genome.fa.s286.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold286
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1428881

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1260819--1261349	293	1.8	293	89	3	845	30	19	14	35	1.92
1261130--1262815	445	3.6	448	79	7	1694	31	19	14	34	1.91
1261568--1262815	474	2.6	472	82	4	1539	31	19	14	34	1.91
1262604--1267687	158	32.1	158	70	11	1475	28	19	15	35	1.93
1263616--1263918	159	1.9	159	82	6	382	27	22	16	33	1.96
1262634--1267687	317	15.9	317	67	11	1525	28	19	15	35	1.93
1263105--1265528	952	2.5	950	91	1	3137	28	19	16	35	1.93
1264714--1266406	635	2.7	634	86	1	2354	28	20	15	35	1.93
1264372--1266538	635	3.4	632	80	4	2236	28	19	15	35	1.93
1265804--1266882	476	2.3	476	85	2	1436	29	19	15	35	1.93
1266278--1267687	634	2.2	633	87	2	1990	29	19	15	35	1.93
1267778--1273331	159	35.1	158	67	12	1408	29	19	15	35	1.93
1266909--1268582	898	1.9	898	87	2	2502	29	19	14	35	1.92
1267807--1269716	634	3.0	634	90	1	2936	29	20	14	35	1.92
1271309--1271625	157	2.0	157	83	6	392	29	18	13	37	1.90
1269547--1272051	633	4.0	634	89	2	3659	29	19	15	35	1.93
1269862--1273035	633	5.0	627	80	7	1792	29	19	15	35	1.93
1271445--1272560	475	2.3	476	84	3	1338	29	19	15	35	1.93
1271920--1273331	634	2.2	632	86	2	1976	29	19	15	35	1.93
1273902--1290686	158	106.2	158	68	11	4849	29	19	15	36	1.92
1272549--1274226	898	1.9	898	87	2	2487	29	19	15	35	1.92
1273447--1275360	634	3.0	634	90	1	2955	29	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1275191--1277729	634	4.0	634	90	1	3836	29	19	15	35	1.92
1281507--1283251	791	2.2	787	87	2	2525	29	18	15	36	1.91
1283720--1289084	631	8.5	634	77	8	2449	29	19	15	36	1.92
1287343--1290686	789	4.2	788	72	10	2613	29	19	15	36	1.92
1293286--1293311	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1295537--1295581	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1297385--1297415	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1299494--1299519	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1303293--1303359	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1305973--1306019	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
1308603--1308669	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1309127--1309152	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1309107--1309170	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1309578--1309633	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
1309692--1309717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1311174--1311218	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1313022--1313052	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1317678--1317703	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1321219--1321337	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1321252--1321327	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1321243--1321328	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1321234--1321304	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323044--1323862	158	5.2	158	88	1	1139	29	16	15	38	1.90
1323899--1324236	159	2.1	159	83	3	421	27	22	16	33	1.95
1324351--1324629	142	2.0	142	83	5	359	27	16	16	38	1.91
1326854--1326929	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1326853--1326938	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1326844--1326962	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
1331785--1332795	476	2.1	476	84	2	1327	29	19	15	35	1.93
1332150--1333545	634	2.2	633	88	2	2036	29	19	15	35	1.92
1332629--1334494	950	2.0	952	89	1	2886	29	19	14	36	1.92
1333580--1335791	635	3.5	633	90	1	3383	28	19	15	36	1.92
1332629--1336088	158	21.8	157	73	8	1949	28	19	15	36	1.92
1339847--1340182	158	2.1	158	85	1	449	29	19	15	36	1.92
1339536--1340830	636	2.0	633	81	5	1490	29	20	14	35	1.92
1340025--1341622	476	3.4	472	85	4	2023	29	20	14	35	1.93
1340985--1342273	650	2.0	652	84	2	1723	30	20	14	34	1.93
1342079--1346234	158	26.2	156	70	9	1436	29	19	15	36	1.92
1341637--1346093	476	9.4	475	73	9	2561	29	19	14	35	1.92
1342584--1345123	792	3.2	792	92	0	4165	28	19	14	37	1.92
1340982--1346675	634	9.0	625	76	8	2991	29	19	14	35	1.92
1346690--1349015	476	4.9	475	87	2	3085	30	20	14	34	1.92
1347004--1348611	159	10.1	158	66	12	441	30	19	14	34	1.92
1346770--1349015	951	2.4	952	87	2	3138	30	20	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350692--1350767	12	6.9	11	76	18	70	39	0	47	13	1.42
1350691--1350782	24	4.2	23	76	18	97	42	0	44	13	1.43
1350714--1350772	9	6.9	9	69	11	52	40	0	45	13	1.43
1350694--1350781	12	7.9	12	72	20	59	42	0	44	13	1.44
1350691--1350804	42	2.7	42	91	1	174	42	0	44	12	1.48
1354048--1354074	14	1.9	14	100	0	54	77	7	7	7	1.12
1354833--1354924	24	4.2	23	72	18	79	42	0	41	16	1.48
1354833--1354933	42	2.4	42	90	3	150	41	0	42	15	1.47
1354833--1354905	12	5.6	12	69	28	51	42	0	42	15	1.46
1361373--1366522	159	32.4	157	66	9	1629	31	20	14	34	1.93
1361124--1367744	475	13.9	475	85	3	8352	30	20	14	33	1.93
1367877--1368185	158	2.0	158	91	1	503	29	17	15	37	1.91
1368036--1370547	476	5.3	476	85	3	3171	31	18	15	35	1.92
1368055--1370547	936	2.6	932	86	3	3260	31	18	15	35	1.92
1370354--1370718	188	1.9	188	89	1	561	30	16	16	35	1.92
1370542--1373089	476	5.4	474	84	3	3088	30	19	15	35	1.92
1372458--1374240	158	11.3	157	68	10	572	30	19	15	34	1.92
1371029--1374242	159	20.3	158	67	11	828	30	19	15	35	1.92
1373110--1374598	473	3.1	471	86	3	1986	30	19	14	35	1.92
1374688--1377787	158	19.6	158	67	10	810	30	18	14	36	1.92
1374688--1377265	476	5.4	476	85	2	3380	30	18	14	36	1.91
1376626--1377843	635	1.9	635	86	2	1730	29	19	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379049--1379124	12	6.9	11	80	15	70	40	0	46	13	1.43
1379069--1379129	9	7.1	9	72	10	56	44	0	42	13	1.43
1379039--1379157	42	2.8	42	89	0	175	44	0	43	10	1.45
1379386--1382206	710	4.0	710	98	0	5356	33	17	23	24	1.96
1386527--1388170	475	3.5	474	84	4	2087	30	19	14	35	1.92
1387517--1388773	633	2.0	634	84	3	1672	30	19	15	34	1.93
1388150--1393547	475	11.3	476	80	5	4468	30	19	14	35	1.92
1389259--1390240	476	2.1	476	87	2	1402	29	18	15	36	1.92
1390108--1390404	162	1.8	162	86	0	432	30	19	13	35	1.91
1388150--1393552	951	5.7	949	75	7	4232	30	19	14	35	1.92
1386527--1395445	158	56.4	157	66	13	1855	30	19	14	35	1.92
1393511--1402662	476	19.2	476	79	7	8437	30	19	14	35	1.92
1396757--1397443	159	4.3	158	66	14	361	30	18	14	36	1.91
1408467--1408585	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1408500--1408575	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1408491--1408576	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1408482--1408552	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1410201--1418836	475	18.2	476	85	2	11073	30	19	14	35	1.92
1413245--1413279	18	1.9	18	88	11	54	17	11	14	57	1.66
1418514--1419153	317	2.0	315	87	2	926	30	20	14	34	1.92
1418509--1419010	159	3.2	154	70	14	403	31	21	14	32	1.93
1418586--1419126	158	3.4	154	70	13	393	30	20	14	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419682--1422999	475	7.0	474	85	3	4073	30	19	14	35	1.92
1423757--1423782	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1426295--1426333	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1426319--1426397	20	3.7	20	79	15	86	45	15	13	25	1.83
1428412--1428442	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!