genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
530--571	19	2.3	19	87	4	59	7	11	7	73	1.23
1361--1803	27	16.0	27	89	4	634	23	34	14	28	1.94
1361--1818	164	2.8	164	89	3	666	23	34	14	27	1.94
1786--2141	32	11.5	32	91	6	574	31	37	18	13	1.89
1786--2518	64	11.4	64	79	9	708	31	34	18	15	1.92
2157--2518	32	11.3	32	92	1	573	31	31	18	17	1.95
7173--9366	27	77.3	28	90	4	1274	24	16	33	25	1.96
7907--9366	27	53.1	27	91	2	1950	27	15	33	23	1.94
7907--9366	109	13.3	108	90	3	1918	27	15	33	23	1.94
10390--10417	10	2.8	10	100	0	56	0	0	14	85	0.59
16569--16619	22	2.3	23	82	3	59	54	5	1	37	1.36
17145--17200	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84
22618--22650	13	2.8	12	90	9	50	0	3	15	81	0.80
22903--22935	5	7.0	5	93	6	52	0	0	15	84	0.61
28980--29029	13	4.0	13	75	17	52	74	2	4	20	1.08
33183--33379	108	1.8	106	81	6	245	37	10	12	39	1.78
33549--33586	6	6.3	6	87	0	58	63	2	0	34	1.09
33525--33586	18	3.3	18	80	12	63	64	3	0	32	1.09
33519--33586	12	5.7	12	73	16	61	64	2	0	32	1.08
34021--34090	14	5.1	14	74	8	54	48	0	2	48	1.16
34394--34419	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
39416--39541	20	5.8	20	76	17	128	24	15	16	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39523--39552	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
39539--39593	21	2.7	20	82	2	65	30	16	14	38	1.89
39417--39593	69	2.5	69	87	6	230	27	16	15	40	1.89
41715--41772	20	2.9	19	80	7	62	36	12	12	39	1.80
42679--42729	22	2.3	22	100	0	102	19	11	9	58	1.60
45414--45648	129	1.8	130	84	6	325	29	27	11	31	1.92
45544--45919	79	4.8	75	78	8	329	28	26	13	31	1.93
45582--45919	79	4.3	79	81	3	367	27	26	13	32	1.94
45548--45919	158	2.4	157	81	5	412	28	26	12	31	1.93
55535--55630	1	96.0	1	76	0	75	86	5	8	0	0.70
55534--55630	36	2.8	36	95	3	171	85	5	9	0	0.73
68705--68756	15	3.4	15	94	2	86	78	15	0	5	0.92
68698--68748	7	6.9	7	78	12	57	78	13	0	7	0.96
69853--69983	55	2.4	55	87	2	183	29	27	22	20	1.98
69905--70169	94	2.8	94	92	1	442	26	29	19	24	1.98
69779--70069	149	2.0	149	92	2	487	26	28	18	25	1.98
69779--70223	243	1.8	243	90	0	721	26	28	19	25	1.99
70116--70475	61	6.1	61	81	8	374	25	25	19	30	1.98
70095--70468	116	3.2	118	79	9	378	26	24	20	28	1.99
70093--70475	177	2.2	177	85	7	527	25	24	19	29	1.98
70466--70631	42	3.8	43	76	12	160	18	28	14	38	1.90
70604--70686	35	2.4	34	80	11	82	19	26	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71341--71393	20	2.7	20	90	0	88	26	15	15	43	1.85
71375--71404	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
71420--71474	20	2.8	20	80	5	67	23	16	14	45	1.84
71457--71482	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73904--74022	50	2.4	50	81	7	143	31	26	13	28	1.94
74002--74105	28	3.7	28	87	2	147	23	29	18	28	1.97
74062--74397	79	4.2	79	80	4	356	27	25	13	33	1.94
74058--74397	159	2.1	158	81	5	409	27	25	14	32	1.94
77232--77264	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
77233--77262	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
77232--77266	17	2.1	17	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78819--78855	18	2.1	18	89	0	56	56	10	8	24	1.60
82582--82616	17	2.1	17	94	0	61	37	5	8	48	1.58
83561--83593	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
85766--85959	106	1.8	105	86	1	280	37	11	11	39	1.78
86138--86167	6	5.0	6	91	0	51	66	3	0	30	1.07
86108--86167	18	3.3	18	78	17	63	66	5	1	26	1.21
86934--86983	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
87851--87898	23	2.0	24	92	4	80	60	2	0	37	1.09
87856--87891	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
88283--88311	13	2.2	13	100	0	58	51	0	17	31	1.45
89833--90114	140	2.0	142	98	1	550	43	10	7	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90737--90774	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
97324--97517	106	1.8	104	83	5	255	37	9	11	40	1.75
97672--97722	14	3.5	14	75	24	52	62	1	0	35	1.06
97929--97973	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
101141--101177	18	2.1	18	89	0	56	56	10	8	24	1.60
106372--106409	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
113310--113505	108	1.8	107	83	1	239	39	10	10	39	1.74
113649--113699	20	2.7	18	80	16	59	66	3	3	25	1.26
114474--114517	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
115385--115432	23	2.0	24	92	4	80	60	2	0	37	1.09
115390--115425	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
115817--115845	13	2.2	13	100	0	58	51	0	17	31	1.45
120868--121059	106	1.8	104	83	5	251	38	10	10	40	1.75
121146--121187	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
121234--121284	14	3.5	14	75	24	52	62	1	0	35	1.06
121492--121539	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
124705--124741	18	2.1	18	89	0	56	56	10	8	24	1.60
129933--129970	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
133696--133743	17	2.8	17	100	0	96	37	6	6	50	1.53
137029--137064	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
137271--137302	6	5.3	6	92	0	55	65	3	0	31	1.08
137247--137301	18	2.9	18	82	15	67	67	3	1	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138072--138109	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
138454--138489	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
140796--140820	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
142428--142484	22	2.6	22	94	2	98	64	8	8	17	1.46
143393--143466	20	3.8	20	76	1	69	40	12	13	33	1.82
143390--143466	40	2.0	38	84	5	100	40	12	12	33	1.82
144395--144439	12	3.7	12	82	5	54	53	0	0	46	1.00
145186--145223	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
153614--153675	32	1.9	33	86	3	90	51	8	6	33	1.57
153748--153796	18	2.7	18	83	3	53	57	8	6	28	1.52
159016--159051	3	12.0	3	93	0	63	30	0	0	69	0.89
161840--162033	106	1.8	105	86	1	280	37	11	11	39	1.79
162157--162210	22	2.7	20	86	13	76	62	5	0	31	1.18
162182--162211	12	2.5	12	94	0	51	66	3	0	30	1.07
162967--163003	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
163350--163374	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
163349--163378	6	5.2	6	92	8	53	66	0	0	33	0.92
164396--164460	29	2.3	28	75	12	71	52	0	0	47	1.00
165089--165114	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
166983--167055	33	2.1	36	82	10	89	50	1	1	46	1.18
167750--167787	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
172201--172287	41	2.1	41	100	0	174	39	4	6	49	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172919--172944	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
172901--172964	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
173403--173469	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
174479--174503	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
176360--176385	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
176342--176405	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
176844--176910	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
179340--179529	79	2.4	78	91	1	290	29	18	27	24	1.98
181954--182007	20	2.7	20	97	0	99	38	12	20	27	1.89
182060--182111	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16