genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1910641--1910676	11	3.3	11	92	7	56	91	8	0	0	0.41
1911638--1911748	31	3.7	31	89	9	176	27	28	18	25	1.98
1911638--1911813	90	1.9	91	80	3	203	25	28	16	29	1.97
1911820--1911871	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
1911728--1911970	61	3.9	61	78	12	219	23	32	13	30	1.93
1911757--1912133	33	11.7	33	78	12	294	20	34	13	31	1.92
1911977--1912036	27	2.2	27	90	0	93	16	38	16	28	1.91
1912001--1912158	70	2.3	71	82	5	198	19	35	12	32	1.89
1912140--1912352	33	6.5	32	85	7	270	27	35	17	19	1.94
1912140--1912344	99	2.1	99	88	4	306	27	35	17	19	1.94
1912345--1913048	49	14.7	49	83	5	888	24	25	18	31	1.98
1912734--1913057	43	7.1	43	77	13	299	24	24	18	32	1.97
1912701--1913057	92	3.9	91	93	1	597	23	25	19	32	1.97
1915810--1915835	12	2.2	12	100	0	52	34	30	7	26	1.85
1916032--1916133	28	3.7	27	80	5	114	25	30	16	27	1.97
1916032--1916792	32	25.2	28	74	11	238	23	28	12	34	1.92
1916027--1916133	27	3.8	28	80	3	117	25	29	15	28	1.96
1916016--1916189	27	6.0	28	72	12	95	24	29	14	32	1.94
1916112--1916777	32	21.8	32	72	12	289	23	28	12	35	1.91
1916016--1916784	91	8.5	91	77	8	583	23	28	12	35	1.92
1916270--1916364	36	2.6	36	86	6	122	20	29	11	38	1.87
1916360--1916526	60	2.8	60	87	2	219	23	27	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1916016--1916792	61	12.9	61	73	13	356	23	28	12	35	1.92
1916771--1917060	64	4.6	65	76	12	255	31	30	16	21	1.95
1916771--1917075	32	9.7	32	74	9	196	30	31	15	22	1.95
1917006--1917224	113	1.9	114	88	0	332	28	28	17	25	1.98
1917176--1917287	58	1.9	58	88	0	170	25	27	15	31	1.95
1917266--1917305	18	2.2	18	100	0	80	35	27	10	27	1.89
1917317--1917726	52	7.9	52	78	3	385	23	24	15	35	1.94
1917319--1917693	104	3.6	105	85	2	481	23	24	15	36	1.93
1921990--1922091	31	3.3	31	90	1	159	29	17	15	37	1.91
1923747--1923816	28	2.5	27	76	15	79	32	17	24	25	1.96
1923837--1923894	28	2.0	29	83	6	73	32	18	22	25	1.97
1923794--1924242	79	5.7	79	75	6	351	35	13	24	26	1.92
1923794--1924100	159	1.9	157	84	3	402	35	13	25	26	1.92
1924155--1924210	28	1.9	30	89	7	89	35	17	25	21	1.95
1926782--1926915	11	12.8	11	74	15	67	81	10	5	2	0.95
1926793--1926862	30	2.3	30	87	2	113	80	10	7	2	1.01
1926850--1926917	1	68.0	1	76	0	55	86	8	2	1	0.73
1926778--1926916	39	3.7	36	75	20	106	82	10	5	2	0.92
1926793--1926904	30	3.6	30	78	8	100	81	9	6	2	0.96
1928360--1928466	29	3.7	29	86	4	137	30	26	19	23	1.98
1928419--1928562	27	5.0	27	76	14	135	31	34	17	17	1.93
1928386--1928562	57	3.0	57	74	15	164	29	32	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928477--1928978	31	15.8	31	83	8	559	30	36	17	15	1.92
1928477--1928982	96	5.3	96	94	3	823	29	35	17	16	1.92
1928982--1929259	49	5.7	49	85	6	388	25	25	18	31	1.98
1929075--1929264	43	4.1	43	74	18	173	26	25	17	31	1.97
1929026--1929202	92	1.9	92	95	0	318	25	25	18	30	1.98
1929117--1929307	49	3.6	53	81	6	185	26	25	15	32	1.95
1930186--1930252	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1930206--1930230	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1930293--1930317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1930326--1930449	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
1933919--1933984	20	3.7	18	71	24	50	36	13	13	36	1.85
1945246--1945298	22	2.5	20	80	16	63	47	15	11	26	1.79
1948915--1948952	17	2.4	17	86	8	53	57	0	2	39	1.12
1949293--1949338	16	3.0	16	75	21	53	41	0	0	58	0.98
1949293--1949367	27	2.6	30	82	14	79	45	0	0	54	0.99
1949324--1949406	32	2.5	32	84	11	98	45	0	1	53	1.08
1949990--1950032	22	2.0	22	81	9	52	46	0	2	51	1.13
1950070--1950108	20	2.0	20	84	0	51	43	0	5	51	1.24
1952326--1952377	22	2.5	22	87	12	74	28	15	13	42	1.85
1957912--1958239	79	4.2	79	83	2	374	33	14	26	25	1.94
1958177--1958290	50	2.3	51	86	6	160	37	9	21	30	1.86
1958099--1958368	129	2.1	130	88	4	411	35	12	24	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958036--1958434	208	1.9	208	92	1	665	36	13	24	26	1.92
1957979--1958527	287	1.9	288	87	2	818	35	13	24	25	1.93
1957880--1958606	366	2.0	368	83	3	939	35	13	24	26	1.93
1958671--1958743	28	2.6	29	89	6	114	24	20	32	21	1.97
1958592--1958794	107	1.9	107	89	2	318	32	15	26	25	1.95
1958727--1958846	51	2.4	51	88	2	179	34	14	24	27	1.94
1958229--1959048	79	10.4	79	79	7	860	34	14	25	25	1.94
1960268--1960349	41	2.0	41	97	0	155	15	21	10	51	1.75
1960961--1961064	42	2.5	41	80	10	113	44	10	27	17	1.82
1961200--1961576	61	6.3	60	81	9	443	26	20	27	25	1.99
1961202--1961556	182	2.0	182	86	6	506	27	20	27	24	1.99
1961201--1961550	121	2.9	121	92	1	567	27	20	26	25	1.99
1961492--1961676	94	2.0	94	89	6	286	24	18	31	25	1.97
1961595--1962022	55	7.4	56	80	10	465	23	19	29	27	1.98
1961595--1961992	170	2.3	171	91	2	631	23	19	29	27	1.98
1962964--1963015	21	2.5	21	80	0	59	1	7	9	80	0.97
1975384--1975746	158	2.3	157	80	5	376	32	14	26	26	1.94
1975414--1975747	79	4.2	79	78	4	325	31	15	27	25	1.96
1975678--1975797	51	2.4	51	92	2	197	32	13	25	29	1.93
1975600--1975873	130	2.1	130	90	2	426	33	12	26	26	1.93
1975729--1976217	79	6.2	78	84	5	646	33	14	25	26	1.95
1975520--1975953	209	2.1	209	89	1	665	32	14	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1975729--1976217	233	2.1	236	90	4	776	33	14	25	26	1.95
1976171--1976244	28	2.6	28	95	0	130	21	24	35	18	1.96
1976092--1976324	107	2.2	107	94	0	403	30	17	27	24	1.97
1976039--1976399	186	1.9	186	87	3	530	32	15	26	25	1.95
1976202--1976418	79	2.7	78	89	1	317	32	14	25	26	1.95
1977644--1977725	41	2.0	41	100	0	164	14	21	12	51	1.75
1979642--1980091	58	7.8	57	80	4	336	45	15	13	25	1.82
1979669--1980018	58	6.1	57	81	5	355	45	16	12	26	1.82
1979923--1980009	29	3.0	28	69	22	72	49	13	8	28	1.71
1979926--1980155	58	3.9	58	80	7	200	48	13	13	24	1.79
1980870--1980905	12	2.8	13	87	8	56	2	22	2	72	1.11
1981448--1981484	15	2.4	15	90	4	56	54	2	27	16	1.56
1983332--1983476	69	2.1	69	82	0	182	12	19	34	33	1.89
1983384--1983434	26	2.0	26	84	0	66	15	15	33	35	1.90
1983440--1983538	47	2.1	47	92	0	162	13	18	39	29	1.88
1986962--1987082	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1986962--1987102	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1987091--1987115	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1987181--1987205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1987159--1987225	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1988116--1988774	49	13.6	49	86	7	796	32	17	25	24	1.97
1988115--1988774	92	6.9	92	89	4	870	32	17	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988841--1989795	34	28.9	34	77	15	904	33	12	32	20	1.91
1988846--1989795	62	14.4	69	88	7	946	33	12	32	20	1.91
1989087--1989140	27	2.0	27	88	0	81	22	16	35	25	1.95
1989711--1989828	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
1991054--1991086	6	5.8	6	93	6	52	0	0	9	90	0.44
1998038--1998158	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1998038--1998178	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1998167--1998191	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1998257--1998281	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1998235--1998301	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16