genome.fa.s286.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold286
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1428881

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725633--725687	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
726336--726910	55	10.3	55	86	7	734	22	21	28	28	1.99
726356--726915	221	2.5	219	86	4	775	22	20	28	27	1.99
727878--727951	9	7.9	9	77	14	53	0	12	4	83	0.77
727892--727953	11	4.8	13	76	20	51	0	8	6	85	0.74
727928--727952	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
739612--739730	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
739645--739720	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
739636--739721	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
739627--739697	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
747211--747282	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
747270--747440	51	3.3	51	82	4	216	32	11	26	29	1.92
747423--747498	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
749960--749985	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
749939--750005	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
750025--750092	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
750047--750071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
750028--750090	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
750128--750188	21	3.1	19	75	11	68	31	13	18	37	1.88
751984--752014	13	2.4	13	94	0	53	38	3	16	41	1.64
752100--752124	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
752214--752327	56	2.0	57	91	1	185	37	9	9	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759230--759258	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
764219--764249	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
760207--767491	923	7.9	923	94	1	12313	33	18	16	31	1.94
767223--767780	289	1.9	289	97	0	1062	30	19	21	28	1.98
767512--769626	923	2.3	922	96	0	3888	32	19	17	30	1.94
769358--769915	289	1.9	289	97	0	1062	30	19	21	28	1.97
770572--771127	289	1.9	289	98	0	1076	29	19	21	28	1.98
772397--772422	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
773331--773356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
773994--774060	36	1.9	35	85	11	93	31	23	11	32	1.91
774518--774542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
776923--776969	23	2.0	24	84	12	62	59	19	4	17	1.53
778419--778460	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
780083--780108	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
780990--781034	21	2.1	21	92	8	74	35	13	13	37	1.84
780483--784882	906	4.8	906	93	3	7388	33	18	16	31	1.93
783751--783776	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
784574--784627	21	2.6	20	85	11	65	40	14	14	29	1.86
784873--784911	19	2.0	20	95	5	71	35	17	15	30	1.91
785665--785702	13	2.9	13	92	0	58	31	18	18	31	1.95
785834--785874	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
789528--789876	80	4.4	79	78	7	348	34	12	24	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789589--789876	159	1.8	159	85	4	411	34	12	25	28	1.92
789811--789927	51	2.3	51	82	2	128	34	11	25	29	1.90
793298--793334	16	2.2	17	90	4	58	29	5	2	62	1.31
794719--794744	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
794697--794764	33	2.1	33	94	2	120	32	13	20	33	1.91
794797--794849	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
794837--794861	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
797148--797188	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
797320--797344	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
797528--797553	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
803391--803416	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803369--803436	33	2.1	33	94	2	120	32	13	20	33	1.91
803508--803532	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
808367--808652	139	2.0	141	85	6	391	31	11	5	51	1.61
808211--808781	307	1.9	308	85	5	809	30	11	6	50	1.65
808505--808940	167	2.6	164	86	4	588	28	11	8	51	1.68
808505--808999	167	3.0	161	81	10	552	27	12	9	50	1.70
808858--809274	216	1.9	214	92	0	699	31	11	7	49	1.66
809775--809824	11	4.5	11	85	9	57	82	2	14	2	0.86
809775--809824	12	4.3	12	82	7	59	82	2	14	2	0.86
810560--811047	173	2.8	173	85	4	633	40	11	10	37	1.75
810886--811180	153	1.9	153	82	4	371	40	11	11	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811407--811769	156	2.3	155	83	3	453	23	17	20	38	1.93
817017--817133	20	5.7	20	78	6	108	39	13	13	33	1.84
817888--818027	51	2.7	51	87	2	201	29	21	10	39	1.86
821389--822025	56	11.4	57	77	6	563	26	17	28	27	1.98
821389--822035	28	23.1	28	77	9	490	25	17	28	27	1.97
821769--821829	31	2.0	31	93	0	104	26	19	29	24	1.99
821921--822239	27	11.6	27	80	4	323	28	15	30	25	1.96
821889--822039	82	1.8	82	91	0	248	27	15	24	31	1.96
821921--822239	55	5.8	54	79	5	325	28	15	30	25	1.96
821921--822238	138	2.3	137	81	5	354	28	15	30	25	1.96
821984--822237	111	2.3	111	88	0	375	29	15	31	23	1.95
823018--823043	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
822999--823061	32	1.9	33	87	3	92	28	14	17	39	1.89
828373--828398	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
828783--829113	27	11.9	27	80	8	328	29	14	30	25	1.95
832569--832594	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
832667--832720	21	2.5	22	93	6	101	38	11	24	25	1.88
832841--832881	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
833715--833740	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
836279--836317	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
836303--836381	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
838397--838427	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840227--840271	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
842489--842514	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
851273--851433	70	2.3	70	83	1	214	27	16	11	44	1.82
853740--853965	80	2.8	79	79	1	263	35	9	24	30	1.88
856501--856553	20	2.6	21	81	3	63	37	18	7	35	1.80
859466--859617	69	2.2	69	81	6	166	42	11	17	28	1.84
862298--862871	156	3.7	155	81	4	566	36	18	18	25	1.94
863017--863289	141	1.9	142	83	5	349	42	9	11	36	1.75
864364--864677	165	1.9	164	80	5	366	46	6	14	32	1.69
866418--866474	20	2.8	20	89	0	78	33	19	10	36	1.86
866938--867423	89	5.5	87	74	10	351	32	9	23	33	1.87
867949--868009	20	3.0	20	87	0	77	42	11	14	31	1.81
874578--875129	140	3.8	140	75	9	472	38	14	21	25	1.91
874543--875171	74	8.6	73	78	8	498	38	13	22	25	1.91
877645--877695	13	4.4	13	70	27	51	37	15	13	33	1.87
877645--877713	33	2.1	33	91	0	111	37	18	13	30	1.89
877742--877797	19	2.9	19	81	2	67	41	16	14	28	1.87
877782--877808	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
882411--882436	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
886462--886511	20	2.5	20	90	6	75	34	18	14	34	1.90
886565--886591	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
889020--889402	190	2.0	189	90	2	608	37	15	13	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899238--899264	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
900211--900837	65	9.6	65	71	9	319	41	15	22	20	1.89
900223--900717	195	2.5	194	78	9	443	42	14	22	20	1.89
905167--905202	9	4.0	9	92	0	54	41	2	33	22	1.68
909531--909556	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
910204--910255	20	2.4	21	90	9	79	17	50	28	3	1.64
912219--912243	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
912231--912283	20	2.6	21	81	3	63	39	13	16	30	1.87
912315--912382	33	2.1	32	86	2	91	35	16	14	33	1.89
915707--915740	10	3.3	10	88	8	50	47	8	0	44	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9