genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1626527--1626631	29	3.6	30	75	18	87	34	29	17	19	1.94
1626697--1626943	130	1.9	127	83	9	320	25	25	18	29	1.98
1626648--1627129	178	2.7	178	91	0	741	25	25	18	30	1.98
1626647--1627129	87	5.4	91	82	5	597	25	25	18	30	1.98
1626822--1627129	48	6.8	47	73	13	229	25	24	20	30	1.98
1628081--1628147	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1628101--1628125	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1628188--1628212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1628201--1628340	52	2.7	53	87	2	169	34	20	16	29	1.94
1635503--1635587	30	2.8	31	85	3	118	24	24	17	32	1.97
1635551--1636031	34	14.4	34	83	9	469	19	33	12	33	1.90
1635563--1635963	195	2.0	200	85	7	552	20	35	11	32	1.89
1636035--1636270	33	7.2	33	88	7	329	28	35	17	18	1.94
1636033--1636270	67	3.6	67	89	5	360	28	35	17	18	1.93
1636270--1636755	49	9.8	49	85	6	581	26	26	16	31	1.97
1636385--1636452	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
1636270--1636696	199	2.2	192	90	2	665	25	26	17	30	1.97
1637621--1637678	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
1637717--1637741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1637750--1637869	52	2.3	52	95	0	213	35	19	17	28	1.94
1641075--1641190	32	3.6	32	95	0	196	33	14	16	35	1.89
1641089--1641183	19	5.7	18	67	27	66	33	13	16	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1641236--1641260	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1642565--1642682	51	2.3	52	86	4	159	35	14	22	27	1.93
1642614--1643122	79	6.4	79	92	0	829	33	15	25	26	1.95
1644366--1644432	35	1.9	35	96	0	125	17	32	5	43	1.74
1644341--1644512	27	6.1	27	86	12	240	16	31	6	45	1.74
1644525--1644861	172	2.0	172	93	1	577	35	17	12	34	1.87
1657280--1657364	8	10.8	8	76	9	59	83	9	2	4	0.87
1657279--1657364	20	4.3	19	76	10	82	83	9	2	4	0.87
1658617--1659094	28	16.7	28	78	6	424	30	29	16	24	1.96
1659828--1659926	51	1.9	51	93	0	171	25	19	12	43	1.85
1659890--1659944	20	2.8	20	100	0	110	30	14	10	43	1.80
1659839--1659974	71	1.9	71	90	0	218	26	17	12	43	1.85
1663185--1663374	56	3.4	55	70	11	172	24	17	25	32	1.97
1665844--1666033	56	3.4	55	70	11	172	24	17	25	32	1.97
1674435--1674757	154	2.1	153	84	2	416	27	15	16	40	1.89
1677760--1677990	41	5.7	41	69	9	150	17	25	16	39	1.91
1677756--1678184	82	5.2	82	74	8	279	18	25	14	41	1.89
1678046--1678207	41	4.0	41	74	8	134	20	27	9	41	1.84
1678300--1678527	67	3.4	66	77	4	217	20	22	11	45	1.83
1678887--1679156	146	1.9	147	80	10	322	34	10	6	48	1.63
1679258--1679313	24	2.3	25	78	9	62	25	1	3	69	1.14
1681311--1681383	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681311--1681405	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
1681444--1681469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1682902--1682954	22	2.3	22	84	12	63	22	1	18	56	1.51
1686319--1686386	21	3.4	21	76	15	63	38	1	0	60	1.06
1686744--1686788	6	7.3	6	82	5	54	46	4	0	48	1.22
1686837--1686877	6	6.7	6	91	2	64	39	0	0	60	0.96
1686837--1686892	25	2.2	24	81	6	58	41	1	0	57	1.09
1690801--1690832	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1693055--1693135	27	3.1	25	73	15	74	43	1	1	54	1.16
1693182--1693211	14	2.1	14	93	0	51	43	10	0	46	1.37
1693447--1693477	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
1693737--1693776	21	2.0	21	86	13	59	45	2	5	47	1.38
1694040--1694097	17	3.4	16	81	9	62	74	6	3	15	1.17
1694533--1694782	123	2.0	123	92	0	410	45	5	10	38	1.62
1696470--1696513	20	2.2	20	100	0	88	20	18	18	43	1.89
1697359--1697415	21	2.7	21	75	0	60	26	5	1	66	1.22
1701214--1701247	16	2.1	16	88	0	50	44	5	0	50	1.26
1702785--1702813	14	2.1	14	100	0	58	44	20	13	20	1.85
1705712--1705741	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
1706742--1706772	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1713914--1714015	2	55.5	2	71	16	60	48	0	0	51	1.00
1713900--1713966	26	2.6	27	83	11	86	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1722425--1722469	23	2.0	23	83	16	58	37	20	11	31	1.87
1722872--1722940	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
1722897--1722924	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
1722969--1723022	19	2.8	19	82	2	63	38	20	11	29	1.87
1725514--1725553	13	3.1	13	96	0	71	40	12	15	32	1.84
1729361--1729394	9	3.8	9	92	0	59	29	23	0	47	1.52
1731007--1731079	20	3.7	19	87	7	85	38	17	15	28	1.90
1731368--1731467	32	3.2	31	84	2	101	22	21	29	28	1.99
1731392--1731465	31	2.4	31	88	2	103	20	22	29	27	1.98
1731456--1731932	28	17.1	28	82	6	463	23	17	29	29	1.97
1745012--1745043	10	3.1	10	91	8	55	56	3	0	40	1.15
1746876--1747021	50	2.9	51	89	2	222	44	11	16	27	1.82
1747609--1747635	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
1749280--1749448	50	3.6	49	71	19	151	30	12	12	44	1.79
1749332--1749406	20	3.8	20	78	0	87	32	10	13	44	1.78
1756672--1756697	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1758042--1758083	21	2.0	21	100	0	84	47	14	19	19	1.82
1761076--1762154	49	22.9	49	79	10	971	31	18	26	24	1.98
1761076--1761697	101	6.3	101	92	2	1005	32	18	26	22	1.97
1761026--1761653	52	12.4	52	83	6	767	32	18	26	22	1.97
1761628--1762149	87	6.0	89	85	6	630	29	19	25	26	1.98
1761849--1761919	22	3.3	22	69	25	69	33	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761841--1761909	21	3.2	21	70	25	72	31	17	24	26	1.97
1761332--1762149	217	3.6	220	82	9	811	30	18	25	24	1.98
1761125--1762149	265	3.7	266	84	8	945	31	18	25	24	1.98
1761939--1762149	92	2.3	91	94	0	368	29	19	25	25	1.98
1762199--1762347	33	4.5	33	88	1	210	36	12	31	18	1.89
1762199--1762347	66	2.3	66	92	0	244	36	12	31	18	1.89
1762319--1762452	28	4.8	28	83	4	155	27	14	32	25	1.95
1762319--1762451	56	2.4	55	84	12	191	27	15	32	24	1.95
1762432--1762514	31	2.7	31	88	3	114	24	16	32	26	1.96
1771145--1771183	13	2.9	13	88	3	51	28	10	15	46	1.78
1771193--1771714	28	18.5	28	81	5	514	30	28	17	23	1.97
1772485--1772559	20	3.8	20	85	0	96	34	13	10	41	1.79
1772442--1772609	91	1.9	90	84	1	228	32	16	11	39	1.84
1780050--1780077	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1783430--1783482	9	6.2	9	81	16	60	0	20	0	79	0.74
1783417--1783482	33	2.0	33	85	5	89	3	19	0	77	0.90
1783643--1783678	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
1786449--1786512	33	1.9	33	84	6	85	40	15	9	34	1.80
1786540--1786596	19	3.1	18	87	7	78	29	17	15	36	1.91
1786561--1786622	32	1.9	33	90	3	99	37	16	16	30	1.90
1787894--1787939	24	2.0	24	95	4	85	0	26	0	73	0.83
1788359--1789160	165	4.9	163	80	8	720	53	6	9	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1788374--1789150	166	4.7	163	81	8	776	53	6	9	30	1.58
1788378--1789160	332	2.4	328	81	7	865	54	6	9	30	1.57
1790090--1790139	27	2.0	26	84	11	68	38	2	2	58	1.21
1790512--1790586	20	3.8	20	80	0	87	33	12	12	42	1.79
1790512--1790589	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79
1794153--1794186	18	1.9	17	88	5	50	14	23	0	61	1.33
1796013--1796051	16	2.4	16	82	0	51	53	0	12	33	1.39
1800389--1800569	94	1.9	93	94	1	317	52	7	7	32	1.59
1800682--1800738	18	3.1	19	74	23	59	47	1	0	50	1.11
1800762--1800829	5	14.2	5	73	18	56	38	1	0	60	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16