genome.fa.s31.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2401195

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718265--718310	20	2.4	19	85	10	58	23	13	8	54	1.66
724450--724524	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
724447--724524	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
725042--726048	86	11.7	86	89	3	1485	22	17	32	28	1.96
725051--726050	29	34.9	29	90	3	1476	21	17	32	28	1.96
727287--727339	1	53.0	1	80	0	52	0	1	9	88	0.58
727264--727300	10	3.9	10	93	6	60	8	10	5	75	1.17
727288--727336	25	2.0	25	91	0	80	0	2	10	87	0.62
727294--727341	23	2.0	23	88	8	69	0	0	14	85	0.60
727287--727340	11	4.6	11	84	13	72	0	1	11	87	0.63
762495--762522	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
762477--762542	33	2.0	33	88	5	98	39	13	15	31	1.86
763165--763239	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
763165--763242	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
764157--764212	22	2.5	23	85	5	87	16	12	10	60	1.58
777280--777333	8	6.6	8	91	4	90	88	9	0	1	0.58
777280--777352	8	8.3	9	82	15	75	86	8	2	2	0.76
777280--777342	17	3.8	16	89	6	90	88	7	1	1	0.63
777280--777342	1	63.0	1	77	0	63	88	7	1	1	0.63
778575--779368	32	26.2	32	88	5	824	30	33	17	19	1.94
779896--779970	20	3.8	20	80	0	78	36	13	10	40	1.79
780881--780937	23	2.5	23	100	0	114	17	10	8	63	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780889--780944	23	2.6	21	86	8	51	19	8	8	62	1.51
783537--783821	52	5.5	52	79	7	188	31	16	25	25	1.96
783580--783833	52	4.9	51	83	4	224	33	15	25	25	1.95
783679--783928	49	5.0	49	82	6	308	32	17	25	24	1.96
783634--783928	101	2.9	101	86	5	386	32	16	25	25	1.96
783946--784068	28	4.3	29	84	7	153	17	17	32	33	1.93
784082--784277	27	6.7	28	81	7	121	30	14	31	23	1.95
784082--784183	27	3.7	27	89	2	141	28	14	31	25	1.95
783986--784190	28	7.1	28	80	12	157	27	14	31	26	1.95
784157--784350	34	6.0	34	78	12	167	34	14	30	21	1.93
784132--784373	94	2.6	95	81	4	265	30	14	30	23	1.95
784286--784402	30	3.9	30	83	5	146	30	17	29	23	1.97
785683--785717	16	2.2	16	90	5	54	0	0	14	85	0.59
794413--794461	15	3.3	14	82	5	53	34	4	4	57	1.37
797699--797750	23	2.3	22	83	9	61	44	7	1	46	1.43
799328--799525	59	3.4	59	88	2	285	50	4	1	44	1.30
799336--799470	30	4.6	29	69	17	91	48	4	1	45	1.31
799417--799512	32	3.1	33	65	28	77	46	2	3	47	1.29
799595--799628	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
799893--799941	19	2.6	19	83	6	64	44	0	2	53	1.12
801675--801716	3	14.3	3	95	5	77	69	0	0	30	0.89
803134--803207	36	2.1	36	85	10	98	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804521--804572	18	2.8	19	75	16	56	51	1	0	46	1.12
806463--806490	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
806507--806587	23	4.3	18	71	28	55	40	1	1	56	1.15
806507--806572	32	2.1	32	85	5	89	42	1	1	54	1.18
806534--806587	23	2.5	20	77	19	56	37	1	1	59	1.19
807018--807079	24	2.7	23	74	18	65	54	0	0	45	0.99
807018--807091	24	3.1	24	72	14	64	55	0	0	44	0.99
814767--814815	3	16.7	3	93	4	82	30	0	2	67	1.02
815248--815309	26	2.5	24	81	7	70	56	0	0	43	0.99
815683--815740	24	2.4	23	72	18	55	51	0	5	43	1.24
815772--815821	25	2.0	25	88	4	73	42	2	2	54	1.23
816170--816211	12	3.5	12	77	9	50	59	0	4	35	1.19
816170--816220	24	2.1	24	82	7	59	62	0	3	33	1.13
817050--817162	59	1.9	59	88	1	172	58	6	1	33	1.33
817951--817998	6	8.0	6	80	15	55	64	2	0	33	1.05
817951--817993	17	2.4	18	84	3	61	62	2	0	34	1.08
818077--818135	19	3.0	20	85	7	75	71	0	0	28	0.87
818075--818138	13	4.8	13	77	9	67	68	0	0	31	0.90
819016--819128	38	3.0	38	79	8	106	66	3	2	27	1.21
819078--819133	26	2.3	25	84	9	71	66	0	1	32	1.03
819281--819325	23	2.0	23	90	0	72	71	2	0	26	0.98
819896--819920	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820377--820441	14	4.8	13	79	18	62	70	1	3	24	1.10
820359--820447	45	2.0	46	90	2	144	65	1	7	25	1.27
820459--820542	15	5.8	16	71	19	58	63	1	0	35	1.03
820459--820542	23	3.8	23	75	18	72	63	1	0	35	1.03
821573--821613	18	2.3	18	88	12	59	73	0	0	26	0.84
821575--821614	6	6.7	6	88	0	53	77	0	0	22	0.77
824368--824828	234	2.0	232	89	2	710	34	20	15	29	1.94
830569--830599	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
830571--830605	16	2.1	17	89	5	54	0	17	0	82	0.66
830589--830639	24	2.1	24	82	7	59	9	27	0	62	1.26
833532--833580	19	2.6	19	80	3	55	36	6	0	57	1.24
838360--838420	31	2.0	31	90	6	97	57	0	0	42	0.98
840950--841022	27	2.7	27	78	2	83	47	16	9	26	1.77
845085--845125	18	2.3	18	87	8	57	58	7	0	34	1.26
846114--846674	107	5.3	105	82	5	603	36	14	9	39	1.78
846120--846673	213	2.6	209	79	7	578	36	14	9	39	1.77
847799--847865	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
847819--847843	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
847906--847930	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
847939--848068	52	2.5	52	93	3	219	33	18	16	31	1.94
852592--852626	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
852830--852867	15	2.5	15	87	8	51	44	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853272--853495	108	2.1	108	79	3	236	36	12	12	38	1.81
855349--855406	15	3.7	15	74	17	64	22	15	8	53	1.69
855338--855404	32	2.1	32	97	0	125	20	14	8	55	1.67
856203--856258	20	2.7	21	81	10	62	37	12	19	30	1.89
857268--857307	21	2.0	21	95	5	73	20	22	17	40	1.92
863567--863621	24	2.3	25	75	15	62	56	0	1	41	1.10
865326--865520	108	1.8	108	82	2	257	35	12	10	41	1.77
865431--865629	103	1.9	103	84	8	262	37	11	10	40	1.76
865751--866347	107	5.6	106	83	7	653	37	14	9	38	1.79
865751--866347	213	2.8	214	83	5	714	37	14	9	38	1.79
868759--868814	17	3.2	17	76	16	53	64	0	1	33	1.04
876900--876961	32	1.9	32	96	0	115	22	16	6	54	1.64
877758--877811	20	2.6	21	85	2	65	42	11	14	31	1.81
877855--877934	42	1.9	42	86	0	115	38	12	10	38	1.77
877856--877934	20	3.8	20	80	11	88	37	12	10	39	1.77
884259--884297	19	2.2	17	86	9	51	51	17	2	28	1.59
886498--886525	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
886905--887131	108	2.2	103	82	5	258	37	12	10	39	1.77
887007--887208	103	2.0	103	82	9	252	38	12	10	38	1.77
887330--887980	107	6.1	105	83	6	670	37	14	9	38	1.78
887330--887980	213	3.1	211	82	4	711	37	14	9	38	1.78
888231--888302	31	2.3	31	97	0	135	36	18	12	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892101--892251	75	2.0	75	97	0	284	43	8	13	33	1.75
899219--899273	28	2.0	28	81	0	65	41	0	1	56	1.10
900345--900393	20	2.4	20	82	3	62	36	10	18	34	1.85
901908--901959	20	2.5	21	81	12	63	38	9	19	32	1.84
902574--902598	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
902661--902685	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
902694--902874	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
907013--907039	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
916733--916890	1	158.0	1	77	0	109	85	8	3	2	0.80
916731--916891	34	4.9	34	80	14	160	83	9	4	2	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16