genome.fa.s286.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold286
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1428881

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963--3016	28	1.9	28	85	7	74	27	29	12	29	1.94
2967--3130	80	2.0	81	79	10	176	26	26	12	34	1.92
8252--8307	19	2.9	19	89	2	85	32	14	12	41	1.83
12042--12097	19	2.8	20	83	2	78	30	14	14	41	1.85
15243--15289	23	2.0	23	95	0	85	27	21	6	44	1.76
16031--16056	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18271--18315	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
22201--22226	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22347--22392	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
24769--24794	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26219--26347	52	2.5	52	83	0	168	30	15	10	43	1.81
33077--33160	27	3.0	27	84	7	96	29	33	19	17	1.95
33235--33371	32	4.4	31	86	5	186	28	36	18	16	1.93
33233--33371	64	2.2	63	88	6	210	28	36	18	16	1.93
33364--34013	49	13.6	49	78	11	460	25	26	16	31	1.97
33469--33921	43	10.0	43	78	11	474	25	26	17	30	1.97
33424--33966	92	5.9	92	92	0	888	25	25	17	31	1.97
33416--33975	276	2.0	279	94	1	991	25	26	17	31	1.97
33876--34029	52	2.9	53	81	4	193	24	24	15	35	1.94
34660--34684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40417--40571	29	5.3	29	79	2	150	27	22	16	34	1.95
40607--40708	29	3.5	30	77	11	113	27	20	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40607--40686	30	2.7	30	83	9	110	28	18	12	40	1.87
40694--40855	28	5.6	28	73	6	119	26	29	13	30	1.94
40813--40909	33	3.1	30	81	11	81	28	26	15	28	1.96
40852--41000	33	4.5	33	75	5	140	34	26	15	23	1.95
41083--41216	52	2.6	52	77	1	144	22	19	18	39	1.92
42088--42113	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44486--44532	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
44653--44691	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
44678--44753	25	3.7	20	77	19	75	42	15	15	26	1.87
46768--46798	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
48602--48646	21	2.1	21	84	8	56	22	22	4	51	1.66
50864--50889	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51447--51732	52	5.5	52	75	1	142	24	22	16	37	1.94
52609--52779	52	3.3	52	84	2	222	30	15	12	40	1.85
57272--57343	20	3.7	19	75	7	65	31	12	15	40	1.84
57374--57504	33	4.0	33	92	4	203	34	16	18	31	1.93
57394--57484	13	7.9	13	63	26	53	34	18	17	29	1.94
57373--57505	20	7.7	19	65	32	70	33	15	18	32	1.92
59090--59120	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
63633--63659	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
63752--63792	10	3.9	11	83	6	50	34	17	0	48	1.47
65143--65207	33	2.0	33	84	6	87	23	29	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65991--66033	22	2.0	22	81	4	52	37	6	13	41	1.72
69031--69074	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
73253--73428	20	8.8	20	70	21	111	27	15	14	42	1.87
75717--75945	51	4.6	50	79	7	218	29	25	10	35	1.88
75883--76132	76	3.2	76	84	5	288	26	26	14	32	1.95
76092--76157	28	2.4	27	82	10	80	24	31	15	28	1.95
76011--76238	109	2.1	107	83	9	284	25	29	14	29	1.95
76117--76364	80	3.1	77	82	7	284	26	25	14	33	1.95
78443--78467	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
86823--86898	23	3.3	23	68	17	75	36	6	19	36	1.78
86810--86928	47	2.6	47	94	1	204	37	8	21	32	1.83
86908--86945	17	2.2	17	95	0	67	39	10	28	21	1.86
89694--89775	1	82.0	1	70	0	56	85	8	4	1	0.79
89694--89761	8	8.4	8	81	13	77	86	10	1	1	0.69
89694--89761	20	3.4	20	82	11	86	86	10	1	1	0.69
89694--89775	39	2.1	39	82	8	96	85	8	4	1	0.79
90748--90892	60	2.4	59	84	3	191	26	28	19	25	1.99
90937--91165	122	1.9	122	87	2	336	27	26	20	25	1.99
90932--91179	61	4.1	61	82	5	272	26	25	19	28	1.99
91149--91252	42	2.4	43	79	1	120	21	23	16	39	1.92
91909--91938	13	2.3	13	94	0	51	36	13	6	43	1.70
91955--92061	20	5.7	19	75	18	100	28	16	13	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91971--92040	33	2.1	33	94	0	122	28	17	12	41	1.86
91991--92021	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
94350--94514	51	3.2	51	85	3	199	29	27	11	32	1.91
94450--94728	76	3.6	76	83	1	315	27	26	14	31	1.95
94646--94883	108	2.2	107	80	8	277	26	27	15	30	1.96
94758--95019	80	3.3	79	79	7	262	26	25	14	32	1.95
96361--97022	155	4.3	155	81	4	678	39	21	17	20	1.93
97531--97857	128	2.5	128	86	3	460	40	11	11	35	1.79
99285--99316	16	1.9	17	93	6	57	71	6	0	21	1.07
99243--99768	170	3.2	165	84	4	646	51	9	10	28	1.68
99243--99768	168	3.2	166	83	6	629	51	9	10	28	1.68
101191--101617	167	2.6	167	81	2	455	43	12	24	19	1.86
101192--101692	167	3.0	168	78	4	363	42	12	24	19	1.86
101716--101858	42	3.3	41	81	7	124	30	17	33	18	1.94
101739--102868	42	26.6	42	72	7	412	32	16	28	22	1.96
101739--101967	85	2.7	84	80	7	212	31	17	31	20	1.95
101929--102038	43	2.6	43	79	13	120	34	15	26	23	1.94
102013--102166	43	3.6	43	76	6	159	30	14	30	24	1.95
101930--102203	86	3.2	85	76	7	236	32	16	28	22	1.95
102226--102392	43	3.9	43	79	3	178	34	16	26	22	1.95
102225--102422	85	2.3	85	79	6	202	34	16	27	21	1.95
102637--102834	86	2.3	85	76	4	200	31	18	29	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102889--102927	18	2.2	18	95	0	69	33	20	20	25	1.97
102962--103140	43	4.2	43	74	1	153	34	18	26	21	1.96
102946--103103	85	1.9	85	83	0	208	34	18	25	21	1.96
102952--103241	128	2.3	128	76	4	298	35	17	24	22	1.95
103004--103398	128	3.1	128	77	5	291	33	17	26	22	1.96
103250--105037	85	21.1	85	72	6	467	34	18	25	21	1.96
102950--108196	42	124.3	42	68	10	604	33	17	26	22	1.96
103882--104071	43	4.4	43	71	6	134	33	19	25	21	1.97
104014--104118	44	2.4	44	83	10	119	32	19	26	21	1.97
105055--105191	43	3.2	43	73	13	120	37	16	21	24	1.93
105055--105236	85	2.1	85	80	2	204	35	14	23	25	1.94
105190--105614	85	5.0	85	74	8	245	33	16	27	22	1.96
105608--105814	85	2.5	84	78	7	206	33	14	27	25	1.94
105662--105903	41	5.7	42	75	8	168	31	15	26	25	1.96
105399--105847	213	2.1	213	78	6	457	33	14	27	24	1.94
106357--106612	43	6.0	43	73	7	157	32	17	28	21	1.96
106781--106959	43	4.2	42	80	6	200	31	15	27	25	1.95
106781--106968	85	2.2	85	85	1	252	31	15	27	24	1.96
107134--107250	43	2.7	43	74	12	123	34	18	25	21	1.96
107561--107693	41	3.2	42	74	11	121	31	20	26	21	1.98
107680--107933	87	3.0	86	81	8	272	34	19	26	19	1.96
107942--108166	85	2.6	84	79	3	209	32	16	28	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107932--108166	128	1.8	127	82	0	299	32	16	28	22	1.96
107942--108177	43	5.5	43	73	5	201	32	15	29	22	1.95
107932--108199	128	2.1	127	80	2	286	32	16	28	22	1.96
110763--110823	1	61.0	1	73	0	50	0	6	6	86	0.69
110763--110823	12	5.4	11	81	12	61	0	6	6	86	0.69
110749--110823	15	5.3	14	77	6	62	2	6	6	84	0.87
110764--110823	23	2.6	23	83	2	66	0	6	6	86	0.70
110758--110823	17	4.1	16	79	12	64	1	6	7	84	0.82
112416--112978	156	3.6	156	80	6	585	39	22	16	21	1.92
113510--113825	123	2.5	122	83	6	391	41	12	10	34	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9