genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1822960

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214698--215257	61	9.4	60	83	7	571	26	19	26	27	1.99
214697--215257	182	3.2	181	82	7	638	26	19	27	27	1.99
214698--215257	121	4.8	117	81	8	620	26	19	26	27	1.99
214833--215261	55	7.4	54	81	8	374	26	19	27	27	1.99
216337--216397	13	4.8	12	82	8	50	3	0	11	85	0.72
216340--216394	8	6.9	8	82	14	69	1	0	12	85	0.68
216338--216396	21	2.8	21	87	7	84	1	0	11	86	0.65
220895--220980	32	2.6	33	77	13	104	30	23	15	31	1.95
220895--220982	36	2.6	34	82	10	110	29	23	14	31	1.95
221453--221505	10	5.1	10	74	17	54	39	11	26	22	1.88
221441--221505	32	2.0	32	100	0	130	38	12	24	24	1.90
221533--221557	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
226987--227134	52	2.9	51	85	5	210	31	17	16	33	1.93
227212--227236	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
228067--228359	48	5.9	52	78	10	213	33	16	23	25	1.95
228174--228359	43	4.1	43	79	11	219	31	17	24	26	1.97
228120--228359	97	2.5	95	85	6	306	33	16	23	26	1.96
228407--228502	28	3.3	29	88	5	133	16	15	30	37	1.90
228476--228566	35	2.6	34	77	5	94	38	12	27	21	1.89
228545--228632	29	3.0	30	81	3	97	23	17	32	26	1.96
228545--228632	30	3.0	29	81	3	86	23	17	32	26	1.96
229728--229801	10	7.5	10	81	13	91	2	0	8	89	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229727--229811	11	7.8	11	81	9	79	2	0	10	87	0.64
229727--229809	39	2.1	39	89	8	125	2	0	9	87	0.62
229727--229801	1	75.0	1	78	0	78	2	0	8	89	0.58
229729--229799	9	7.9	9	84	9	92	2	0	8	88	0.60
229738--229811	19	3.9	19	81	10	80	2	0	10	86	0.67
248710--248884	79	2.2	79	81	5	210	34	12	24	28	1.92
251333--251466	50	2.7	50	89	1	198	41	16	15	26	1.88
252686--252975	80	3.6	79	78	6	296	35	8	23	32	1.85
252707--252994	81	3.6	81	79	7	291	34	8	23	32	1.86
255226--255663	166	2.6	167	80	7	439	28	13	8	49	1.71
256397--256442	10	4.3	10	81	13	56	82	0	17	0	0.67
256405--256442	11	3.5	11	88	0	58	81	0	18	0	0.69
256397--256442	12	4.0	12	81	15	53	82	0	17	0	0.67
256397--256442	22	2.1	22	91	0	74	82	0	17	0	0.67
257478--257503	11	2.4	11	100	0	52	73	7	0	19	1.07
260391--260511	20	5.8	20	71	14	100	30	16	11	41	1.84
263894--263936	22	1.9	23	85	4	61	37	9	4	48	1.56
267415--267462	7	6.9	7	79	9	53	79	2	14	4	0.98
267430--267482	16	3.4	15	75	15	54	81	5	9	3	0.98
271395--271422	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
271377--271581	32	6.4	32	78	11	120	35	15	14	34	1.88
271474--271583	13	6.8	17	66	29	64	37	17	11	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271466--271583	32	3.7	32	94	0	191	37	17	11	33	1.87
271619--271657	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
272339--273132	60	13.3	59	72	8	412	23	23	11	41	1.87
272704--272797	31	3.1	31	67	11	77	21	27	10	40	1.86
272335--273132	121	6.7	121	79	4	696	23	23	12	41	1.87
274304--274688	168	2.3	171	83	6	470	29	11	8	50	1.69
277265--277341	21	3.8	20	77	3	64	42	14	14	28	1.84
277282--277338	20	2.8	20	86	7	71	40	15	14	29	1.87
279474--279548	28	2.7	27	83	4	78	26	18	30	24	1.98
279531--279754	52	4.3	51	79	6	216	33	12	24	30	1.91
279531--279715	54	3.5	54	81	10	204	34	11	24	30	1.90
279739--279808	27	2.5	28	88	6	99	22	20	32	24	1.97
279536--279914	51	7.3	51	69	18	199	32	12	25	29	1.92
282247--282301	20	2.8	20	80	0	65	45	18	12	23	1.83
282321--282375	19	2.9	19	94	0	92	40	16	9	34	1.80
282411--282466	21	2.7	21	94	0	94	37	17	10	33	1.85
283231--284541	59	22.2	59	92	2	2086	26	21	27	24	1.99
283226--284541	297	4.5	295	91	2	2098	26	21	27	24	1.99
283231--284546	356	3.7	355	93	2	2215	26	21	27	24	1.99
289938--290002	33	2.0	33	87	0	94	41	16	12	29	1.85
296148--296184	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
298741--298805	33	2.0	33	87	0	94	41	16	12	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307648--307799	79	1.9	79	83	11	195	32	9	27	30	1.89
307789--308134	51	6.6	52	71	15	219	32	11	26	29	1.91
307940--308016	27	2.8	27	88	7	102	22	19	33	24	1.97
310481--310506	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
310545--310611	18	3.9	18	78	21	90	38	14	11	34	1.84
310566--310590	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
310548--310609	32	2.0	32	96	3	117	37	16	12	33	1.87
310647--310730	21	4.0	21	78	6	98	35	10	15	38	1.82
315828--316768	470	2.0	470	87	1	1375	28	22	21	27	1.99
317389--317462	37	1.9	38	81	5	87	74	6	14	4	1.18
318705--318764	31	1.9	31	82	0	75	23	25	15	36	1.93
318746--319039	29	9.8	29	72	13	204	25	31	11	30	1.92
318746--319029	87	3.2	88	83	7	306	25	31	11	31	1.92
318743--319058	87	3.5	91	82	7	285	25	31	11	32	1.90
318951--319087	62	2.3	59	84	5	175	24	27	9	37	1.87
319122--319701	32	18.1	32	77	8	520	30	30	16	21	1.96
319132--319701	97	5.9	97	84	5	678	30	30	16	21	1.96
319878--320268	52	7.2	52	69	14	214	25	23	13	38	1.91
319800--320120	165	1.9	166	86	3	459	24	23	13	38	1.91
319925--320306	113	3.4	113	81	3	419	26	24	12	36	1.90
321085--321133	20	2.4	21	83	13	66	36	10	20	32	1.86
321188--321242	20	2.7	21	86	11	78	29	12	10	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324543--324568	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
328074--328146	21	3.3	21	78	14	67	72	2	4	20	1.14
328077--328150	38	2.0	38	84	10	100	72	2	4	20	1.13
328699--329060	82	4.4	82	90	0	508	27	35	21	16	1.94
331429--331625	82	2.4	82	84	1	243	16	21	34	27	1.95
331570--331672	47	2.2	47	85	0	134	16	22	31	30	1.96
331488--331743	129	2.0	129	86	1	361	16	20	33	29	1.95
338917--338971	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
339881--339937	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
339864--339958	32	2.9	32	96	1	172	35	12	16	34	1.87
339859--339956	19	5.8	18	70	28	81	33	13	17	35	1.88
339999--340023	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
342235--342285	27	2.0	26	85	11	70	25	39	15	19	1.91
346977--347023	8	5.9	8	90	9	78	89	10	0	0	0.49
346976--347026	9	6.1	9	90	9	74	88	11	0	0	0.52
346977--347023	15	2.9	16	90	9	78	89	10	0	0	0.49
346976--347024	1	49.0	1	79	0	53	89	10	0	0	0.48
347273--347335	26	2.4	25	82	12	74	82	7	9	0	0.84
347273--347334	28	2.3	26	86	10	81	82	8	9	0	0.85
347273--347343	26	2.7	26	76	20	67	80	8	11	0	0.91
348154--348191	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
348290--348526	31	7.9	30	76	14	179	23	29	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348291--348526	30	7.9	30	74	17	204	23	28	16	30	1.97
348355--348400	23	2.0	23	87	8	67	30	32	19	17	1.95
348378--348533	32	4.9	32	80	10	162	21	30	16	31	1.96
348534--348829	34	8.8	34	81	4	305	20	32	12	34	1.90
348530--348907	68	5.7	67	77	10	325	20	32	12	34	1.90
348530--348862	102	3.3	100	82	5	368	19	32	12	35	1.90
348765--348829	31	2.1	30	83	8	78	21	30	12	35	1.90
348829--348882	27	2.0	27	85	7	74	22	29	14	33	1.94
348898--349122	33	6.9	33	88	6	352	28	36	18	16	1.93
348898--349122	97	2.3	97	92	4	382	28	36	18	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12