genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  14  of  16  ( 1858 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999025--1999064	20	2.0	20	85	5	53	22	7	0	70	1.12
1999532--2000626	42	26.1	42	83	2	1083	37	17	30	15	1.90
2008811--2008855	22	2.0	23	82	4	56	44	2	20	33	1.63
2010477--2010505	14	2.1	14	100	0	58	6	27	13	51	1.66
2011180--2011246	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
2013540--2013564	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2016763--2016829	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2017558--2017598	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
2019572--2019610	21	1.9	20	89	5	60	35	15	15	33	1.89
2019751--2019778	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2019731--2019796	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
2024153--2024203	22	2.3	22	89	0	75	15	21	27	35	1.94
2024225--2024282	21	2.7	23	76	13	68	18	22	27	31	1.97
2024210--2024278	22	3.2	22	72	12	70	17	21	30	30	1.96
2024201--2024509	90	3.4	90	88	0	447	15	22	33	28	1.95
2024201--2024531	47	7.3	47	75	9	294	16	22	33	27	1.95
2024253--2024531	137	2.0	135	82	8	332	15	21	34	27	1.94
2024210--2024469	43	5.9	43	74	7	205	15	22	32	29	1.95
2024448--2024546	47	2.1	46	83	7	119	15	21	37	26	1.92
2024666--2024727	18	3.4	18	82	8	65	6	35	17	40	1.76
2025290--2025331	9	4.6	9	96	3	75	19	0	0	80	0.70
2025320--2025371	22	2.3	22	83	6	68	25	3	1	69	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026616--2026664	25	2.0	25	92	8	82	34	16	8	40	1.78
2027061--2027107	14	3.3	14	75	16	51	48	4	2	44	1.34
2027035--2027088	16	3.5	16	70	17	51	48	3	0	48	1.19
2027034--2027112	29	2.7	29	90	2	113	48	3	1	46	1.28
2027049--2027095	16	3.2	15	74	17	53	48	2	0	48	1.13
2027267--2027353	32	2.7	32	83	0	102	29	20	13	35	1.92
2027378--2027452	37	2.1	35	82	9	89	48	0	4	48	1.20
2027735--2027804	29	2.4	30	87	2	97	40	1	7	51	1.38
2032541--2032590	2	25.0	2	87	0	73	48	6	0	46	1.27
2039499--2039533	18	2.0	18	88	5	54	60	2	20	17	1.49
2042024--2042558	267	2.0	267	98	0	1025	28	19	19	32	1.96
2044724--2044775	27	1.9	27	84	7	70	53	0	0	46	1.00
2044936--2044991	27	2.1	27	83	6	69	39	0	0	60	0.97
2045030--2045129	25	4.1	25	76	13	84	41	1	1	57	1.12
2045030--2045124	48	2.0	47	82	10	113	40	1	1	57	1.12
2049700--2049818	58	2.1	58	86	0	166	33	16	15	33	1.91
2050207--2050294	42	2.1	42	86	0	122	37	10	14	37	1.81
2053325--2053378	20	2.7	20	83	11	67	35	16	12	35	1.87
2053405--2053460	19	2.8	20	79	12	71	35	14	14	35	1.86
2053449--2053473	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
2054089--2054127	13	2.9	14	84	3	53	61	7	2	28	1.37
2055772--2056048	151	1.8	152	98	0	538	40	19	16	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057429--2058292	442	2.0	442	94	0	1505	30	16	12	40	1.85
2061625--2061690	15	4.2	16	70	16	57	54	31	1	12	1.46
2062001--2062040	19	2.2	18	91	8	64	65	10	5	20	1.42
2062901--2062947	13	3.5	14	77	11	53	2	19	2	76	0.99
2068923--2068985	27	2.3	27	94	5	110	31	22	22	23	1.98
2072225--2072409	35	5.4	35	89	3	295	44	5	30	18	1.74
2072219--2072409	68	2.8	67	92	4	303	46	5	29	18	1.72
2073621--2073968	79	4.4	79	92	0	543	27	24	14	33	1.94
2074870--2074895	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2074957--2075029	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2074934--2075029	41	2.3	42	94	3	167	29	17	12	40	1.86
2075635--2075680	16	2.8	16	93	6	74	30	39	0	30	1.57
2077486--2077524	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2079556--2079586	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2082917--2082942	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2083004--2083076	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2082981--2083076	41	2.3	42	94	3	167	29	17	12	40	1.86
2089383--2089667	55	5.0	54	83	10	347	27	27	20	24	1.99
2089350--2089672	60	5.5	59	82	10	375	26	28	19	25	1.99
2089580--2089764	100	1.9	100	88	2	282	24	29	19	27	1.98
2089709--2089818	54	2.0	55	89	5	170	27	26	20	25	1.99
2089740--2090220	108	4.8	94	77	15	402	27	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089711--2090578	202	4.3	202	81	9	1057	26	29	20	24	1.99
2089834--2090020	54	3.4	54	88	2	277	27	27	21	22	1.99
2089888--2090167	148	1.9	147	89	2	436	27	28	20	23	1.99
2089834--2090424	256	2.3	256	94	0	1013	26	28	20	23	1.99
2090036--2090276	54	4.4	54	94	1	394	27	28	21	21	1.99
2090292--2090424	54	2.4	54	90	3	196	27	29	22	21	1.99
2090144--2090732	148	3.9	148	90	5	903	26	29	19	23	1.98
2090346--2090524	100	1.8	94	84	9	243	25	31	19	24	1.98
2090469--2090578	54	2.0	55	91	5	179	28	28	20	23	1.99
2090500--2090671	93	1.8	94	90	6	278	27	30	19	22	1.98
2090599--2090916	61	5.3	61	85	7	388	26	25	21	27	1.99
2090899--2091031	42	3.2	41	74	14	130	19	27	13	39	1.89
2091650--2091835	35	5.4	35	89	1	295	45	5	30	18	1.73
2091644--2091835	69	2.8	68	92	3	305	46	5	29	18	1.71
2093049--2093485	79	5.5	79	89	2	673	27	24	14	34	1.94
2095468--2095509	21	2.0	21	95	0	75	42	16	7	33	1.75
2097553--2097603	11	4.5	11	82	4	66	76	1	0	21	0.88
2098960--2099571	109	5.6	107	78	4	494	34	13	16	35	1.88
2099888--2100469	156	3.7	154	83	3	675	38	19	16	25	1.92
2100655--2100694	21	1.9	21	90	10	64	50	10	22	17	1.76
2101417--2101467	20	2.5	20	87	6	68	39	19	9	31	1.84
2104074--2104113	13	3.1	13	88	0	53	45	10	12	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110243--2110296	20	2.7	20	85	0	72	38	12	11	37	1.79
2112235--2112274	17	2.4	16	91	4	62	0	27	0	72	0.85
2112677--2112749	29	2.4	32	75	13	82	6	16	16	60	1.56
2112731--2112784	23	2.4	21	76	11	54	7	18	16	57	1.62
2113526--2113882	164	2.2	164	78	10	372	49	8	9	31	1.66
2115106--2116096	84	11.8	84	69	5	460	44	13	24	18	1.85
2115106--2115567	252	1.8	252	80	3	563	45	14	22	16	1.85
2115301--2116160	168	5.1	166	83	3	940	44	11	24	18	1.84
2115301--2116155	336	2.5	334	82	3	1045	44	11	24	18	1.83
2116206--2116550	41	8.4	41	69	14	217	35	15	30	19	1.92
2116219--2116448	125	1.8	125	91	0	379	35	14	29	20	1.92
2116332--2116612	84	3.4	83	85	5	365	33	14	31	20	1.92
2117096--2117442	78	4.4	78	80	5	342	28	14	27	29	1.95
2119059--2119124	28	2.4	27	85	7	87	46	21	15	16	1.83
2119435--2119634	55	3.7	54	73	9	174	28	19	14	38	1.90
2119443--2119686	107	2.3	107	82	2	276	28	20	13	37	1.91
2119386--2119697	52	5.9	53	73	5	200	27	21	13	37	1.90
2119423--2119697	107	2.6	107	80	3	268	28	21	13	37	1.91
2120333--2120386	20	2.6	21	82	2	65	42	11	14	31	1.81
2128606--2128664	18	3.2	19	83	7	68	69	3	16	10	1.30
2130636--2130694	18	3.2	19	83	7	68	69	3	16	10	1.30
2131895--2132909	30	32.5	30	73	13	507	23	30	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131913--2132684	65	12.3	63	74	14	510	23	30	14	30	1.94
2131915--2132909	95	10.6	92	75	9	582	23	30	14	31	1.94
2132332--2132779	94	4.7	94	76	6	386	25	29	13	31	1.93
2131950--2132886	219	4.3	216	77	10	651	23	30	14	31	1.94
2132328--2132782	189	2.4	188	84	4	549	25	29	13	31	1.94
2132939--2133019	35	2.3	35	91	0	135	23	32	11	33	1.90
2133062--2133140	27	2.9	27	87	7	99	25	32	15	26	1.95
2132849--2133171	172	1.9	172	94	0	565	22	34	13	28	1.93
2133109--2133176	35	1.9	35	91	5	111	22	36	11	29	1.89
2133093--2133374	60	4.6	59	72	14	167	22	31	13	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16