genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182894--182974	42	1.9	42	87	0	117	41	16	22	19	1.89
182906--183059	42	3.6	42	79	5	173	38	13	25	22	1.90
183213--183296	28	3.0	28	63	6	71	25	21	27	26	1.99
183031--183296	61	4.4	61	81	8	307	27	19	27	25	1.99
183097--183715	217	2.8	216	79	12	601	25	19	28	26	1.99
183317--183796	61	8.3	59	86	7	552	24	20	27	27	1.99
183660--184060	162	2.5	158	90	4	621	25	19	30	24	1.98
183805--183959	60	2.5	61	86	9	226	26	19	30	23	1.98
183876--184170	102	2.9	102	96	0	538	26	18	32	23	1.97
184079--184762	124	5.7	120	85	8	811	27	19	27	25	1.98
184079--184762	61	11.3	60	85	7	813	27	19	27	25	1.98
184396--184738	55	5.9	55	84	7	339	27	19	28	25	1.98
185982--186023	15	2.8	15	85	7	50	2	19	14	64	1.39
190914--190986	27	2.7	26	79	8	74	19	19	35	26	1.95
193404--193429	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
193482--193529	19	2.4	21	89	6	73	31	14	14	39	1.86
196978--197022	13	3.4	12	85	14	54	55	0	2	42	1.12
198782--198816	17	2.1	17	100	0	70	34	5	11	48	1.63
205657--205694	12	2.9	13	84	11	51	81	15	2	0	0.80
207012--207352	34	10.5	34	78	11	347	20	34	12	32	1.90
207011--207352	67	5.3	66	81	10	359	20	34	12	32	1.90
207368--207926	43	12.1	43	76	13	499	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207368--207926	92	6.0	92	93	2	933	24	25	18	31	1.98
207829--208067	52	4.6	51	79	8	216	24	26	15	32	1.96
207373--208018	43	13.7	48	78	12	483	25	25	18	31	1.98
207877--208067	55	3.7	51	81	6	163	25	27	15	32	1.95
208736--208790	13	3.8	13	75	25	56	34	12	18	34	1.89
208716--208816	32	3.1	32	94	1	166	35	9	17	36	1.83
208714--208811	19	5.8	18	68	28	72	34	10	17	37	1.83
208887--209015	52	2.5	52	96	0	231	36	18	17	27	1.93
215889--215927	12	3.0	13	85	11	53	82	15	2	0	0.79
215889--215927	13	3.1	13	85	7	53	82	15	2	0	0.79
216166--216207	16	2.6	17	77	11	52	83	7	9	0	0.81
217249--217589	34	10.5	34	83	10	399	20	35	12	31	1.89
217248--217589	67	5.3	66	85	9	411	20	35	11	31	1.89
217248--217589	164	2.1	160	85	6	449	20	35	11	31	1.89
217575--217671	33	2.9	33	92	1	158	28	31	18	20	1.96
217676--217820	49	3.1	48	80	11	183	26	24	17	31	1.97
217722--217810	43	2.1	43	91	0	142	25	25	19	29	1.98
220336--220463	52	2.5	52	93	0	220	27	17	18	35	1.94
220336--220483	52	2.8	52	89	2	190	29	17	18	34	1.94
220472--220496	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
220513--220581	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
220537--220561	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220965--221032	21	3.2	20	66	25	50	26	26	16	30	1.96
220859--221176	92	3.4	92	92	1	537	24	25	19	30	1.98
220859--221222	43	7.7	49	80	11	395	24	25	18	30	1.98
221176--221307	52	2.5	51	76	7	129	26	25	12	36	1.91
221176--221318	55	2.7	52	75	8	135	26	24	13	35	1.92
221967--222067	32	3.1	32	91	1	157	34	11	17	35	1.87
222083--222230	51	2.9	51	89	7	196	34	16	18	30	1.93
222104--222230	52	2.5	51	96	2	229	35	17	18	28	1.94
226843--227036	106	1.8	105	87	1	289	37	11	11	39	1.79
227166--227219	22	2.7	20	86	13	76	62	5	0	31	1.18
227191--227220	12	2.5	12	94	0	51	66	3	0	30	1.07
227974--228020	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
228366--228392	6	4.5	6	100	0	54	62	0	0	37	0.95
234080--234116	19	1.9	19	88	0	56	75	2	2	18	1.04
234079--234120	13	3.2	13	80	10	50	73	2	2	21	1.06
238740--238860	60	2.0	60	96	0	224	45	12	9	32	1.75
238931--238961	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
238931--238988	24	2.7	21	80	17	66	1	18	0	79	0.82
240353--240669	158	2.0	160	85	4	437	31	14	26	27	1.95
240384--240669	79	3.6	80	85	3	391	30	15	26	26	1.96
240622--240725	27	3.7	29	79	8	117	28	18	30	22	1.97
240708--240840	52	2.6	52	87	0	203	30	12	25	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243170--243195	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243149--243215	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
243239--243290	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
243247--243309	19	3.7	18	74	24	64	36	17	11	34	1.85
243239--243311	32	2.3	32	95	0	128	35	17	10	35	1.85
245622--245773	77	2.0	77	98	0	295	31	7	13	46	1.72
251886--251927	7	6.0	7	97	0	75	0	2	14	83	0.75
251904--251954	27	2.0	25	84	7	66	1	1	15	80	0.89
252625--252832	79	2.6	79	83	2	274	28	16	29	25	1.97
252815--252880	27	2.4	27	79	5	69	33	13	30	22	1.93
252787--252888	29	3.7	27	76	9	82	29	17	29	23	1.97
252871--253003	52	2.6	52	90	2	214	30	9	27	33	1.89
255336--255361	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
255315--255381	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
255413--255498	19	4.7	19	72	20	76	37	16	11	34	1.85
255405--255478	32	2.3	32	95	0	130	35	17	10	36	1.85
258614--258653	14	2.8	15	78	21	50	62	2	0	35	1.09
258925--258980	14	4.0	14	74	6	51	50	1	3	44	1.29
267106--267143	18	2.1	18	90	0	58	55	10	10	23	1.65
272307--272500	106	1.8	105	88	1	298	36	11	12	39	1.79
272636--272689	22	2.7	20	86	13	76	62	5	0	31	1.18
272661--272690	12	2.5	12	94	0	51	66	3	0	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276009--276243	117	2.0	117	96	0	434	47	11	8	31	1.71
277166--277203	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
279623--279669	6	7.7	6	77	13	51	76	2	2	19	0.99
279623--279672	13	4.0	13	78	17	61	76	2	2	20	0.99
283838--284031	106	1.8	105	84	1	262	38	10	11	40	1.75
284115--284171	2	28.5	2	85	7	71	45	3	1	49	1.29
284197--284247	14	3.5	14	75	24	52	62	1	0	35	1.06
284538--284607	36	1.9	36	88	0	104	35	18	10	35	1.84
284649--284690	20	2.0	20	86	4	57	54	7	7	30	1.54
284678--284739	14	4.4	14	77	6	54	51	0	3	45	1.17
284954--285008	6	9.7	6	78	7	53	60	1	1	36	1.18
285927--285953	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
287661--287697	18	2.1	18	89	0	56	56	10	8	24	1.60
300095--300159	18	3.4	18	74	16	51	64	3	0	32	1.09
300109--300159	20	2.6	18	82	17	66	62	3	0	33	1.13
305834--305869	10	3.8	9	89	10	54	75	2	0	22	0.94
314446--314499	18	2.8	20	78	15	60	37	12	7	42	1.72
314750--314786	18	2.1	18	89	0	56	32	8	18	40	1.80
317465--317498	17	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
320795--320988	106	1.8	105	85	1	271	37	10	12	39	1.78
320794--321015	106	2.1	105	78	2	230	37	10	11	40	1.76
321068--321097	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321586--321640	20	2.5	22	85	11	78	54	0	5	40	1.23
321618--321680	20	3.0	20	78	14	65	42	1	6	49	1.37
322682--322723	10	4.3	10	78	6	50	45	2	2	50	1.27
324483--324508	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
324461--324528	33	2.1	32	94	2	118	32	13	17	36	1.89
324561--324613	20	2.7	20	87	0	70	32	13	13	41	1.82
326389--326426	18	2.1	18	90	0	58	57	10	7	23	1.58
333593--333638	20	2.2	20	84	7	56	63	4	0	32	1.14
334842--335057	34	6.4	34	88	1	292	24	7	27	40	1.83
334842--335059	67	3.2	67	88	1	319	24	7	27	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16