genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1822960

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1065--1111	21	2.3	20	76	23	53	42	4	19	34	1.70
1232--1257	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3338--3368	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
5168--5212	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
7434--7459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9815--9861	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
9982--10007	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12087--12117	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
13921--13965	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
16187--16212	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19355--19504	58	2.6	57	82	7	167	26	11	14	48	1.76
20518--20556	18	2.2	18	90	0	60	46	0	15	38	1.46
27396--27422	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
28165--28293	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
28302--28326	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28371--28422	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
28379--28473	19	5.7	18	68	27	75	36	16	11	34	1.85
28371--28473	32	3.2	32	94	0	179	36	17	11	33	1.86
29186--29409	52	4.4	52	80	5	262	33	16	26	23	1.96
29186--29408	101	2.2	101	90	0	365	33	17	26	23	1.96
39257--39370	42	2.7	42	90	1	174	42	2	46	8	1.49
47438--47479	20	2.1	20	90	0	66	35	4	30	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50235--50410	79	2.2	79	81	5	205	34	13	24	27	1.92
50395--50566	79	2.2	79	85	2	229	33	12	26	27	1.93
50499--50619	51	2.4	50	82	6	136	38	10	24	26	1.88
50425--50696	130	2.1	130	82	2	323	37	11	23	28	1.89
50577--50761	79	2.3	79	80	4	203	40	11	20	27	1.87
65369--65472	28	3.7	27	79	16	122	85	9	0	3	0.76
65372--65472	18	5.4	18	81	9	114	86	9	0	2	0.73
65372--65472	9	10.7	9	79	18	100	86	9	0	2	0.73
65372--65472	47	2.1	47	84	10	127	86	9	0	2	0.73
65372--65463	1	92.0	1	73	0	76	86	8	1	3	0.71
66780--67178	49	8.6	43	73	13	230	25	26	18	29	1.98
66858--67024	89	1.9	87	90	4	264	25	26	18	28	1.98
66958--67273	52	6.3	49	78	5	265	25	25	17	32	1.97
66944--67273	101	3.3	99	77	7	290	25	25	16	32	1.97
72319--72371	26	2.0	26	92	0	88	33	3	22	39	1.72
73056--73171	51	2.3	50	80	4	135	25	16	16	41	1.89
75496--76223	78	9.3	77	79	8	621	29	23	12	34	1.92
75513--76223	157	4.5	156	78	6	717	29	22	12	35	1.91
75513--76181	235	2.8	233	83	4	808	29	22	12	35	1.91
75485--76230	313	2.4	312	84	5	925	29	23	12	34	1.92
77300--77356	20	2.8	20	89	10	80	42	12	15	29	1.84
77970--78106	72	1.9	73	87	1	204	36	13	26	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78157--78338	58	3.1	59	81	2	168	31	15	24	29	1.95
91785--91961	79	2.2	80	85	4	234	35	15	24	25	1.94
91915--91969	28	2.0	28	88	0	83	41	23	16	18	1.89
91841--92068	106	2.1	106	84	4	289	35	17	21	24	1.95
91943--92452	78	6.6	79	78	5	432	37	13	21	26	1.91
92025--92244	72	3.0	73	76	14	234	36	16	22	24	1.94
94895--94951	20	2.8	20	81	5	69	45	8	12	33	1.72
96725--97142	165	2.5	164	82	5	466	29	10	9	50	1.68
104763--104804	16	2.7	15	82	13	50	80	16	0	2	0.81
104761--104799	12	3.1	13	86	13	55	79	15	0	5	0.90
106164--106282	33	3.6	32	76	7	114	26	31	19	22	1.98
106289--106440	58	2.6	58	88	1	223	27	22	14	35	1.93
106402--106910	52	9.6	53	77	6	408	25	22	15	36	1.94
106404--106867	107	4.4	107	84	1	553	26	21	16	35	1.94
106449--106859	214	1.9	212	88	3	621	26	21	15	36	1.93
111915--111942	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
111988--112089	32	3.2	32	88	5	161	35	16	11	36	1.86
112875--113146	101	2.7	100	82	2	305	32	17	25	23	1.97
112910--113149	52	4.8	51	80	5	229	31	17	26	25	1.97
112962--113303	48	7.4	48	74	14	279	29	17	25	26	1.98
113111--113270	39	3.9	39	75	13	158	26	19	26	27	1.99
113063--113704	87	7.0	87	78	15	511	30	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113227--113378	76	2.0	76	97	0	286	26	17	26	29	1.97
113312--113707	49	7.9	49	76	9	350	31	15	25	26	1.96
113312--113675	102	3.6	102	90	4	560	31	15	25	26	1.96
113704--113793	32	2.8	32	86	1	117	34	13	32	20	1.91
115260--115333	22	3.3	22	80	14	80	1	6	6	85	0.81
115243--115333	26	3.6	26	82	5	100	1	5	8	84	0.81
115243--115333	1	91.0	1	68	0	56	1	5	8	84	0.81
126065--126146	19	4.6	19	79	17	104	35	19	12	32	1.89
126084--126146	32	2.0	32	96	0	117	36	19	11	33	1.87
126103--126127	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
128556--129641	155	7.0	151	77	9	781	40	19	13	25	1.89
128559--129594	307	3.3	308	80	7	1035	41	20	13	25	1.88
128671--129638	157	6.2	155	80	6	948	40	19	13	25	1.89
131438--131791	151	2.3	150	82	6	403	52	10	5	31	1.59
134906--134942	17	2.1	19	90	10	60	43	0	2	54	1.14
137167--137200	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
154169--154209	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
154249--154319	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
154289--154425	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
154390--154438	19	2.6	19	96	0	89	44	14	10	30	1.78
154462--154500	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
154970--155036	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154966--155047	34	2.3	36	80	12	100	31	9	25	32	1.88
155817--155858	22	1.9	22	85	0	57	38	4	33	23	1.76
155824--155879	22	2.5	22	88	0	76	41	3	33	21	1.70
156403--156475	20	3.7	19	85	7	76	28	13	17	39	1.88
156505--156542	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
156525--156550	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
156504--156572	33	2.1	33	86	10	97	33	11	17	37	1.86
164297--164353	27	2.2	26	78	15	64	24	3	3	68	1.21
164965--165026	25	2.6	25	84	5	74	32	0	1	66	1.02
166025--166081	22	2.5	23	80	13	64	54	0	10	35	1.35
166135--166186	25	2.0	26	85	7	70	57	0	0	42	0.98
174434--174503	30	2.4	30	80	4	81	38	5	21	34	1.77
179298--179357	15	3.8	15	69	18	50	46	0	0	53	1.00
179261--179357	51	2.0	50	84	13	130	47	0	1	51	1.07
179412--179458	17	3.0	17	73	20	57	51	0	0	48	1.00
180486--180518	8	4.2	8	88	7	50	87	0	12	0	0.53
182542--182616	32	2.3	33	83	6	98	54	0	1	44	1.08
182583--182631	17	2.8	18	77	22	59	53	0	0	46	1.00
182564--182618	17	3.4	17	75	25	64	56	0	0	43	0.99
182982--183031	25	2.0	25	84	7	66	48	2	0	50	1.12
190932--191010	20	3.7	21	75	15	72	29	15	15	40	1.87
193529--193554	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196185--196243	21	2.9	20	77	7	66	40	10	8	40	1.69
196306--196333	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
199188--199212	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
201032--201087	26	2.2	26	96	0	103	19	21	12	46	1.83
203398--203425	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
205279--206213	470	2.0	470	98	0	1789	30	21	18	30	1.97
209132--209161	6	5.0	6	91	0	51	16	80	0	3	0.85
211096--211324	79	2.9	78	81	4	246	33	14	26	26	1.94
211106--211306	78	2.5	79	81	5	237	34	13	24	26	1.93
214458--214723	41	6.4	41	74	13	206	41	14	23	19	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12