15	31	1.80
157468--157514	21	2.3	21	85	3	60	42	10	14	31	1.80
157685--157715	16	1.9	16	100	0	62	41	19	12	25	1.87
158948--158997	24	2.2	24	85	7	68	16	2	14	68	1.31
159944--159997	20	2.7	20	83	11	67	35	16	12	35	1.87
168561--168628	33	2.1	33	88	5	102	41	17	10	30	1.83
168590--168628	20	2.0	20	89	0	60	46	17	7	28	1.76
174854--174897	23	1.9	24	86	9	65	40	20	9	29	1.83
176216--176306	40	2.3	40	88	0	128	38	10	8	41	1.71
181619--181686	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
181737--181761	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
181720--181782	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
190440--190464	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190423--190485	33	1.9	32	87	3	90	30	15	19	34	1.93
192707--192732	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
195279--195304	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
197383--197413	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
199218--199262	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
201483--201508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204022--204059	20	1.9	20	100	0	76	31	13	10	44	1.77
204024--204070	20	2.4	20	85	3	60	31	14	14	38	1.87
204494--204683	43	4.6	39	74	12	114	18	27	12	41	1.86
204536--204676	40	3.4	40	74	12	115	17	27	10	43	1.82
204578--204905	43	7.8	42	72	9	211	17	25	14	42	1.88
204539--204900	84	4.3	83	79	3	314	18	25	13	42	1.87
204539--204900	168	2.2	166	81	4	404	18	25	13	42	1.87
204608--204964	84	4.3	83	75	8	267	17	27	12	42	1.86
205088--205732	31	20.9	31	72	4	415	27	27	25	19	1.99
205086--205732	247	2.6	246	78	4	685	27	27	25	19	1.99
209055--209080	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
209035--209098	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
211531--211569	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
211556--211635	20	3.7	20	75	18	79	40	13	16	30	1.87
218718--218748	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
220762--220841	20	3.7	20	72	18	70	30	15	13	41	1.85
220828--220866	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
220966--221008	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
227651--227676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
227631--227694	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
227747--227801	20	2.8	20	91	0	83	29	14	14	41	1.85
229444--229684	52	4.5	53	71	10	150	40	17	17	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229621--229728	52	2.1	52	82	3	128	41	13	20	24	1.88
229813--229979	65	2.5	66	81	7	189	22	17	29	31	1.96
229795--230450	33	20.5	31	73	8	424	22	17	29	30	1.96
229795--230450	97	6.8	94	73	12	406	22	17	29	30	1.96
230455--230864	33	13.1	32	69	14	214	36	11	29	22	1.90
230482--230547	27	2.4	27	89	0	105	34	15	30	19	1.93
230536--230809	65	4.2	65	76	10	215	39	12	27	21	1.89
230463--230824	32	11.5	32	71	14	215	37	12	28	22	1.90
230841--230885	21	2.1	21	87	0	63	44	4	28	22	1.72
230821--230974	55	2.8	55	84	0	209	40	7	30	21	1.80
230897--230940	21	2.1	21	83	8	54	45	2	31	20	1.64
230918--231253	125	2.6	127	80	6	342	38	10	29	22	1.87
230917--231315	34	12.2	33	76	10	313	37	10	29	22	1.87
231327--231484	30	5.3	29	78	10	167	28	16	31	24	1.96
231320--231484	59	2.8	60	85	3	226	29	15	31	23	1.95
231320--231484	89	1.8	91	84	10	232	29	15	31	23	1.95
234867--234920	20	2.7	20	88	5	74	29	12	18	38	1.88
238956--239007	13	4.5	13	73	26	62	32	13	17	36	1.89
238939--239007	33	2.1	32	86	10	95	30	13	18	37	1.89
248275--248331	19	3.0	20	82	7	73	36	14	15	33	1.88
255260--255285	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
255240--255303	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255906--255946	20	2.0	22	90	9	68	34	26	2	36	1.70
257642--257688	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
257821--257857	13	2.8	13	95	0	65	37	16	16	29	1.90
264022--264072	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86
265722--265797	20	3.8	20	73	0	71	32	14	10	42	1.80
265719--265796	40	2.0	40	89	0	120	34	14	11	39	1.82
267230--267256	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
267289--267358	33	2.1	33	89	0	104	28	18	14	38	1.90
267310--267339	13	2.3	13	94	0	51	30	16	16	36	1.91
269570--269738	51	3.3	51	83	1	205	28	27	13	30	1.94
269570--269752	102	1.8	102	83	4	246	27	27	13	31	1.94
269629--269945	127	2.5	130	82	8	385	29	25	11	33	1.91
269803--269971	79	2.2	79	81	7	202	28	24	11	34	1.91
269928--270000	28	2.6	29	87	8	98	26	31	16	26	1.96
269853--270185	106	3.1	106	82	6	356	26	26	14	32	1.95
270038--270105	28	2.4	28	92	0	109	25	30	20	23	1.98
270065--270238	78	2.2	78	85	7	244	25	26	14	32	1.95
270171--270288	51	2.3	51	92	0	191	27	23	14	33	1.94
270222--270397	79	2.2	79	82	0	235	26	25	16	31	1.96
270093--270369	130	2.1	129	85	4	362	26	24	14	34	1.94
275148--275208	27	2.6	21	73	26	68	27	21	11	39	1.88
279491--279874	79	4.9	78	81	4	378	32	15	25	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279811--279913	50	2.0	51	83	1	127	38	11	19	30	1.87
282144--282214	20	3.5	20	90	0	106	45	15	12	26	1.82
282832--283230	61	6.7	62	81	7	382	27	20	27	24	1.99
286684--286709	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
286666--286729	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
299040--299385	79	4.4	79	79	6	303	34	15	24	26	1.94
299379--299488	50	2.2	50	83	0	139	38	11	22	27	1.89
301718--301772	20	2.8	20	88	0	83	41	14	14	29	1.85
301748--302045	152	2.0	152	92	0	497	35	13	17	33	1.89
310956--311007	20	2.7	20	88	8	72	28	13	21	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9