genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133273--2133331	26	2.3	26	88	5	84	22	27	13	37	1.91
2133249--2133390	60	2.4	59	83	9	173	22	31	11	33	1.91
2133347--2133402	27	2.1	27	90	6	89	26	33	12	26	1.92
2133276--2133514	86	2.9	84	84	6	292	25	29	12	32	1.93
2133499--2133664	32	5.3	31	83	4	199	30	33	16	19	1.94
2133669--2134268	52	11.8	51	71	11	301	24	22	15	36	1.93
2133669--2134060	104	3.8	104	83	3	495	24	21	16	37	1.93
2133669--2134060	207	1.9	207	87	2	572	24	21	16	37	1.93
2133938--2134206	144	1.9	143	80	7	321	25	24	15	35	1.94
2134214--2134332	62	1.9	62	82	0	148	25	26	12	36	1.91
2135138--2135193	20	2.7	20	80	8	67	32	16	8	42	1.79
2142363--2142401	17	2.4	16	82	4	51	58	0	12	28	1.34
2144585--2144618	13	2.8	12	91	8	52	50	11	0	38	1.39
2145216--2145279	13	4.9	13	76	10	60	40	0	6	53	1.26
2145393--2145423	16	1.9	16	93	0	53	48	3	6	41	1.45
2145551--2145585	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
2148185--2148242	26	2.2	26	81	6	64	37	0	0	62	0.96
2148331--2148383	16	3.6	16	75	17	60	50	1	0	47	1.12
2148278--2148357	36	2.2	37	84	6	101	53	0	1	45	1.08
2148821--2148863	9	4.7	9	80	5	50	37	0	0	62	0.95
2148812--2148861	19	2.7	19	79	14	59	36	0	0	64	0.94
2149006--2149060	19	2.9	18	81	7	65	47	12	0	40	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149342--2149383	19	2.3	19	80	16	52	40	16	0	42	1.48
2149476--2149513	19	2.0	19	85	10	51	44	7	0	47	1.32
2149826--2149867	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2149867--2149923	2	28.5	2	100	0	114	50	0	49	0	1.00
2150591--2150621	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
2150902--2150963	15	4.6	14	71	20	51	8	19	0	72	1.09
2150884--2150952	19	3.7	18	78	19	63	5	18	0	75	1.00
2150913--2150962	26	1.9	26	88	8	75	8	20	0	72	1.10
2151189--2151230	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
2151449--2151539	21	4.5	20	82	8	69	40	7	17	34	1.78
2151492--2151534	21	2.0	21	100	0	86	37	9	18	34	1.83
2151591--2151720	52	2.5	52	81	1	163	26	13	12	47	1.77
2152906--2153116	104	2.0	105	95	0	379	37	17	16	28	1.92
2154541--2154645	50	2.1	50	90	0	165	24	14	16	44	1.84
2154541--2154675	50	2.7	50	84	2	146	25	15	14	43	1.85
2157035--2157314	79	3.6	78	79	7	264	27	21	14	36	1.93
2163190--2163236	20	2.3	20	96	0	85	36	19	8	36	1.82
2163241--2163270	13	2.3	13	100	0	60	30	13	16	40	1.87
2163923--2163972	20	2.4	21	86	6	75	26	36	2	36	1.68
2165700--2165739	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49
2165871--2165907	13	2.8	13	83	0	56	45	13	8	32	1.73
2166626--2166693	33	2.1	32	86	2	91	33	19	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171603--2171670	20	3.8	20	72	25	78	36	16	11	35	1.85
2171600--2171686	13	7.6	13	70	27	81	36	16	12	34	1.86
2171600--2171702	33	3.1	33	94	2	172	36	17	12	33	1.88
2179190--2179238	7	6.9	7	84	15	57	85	2	10	2	0.76
2179187--2179243	8	7.2	8	81	13	57	85	1	10	1	0.73
2179190--2179239	15	3.4	15	81	8	59	86	2	10	2	0.75
2180204--2180709	61	8.3	61	81	5	533	27	26	16	30	1.96
2180204--2180663	180	2.5	181	84	4	493	27	26	16	29	1.97
2180701--2180968	42	6.3	42	82	3	297	22	26	11	39	1.88
2180701--2180968	127	2.1	127	82	5	310	22	26	11	39	1.88
2180701--2180971	41	6.4	42	80	5	296	22	26	11	39	1.88
2180940--2181072	35	3.7	35	80	9	126	21	23	12	43	1.85
2183984--2184391	79	5.2	78	76	4	338	28	22	12	36	1.90
2183984--2184391	157	2.6	157	78	5	419	28	22	12	36	1.90
2186434--2186490	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
2187641--2187715	13	6.2	13	66	20	54	28	13	14	44	1.83
2187664--2187704	20	2.0	20	95	0	73	21	14	17	46	1.84
2190070--2190357	130	2.2	130	79	4	294	29	20	10	39	1.85
2202600--2202652	8	6.5	8	85	12	54	84	7	5	1	0.82
2202600--2202652	17	3.2	16	84	10	63	84	7	5	1	0.82
2203626--2203949	100	3.2	101	88	2	476	25	28	16	29	1.97
2203946--2204443	62	8.1	61	85	5	605	24	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203946--2204444	185	2.7	182	84	6	637	24	28	18	28	1.98
2203948--2204444	123	4.0	123	84	4	619	24	27	18	28	1.98
2204440--2204621	45	4.1	44	73	7	145	19	24	10	45	1.82
2204409--2204655	87	2.9	87	77	5	213	22	23	11	41	1.87
2204445--2204763	41	7.6	40	69	12	140	22	23	11	41	1.87
2204409--2204765	83	4.3	84	75	9	261	22	23	12	41	1.88
2205368--2205406	20	2.0	20	94	0	69	28	15	10	46	1.78
2209969--2210011	13	3.6	12	82	17	54	65	2	2	30	1.18
2209963--2210014	21	2.5	20	81	9	59	65	1	1	30	1.14
2209963--2210017	20	2.7	19	78	15	56	63	1	1	32	1.15
2215857--2215887	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2215835--2215903	33	2.1	33	83	5	86	37	18	10	33	1.85
2216533--2216584	22	2.4	22	93	0	86	25	34	3	36	1.74
2225052--2225218	51	3.3	51	81	5	194	33	11	25	29	1.91
2225203--2225279	28	2.7	29	79	18	90	31	18	27	23	1.97
2225314--2225386	28	2.6	28	93	0	128	21	19	32	26	1.97
2227721--2227750	13	2.3	13	94	0	51	43	10	16	30	1.81
2227698--2227772	33	2.3	33	88	0	114	42	13	17	26	1.86
2227682--2227761	20	4.4	19	69	23	55	38	13	18	28	1.89
2227803--2227845	13	3.3	13	96	0	77	39	11	16	32	1.84
2228558--2228745	42	4.5	42	73	15	149	42	13	23	20	1.88
2228708--2228974	61	4.6	59	82	9	295	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228708--2228974	116	2.3	116	84	10	334	28	20	25	25	1.99
2228898--2229157	94	2.8	94	92	0	430	25	20	28	26	1.99
2228831--2229288	243	1.9	243	93	0	792	26	19	28	25	1.99
2228992--2229288	149	2.0	149	89	0	450	25	19	28	26	1.99
2229084--2229215	55	2.4	55	90	0	219	23	20	25	30	1.99
2240630--2240664	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
2242771--2242939	51	3.3	50	81	5	160	31	11	26	30	1.91
2243038--2243108	28	2.5	30	80	13	87	29	19	26	23	1.98
2245059--2245135	20	3.8	20	87	3	102	41	11	16	29	1.84
2245166--2245195	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2246071--2246163	19	4.8	19	90	1	141	38	13	15	32	1.86
2246095--2246194	38	2.9	32	84	13	94	43	15	14	28	1.85
2248970--2248995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2253059--2253089	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2255168--2255193	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2255314--2255359	21	2.2	20	81	11	58	32	17	6	43	1.75
2257624--2257679	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2257738--2257763	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2259128--2259154	14	1.9	14	100	0	54	0	18	7	74	1.05
2261423--2261459	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2262311--2262374	17	4.1	17	75	22	77	45	3	4	46	1.39
2264386--2264429	21	2.0	22	95	4	81	56	11	9	22	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264780--2264839	17	3.2	20	77	22	67	1	15	3	80	0.93
2266146--2266208	32	2.0	32	83	0	81	36	4	14	44	1.66
2266460--2266533	32	2.3	32	88	0	112	44	8	9	37	1.67
2266933--2267005	24	3.2	24	66	15	73	41	1	10	46	1.48
2266908--2267015	44	2.5	44	89	3	157	45	0	9	44	1.42
2269472--2269505	16	2.1	16	94	0	59	38	35	14	11	1.83
2269794--2269832	15	2.6	16	76	16	55	69	0	0	30	0.89
2269845--2269906	18	3.3	18	66	6	52	32	0	1	66	1.02
2269837--2269910	38	1.9	38	94	5	132	33	1	1	63	1.11
2270519--2270549	3	10.3	3	92	0	53	0	32	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16