genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1822960

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593949--1593976	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
1598375--1598450	32	2.4	32	97	0	143	26	19	21	32	1.97
1598456--1598483	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1598538--1598598	19	3.6	18	70	25	60	37	16	11	34	1.85
1598555--1598611	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
1598528--1598613	32	2.7	32	90	0	145	38	16	11	33	1.85
1603460--1603485	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
1604063--1604090	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
1605115--1605165	21	2.4	22	84	12	63	54	9	0	35	1.33
1609280--1609376	49	2.0	49	89	0	149	45	26	10	17	1.80
1610110--1610134	12	2.1	12	100	0	50	48	0	24	28	1.52
1612312--1612365	27	2.0	27	85	0	72	50	16	14	18	1.79
1613951--1613998	16	3.0	16	84	0	51	54	2	2	41	1.24
1614398--1615785	464	3.0	464	99	0	2733	28	20	20	31	1.97
1617472--1617681	50	4.2	50	84	2	269	36	20	15	27	1.93
1623201--1623258	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
1623215--1623277	19	3.6	19	74	24	75	36	17	12	33	1.88
1623202--1623279	32	2.4	32	95	0	138	34	16	14	34	1.89
1625620--1625828	50	4.2	50	88	1	287	32	20	18	29	1.96
1627474--1627508	18	1.9	18	88	0	52	34	11	2	51	1.53
1629298--1629344	19	2.5	20	75	10	53	48	0	2	48	1.13
1629859--1629902	19	2.3	19	96	0	79	27	9	20	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1630757--1630798	8	5.2	8	83	16	52	0	7	4	88	0.64
1637935--1638059	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
1637935--1638079	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
1638155--1638179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1638598--1638726	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
1642758--1642795	20	2.0	20	89	5	60	36	13	10	39	1.79
1642924--1642976	20	2.7	20	85	2	63	37	13	15	33	1.86
1642965--1642989	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
1645470--1645532	29	2.2	29	83	8	76	47	19	6	26	1.73
1647734--1647812	13	7.1	13	68	28	58	37	17	13	30	1.89
1647712--1647786	33	2.3	33	86	6	109	38	17	10	33	1.84
1647747--1647801	20	2.8	20	91	2	85	36	18	14	30	1.91
1647712--1647831	52	2.3	53	84	8	156	39	18	12	30	1.87
1648901--1648941	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1648977--1649050	20	3.8	20	74	15	66	43	16	13	27	1.85
1649020--1649156	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
1649180--1649210	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
1649198--1649252	21	2.5	22	94	5	103	27	25	10	36	1.89
1649310--1649361	13	4.0	13	94	0	95	30	15	17	36	1.91
1650489--1650551	19	3.7	17	76	24	62	33	14	15	36	1.88
1650456--1650556	32	3.1	32	91	1	157	34	13	15	35	1.88
1650594--1650619	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1650605--1650732	52	2.5	53	94	2	233	35	18	17	27	1.94
1664455--1664512	24	2.4	24	97	0	107	36	24	18	20	1.95
1664594--1664642	16	3.1	15	77	16	55	81	12	4	2	0.91
1666065--1666148	28	2.9	29	78	7	82	28	33	16	21	1.95
1666059--1666146	29	3.1	27	78	10	79	28	35	15	20	1.94
1666121--1666348	28	6.8	38	65	26	113	24	28	13	33	1.93
1666094--1666294	65	3.1	65	96	0	368	27	29	13	29	1.94
1666246--1666348	36	3.0	35	80	5	129	19	30	12	37	1.89
1666246--1666348	33	3.0	34	82	4	127	19	30	12	37	1.89
1666316--1666397	27	2.9	28	87	7	96	24	30	18	26	1.98
1666336--1666443	28	3.8	28	79	7	112	30	30	17	21	1.96
1666326--1666443	29	4.2	27	80	10	96	30	32	16	21	1.95
1666563--1666746	49	3.7	49	85	4	244	23	27	19	29	1.98
1666552--1666741	98	1.9	100	88	4	287	24	26	19	29	1.98
1667622--1667718	19	5.8	18	72	27	97	32	12	16	38	1.86
1667624--1667723	32	3.1	32	98	0	191	34	12	17	37	1.86
1667643--1667699	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
1667761--1667785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1667674--1667858	86	2.2	84	80	11	207	34	17	15	32	1.91
1667774--1667919	52	2.8	52	91	4	233	34	19	17	28	1.95
1682073--1682140	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1682094--1682118	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1682075--1682137	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1682180--1682205	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1682160--1682226	33	2.0	33	91	0	107	25	14	17	41	1.88
1684567--1684956	53	7.4	51	72	14	274	29	26	12	31	1.92
1684677--1684748	27	2.6	27	86	2	90	23	33	20	22	1.97
1684939--1685013	28	2.7	28	85	8	91	24	33	18	24	1.97
1684565--1685066	265	1.9	263	90	2	792	28	26	13	31	1.94
1686213--1686266	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
1686294--1686351	19	3.1	18	85	11	80	31	17	17	34	1.93
1686335--1686361	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1686316--1686380	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
1689085--1689138	22	2.4	24	78	12	69	11	25	1	61	1.40
1690444--1690498	23	2.3	24	78	9	60	60	0	0	40	0.97
1690468--1690512	13	3.4	14	80	17	51	55	0	0	44	0.99
1691912--1692065	73	2.1	75	80	4	170	39	8	4	47	1.54
1692544--1692575	16	2.1	16	88	11	50	62	0	3	34	1.11
1692909--1692993	29	2.9	31	79	11	99	65	2	3	28	1.21
1693007--1693059	20	2.5	21	82	17	74	49	0	0	50	1.00
1694421--1694460	16	2.6	16	84	4	55	55	12	0	32	1.38
1695261--1695454	84	2.3	85	80	7	216	47	2	11	37	1.54
1695947--1696013	28	2.4	27	79	13	75	61	5	1	31	1.29
1696097--1696121	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696096--1696158	18	3.4	18	77	16	67	74	4	1	19	1.08
1696055--1696161	52	2.1	51	81	10	119	68	6	0	24	1.19
1698872--1698921	6	8.3	6	93	0	73	20	2	52	26	1.57
1699080--1699145	10	6.3	10	72	20	55	63	1	0	34	1.04
1699063--1699145	34	2.5	34	76	7	91	65	1	0	33	1.01
1699071--1699142	23	3.2	23	78	7	85	65	1	0	33	1.02
1699383--1699417	18	2.0	18	88	5	54	42	0	0	57	0.99
1699598--1699665	25	2.8	24	83	12	79	39	0	0	60	0.97
1699614--1699654	13	3.2	13	80	13	50	46	0	0	53	1.00
1699593--1699643	13	4.2	12	75	12	50	37	0	0	62	0.95
1699856--1699906	23	2.2	24	85	3	68	54	0	0	45	0.99
1700324--1700398	3	24.7	3	79	2	78	0	33	1	65	1.01
1700324--1700398	27	2.7	27	93	2	123	0	33	1	65	1.01
1705614--1705654	19	2.2	19	91	4	66	80	2	17	0	0.82
1706003--1706048	8	5.6	8	89	5	74	21	13	13	52	1.73
1706566--1706633	34	2.0	34	100	0	136	41	8	17	32	1.80
1710844--1710886	21	2.0	21	90	0	68	25	16	23	34	1.95
1710924--1710975	20	2.5	20	84	3	68	40	9	15	34	1.80
1713315--1713380	13	5.5	13	77	20	81	33	13	16	36	1.88
1713299--1713378	33	2.4	33	91	4	126	32	13	17	36	1.89
1719285--1719324	21	1.9	21	84	0	53	20	0	25	55	1.44
1719499--1719538	13	3.1	13	96	0	71	30	12	15	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721422--1721477	22	2.5	22	76	0	58	41	7	30	21	1.80
1722018--1722068	20	2.6	20	96	3	95	39	19	15	25	1.91
1723721--1724110	156	2.5	154	80	5	378	39	20	14	25	1.91
1723634--1724139	156	3.2	156	76	8	352	39	19	14	25	1.90
1725740--1725806	11	6.5	11	80	19	74	0	20	0	79	0.74
1725740--1725806	13	5.2	13	78	10	75	0	20	0	79	0.74
1725740--1725780	18	2.2	19	86	4	57	0	17	0	82	0.66
1725748--1725804	24	2.4	23	88	2	78	0	21	0	78	0.74
1725740--1725805	8	7.7	9	72	19	52	0	21	0	78	0.75
1727565--1727613	17	2.9	16	76	11	53	77	4	2	16	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12