genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  12  of  16  ( 1858 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1800762--1800821	25	2.4	24	86	5	75	38	1	0	60	1.07
1800761--1800829	18	3.7	18	72	14	50	39	1	0	59	1.06
1800984--1801035	23	2.4	22	83	6	61	44	0	0	55	0.99
1800994--1801035	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
1801769--1801840	36	2.0	36	94	0	126	47	8	8	36	1.64
1802436--1802509	36	2.1	36	97	0	139	29	24	5	40	1.77
1803316--1803358	18	2.4	18	85	11	54	51	2	0	46	1.13
1803264--1803537	150	1.8	152	79	6	324	42	6	1	49	1.38
1803661--1803698	18	2.1	18	85	9	51	44	5	2	47	1.39
1804690--1804722	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
1807905--1807999	49	1.9	50	80	8	113	45	1	3	50	1.24
1809819--1809869	19	2.5	21	84	9	70	39	11	17	31	1.86
1811935--1811978	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1813785--1813823	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1815901--1815931	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1817736--1817780	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1819989--1820014	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1820847--1820887	21	2.0	21	85	4	57	21	12	14	51	1.75
1829406--1829432	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1832777--1832964	51	3.6	51	72	14	188	38	14	17	30	1.89
1832846--1832870	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1832860--1832914	20	2.8	20	94	0	92	36	10	18	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1832777--1832999	104	2.1	104	99	0	437	37	13	17	31	1.89
1832950--1832974	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1833016--1833093	32	2.4	32	89	0	120	33	20	15	30	1.94
1833784--1834247	49	9.8	49	74	9	294	30	17	26	25	1.97
1833874--1834112	101	2.4	98	85	2	309	31	17	26	25	1.97
1834077--1834189	39	2.9	39	88	2	156	24	21	27	26	1.99
1834155--1834247	48	1.9	49	86	2	134	33	19	23	23	1.97
1834264--1834388	57	2.2	56	84	8	153	17	16	32	33	1.92
1834264--1834388	29	4.3	30	79	7	132	17	16	32	33	1.92
1834402--1834867	34	15.0	27	72	21	203	34	12	32	20	1.90
1834476--1834969	34	15.0	34	83	7	608	36	11	32	19	1.88
1834552--1834936	95	4.0	95	90	3	574	34	12	33	19	1.89
1834902--1834981	34	2.7	28	75	17	72	32	11	36	20	1.88
1834422--1834969	95	5.7	96	85	6	570	35	12	32	19	1.89
1834361--1834990	129	5.0	126	79	13	623	34	12	32	20	1.90
1834978--1835284	31	9.8	30	83	7	353	31	14	31	22	1.94
1834978--1835279	61	4.8	61	87	5	399	31	14	31	22	1.94
1836256--1836289	17	2.0	17	88	11	52	0	8	8	82	0.85
1843641--1843695	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
1845830--1845949	51	2.3	52	89	1	188	29	12	13	45	1.80
1847603--1847661	28	2.1	28	96	0	109	23	22	3	50	1.63
1848749--1848775	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1848869--1848911	20	2.1	21	91	4	70	34	23	9	32	1.87
1851195--1851432	51	4.6	51	82	4	293	29	25	12	32	1.92
1851412--1851487	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
1851439--1851959	79	6.6	79	90	1	792	25	25	16	32	1.96
1851363--1851566	106	1.9	107	83	4	268	26	27	16	29	1.97
1851439--1851962	238	2.2	237	90	1	834	25	25	16	32	1.96
1851918--1852016	28	3.5	28	91	0	144	23	26	19	31	1.98
1852001--1852120	51	2.4	51	85	2	152	30	25	13	30	1.94
1860747--1860772	12	2.2	12	100	0	52	34	30	7	26	1.85
1860969--1861070	28	3.7	27	80	5	114	25	30	16	27	1.97
1860964--1861070	27	3.8	28	80	3	117	25	29	15	28	1.96
1860953--1861689	32	24.5	28	73	13	263	23	28	12	35	1.92
1861053--1861170	59	2.0	59	86	0	164	23	29	11	34	1.91
1860953--1861700	91	8.3	91	76	8	561	23	28	12	34	1.92
1861207--1861301	36	2.6	36	86	6	122	20	29	11	38	1.87
1861297--1861617	60	5.4	60	78	11	257	23	28	12	34	1.92
1860953--1861729	61	12.9	61	74	13	390	23	28	12	35	1.92
1861049--1861700	32	21.4	31	71	14	267	23	28	12	35	1.91
1861722--1861997	64	4.4	65	75	13	254	32	30	15	20	1.94
1861709--1862012	32	9.6	32	74	9	194	30	31	15	22	1.95
1861943--1862162	114	1.9	114	90	0	350	28	28	17	25	1.98
1862116--1862225	58	1.9	58	88	0	166	26	26	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1862204--1862243	18	2.2	18	95	0	71	37	25	10	27	1.88
1862255--1862664	52	7.9	52	78	3	385	23	24	15	36	1.94
1862257--1862631	104	3.6	105	86	2	481	23	24	14	37	1.93
1867335--1867436	31	3.3	31	90	1	159	29	17	15	37	1.91
1869091--1869159	28	2.5	28	79	9	77	31	15	26	26	1.96
1869011--1869236	107	2.1	105	83	4	285	33	15	24	26	1.95
1869181--1869238	28	2.0	29	86	6	82	32	18	24	24	1.97
1869146--1869586	79	5.6	79	76	6	371	34	13	25	26	1.92
1869152--1869586	158	2.8	157	80	4	493	35	13	24	26	1.92
1869499--1869554	28	1.9	30	89	7	89	35	17	25	21	1.95
1871941--1872006	20	3.7	18	71	24	50	36	13	13	36	1.85
1876350--1876537	51	3.6	51	72	14	188	38	14	17	30	1.89
1876419--1876443	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1876433--1876487	20	2.8	20	94	0	92	36	10	18	34	1.86
1876350--1876572	104	2.1	104	99	0	437	37	13	17	31	1.89
1876523--1876547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1876605--1876666	19	3.7	18	70	28	55	35	19	14	30	1.92
1876597--1876668	31	2.3	32	90	4	119	34	19	13	31	1.91
1877364--1877828	49	9.8	49	75	8	303	30	18	26	25	1.98
1877454--1877693	101	2.4	98	85	2	318	31	17	26	25	1.97
1877658--1877770	39	2.9	39	88	2	156	24	21	27	26	1.99
1877736--1877828	48	1.9	49	86	2	134	33	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877845--1877969	57	2.2	56	84	8	153	17	16	32	33	1.92
1877845--1877969	29	4.3	30	79	7	132	17	16	32	33	1.92
1877983--1878089	27	4.0	27	92	0	169	28	14	33	24	1.94
1877983--1878089	54	2.0	54	94	0	187	28	14	33	24	1.94
1878057--1878523	34	14.0	34	85	5	594	36	11	32	19	1.87
1878328--1878420	27	3.2	27	78	15	87	34	12	33	19	1.90
1878363--1878421	27	2.2	27	90	0	91	30	13	35	20	1.91
1878328--1878544	61	3.4	61	81	8	245	33	12	34	19	1.90
1878133--1878529	129	3.0	129	86	4	541	34	11	33	19	1.88
1878097--1878487	95	4.0	96	82	8	439	36	11	32	19	1.88
1878525--1878838	31	10.0	31	85	6	386	31	15	30	22	1.95
1878525--1878833	61	4.9	61	87	5	406	31	15	30	22	1.95
1879814--1879848	18	1.9	18	88	11	54	0	8	8	82	0.83
1887201--1887255	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
1889391--1889510	51	2.3	52	91	1	197	28	12	14	45	1.81
1891171--1891229	28	2.1	28	100	0	118	23	20	3	52	1.61
1892317--1892343	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1892437--1892479	20	2.1	21	86	4	61	34	20	9	34	1.85
1894762--1894999	51	4.6	51	83	4	293	29	25	12	32	1.92
1894982--1895054	27	2.6	28	89	6	105	24	34	20	20	1.97
1895006--1895526	79	6.6	79	91	1	819	25	26	15	31	1.96
1894930--1895133	107	1.9	107	82	2	257	26	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1895006--1895529	238	2.2	237	92	1	861	25	26	16	31	1.96
1895483--1895555	28	2.6	28	91	0	119	21	28	20	28	1.98
1895406--1895608	107	1.9	107	81	4	248	26	26	15	31	1.96
1895540--1895659	51	2.4	51	85	2	152	30	25	13	30	1.94
1903766--1903790	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1903746--1903812	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1903829--1903885	21	2.8	20	86	10	71	38	14	14	33	1.85
1903873--1904023	52	2.9	52	83	8	193	33	18	15	32	1.93
1910555--1910592	8	4.6	8	90	3	58	86	13	0	0	0.56
1910557--1910599	16	2.6	16	82	17	61	86	11	2	0	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16