genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1822960

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824179--824471	162	1.8	159	89	6	457	25	27	18	28	1.98
824117--824517	222	1.8	222	90	2	653	25	26	19	28	1.98
824725--824824	34	3.1	34	63	26	90	23	24	18	35	1.96
824340--825043	185	3.8	182	82	3	826	25	25	18	29	1.98
825039--825157	45	2.6	45	89	2	177	21	28	10	40	1.85
825137--825192	28	2.0	28	85	0	76	23	21	16	39	1.92
825245--825338	41	2.2	41	86	3	125	22	21	8	47	1.77
825166--825343	83	2.1	88	79	7	197	22	23	10	43	1.83
827706--827962	79	3.2	77	80	7	300	26	24	15	33	1.95
829064--829119	19	2.9	19	89	5	85	37	16	14	32	1.88
831331--831357	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
835678--835727	20	2.5	20	93	0	82	28	16	12	44	1.83
835628--835778	69	2.2	69	86	3	205	26	15	14	43	1.85
838126--838200	28	2.8	26	80	11	80	25	30	17	26	1.97
838153--838484	79	4.2	78	79	5	321	27	26	15	30	1.96
838153--838484	158	2.1	158	81	6	377	27	26	15	30	1.96
850538--850612	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
850535--850612	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
851140--852410	32	41.2	32	92	3	1595	17	17	34	30	1.93
853643--853679	13	2.8	13	91	0	65	0	0	8	91	0.41
865613--865687	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
865610--865687	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867888--867920	5	6.8	5	86	6	50	81	15	3	0	0.80
867878--867929	15	3.6	14	80	12	52	84	11	3	0	0.74
867878--867947	20	3.6	18	77	14	59	82	8	8	0	0.83
869010--869350	61	5.7	61	89	4	471	24	29	19	26	1.99
869010--869349	124	2.8	121	88	4	492	24	29	19	26	1.99
869322--869724	37	10.3	38	71	11	251	17	28	12	41	1.86
869329--869412	36	2.3	36	85	8	116	16	33	16	33	1.92
869378--870027	41	15.9	42	70	14	261	19	26	11	42	1.86
869320--869807	158	3.1	159	90	2	784	17	27	12	42	1.85
869377--870024	83	7.9	82	72	13	412	19	25	11	42	1.86
869950--870046	41	2.4	39	75	18	92	17	32	10	39	1.84
870495--870601	20	4.8	20	75	20	106	25	15	15	42	1.87
870563--870612	13	4.3	13	72	27	58	28	16	14	42	1.86
873014--873087	28	2.6	28	89	0	112	22	32	18	25	1.97
873042--873375	79	4.2	77	76	10	278	26	25	15	33	1.95
879922--879949	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
879846--880050	101	2.0	101	98	0	392	38	6	10	44	1.65
880023--880066	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
880636--880691	18	2.9	18	80	15	58	41	0	1	57	1.09
881499--881564	28	2.3	28	84	2	87	46	1	0	51	1.10
881586--881628	21	2.0	22	90	4	70	53	2	0	44	1.13
881790--881832	19	2.4	17	80	7	50	44	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882033--882084	17	3.2	17	78	10	72	57	0	0	42	0.98
882033--882143	32	3.5	32	76	11	111	51	0	0	46	1.13
882184--882238	23	2.4	23	81	0	65	38	1	1	58	1.20
882207--882242	15	2.5	15	90	4	56	30	0	5	63	1.17
884158--884199	20	2.1	20	86	0	57	61	0	2	35	1.09
886212--886286	20	3.8	20	82	7	107	32	14	13	40	1.85
887208--887255	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
890563--890600	19	2.0	19	94	0	67	39	5	2	52	1.38
891196--891244	8	6.1	8	78	0	53	40	0	0	59	0.98
891197--891242	24	1.9	24	86	0	65	36	0	0	63	0.95
891696--891732	14	2.8	13	88	11	58	78	0	0	21	0.75
891702--891736	14	2.5	14	90	0	61	77	0	0	22	0.78
891955--891997	12	3.5	12	78	6	50	74	2	0	23	0.93
892958--893006	16	3.3	15	76	23	50	69	4	0	26	1.06
894612--894655	18	2.4	18	77	7	54	47	0	11	40	1.39
895217--895262	15	3.2	14	85	11	58	28	4	10	56	1.53
897846--897885	21	2.0	19	90	9	62	82	0	17	0	0.67
897853--897885	16	2.1	16	94	5	59	84	0	15	0	0.61
897892--897993	35	2.9	34	79	12	93	36	0	1	61	1.07
897912--899110	596	2.0	598	84	2	1590	32	6	8	53	1.55
899771--899824	9	5.7	9	85	10	63	81	0	0	18	0.69
899763--899834	25	2.9	25	83	4	92	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899919--899977	18	3.3	18	76	4	57	30	5	3	61	1.34
900286--900327	22	1.9	22	85	9	59	30	0	2	66	1.04
900301--900335	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
900129--900947	425	1.9	426	96	2	1535	39	7	7	45	1.60
900719--900758	19	2.0	20	90	4	64	35	0	0	65	0.93
901011--901050	19	2.2	18	86	4	53	37	0	0	62	0.95
901657--901701	15	3.1	15	75	12	58	42	0	2	55	1.12
903349--903386	20	2.0	20	89	5	60	0	31	0	68	0.90
904127--904190	19	3.7	19	76	23	86	32	12	18	35	1.89
904128--904203	32	2.4	32	100	0	152	34	13	18	34	1.89
904147--904211	13	4.5	13	79	20	76	33	13	18	33	1.90
904256--904280	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
904289--904417	52	2.5	52	93	0	213	35	18	17	27	1.94
907846--907883	20	1.9	20	100	0	76	26	15	13	44	1.83
908821--908887	33	2.0	33	88	5	100	29	16	29	23	1.96
911298--911363	30	2.2	30	100	0	132	40	6	13	39	1.69
916583--916610	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
916654--916711	20	3.0	20	82	5	73	31	17	13	37	1.89
916680--916744	33	2.0	33	87	3	96	40	15	12	32	1.84
917910--917975	24	2.7	24	76	9	62	74	1	24	0	0.91
917907--917975	25	2.6	27	78	19	83	72	1	26	0	0.93
917922--917975	24	2.2	26	90	6	85	74	0	25	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919333--919374	20	2.1	20	86	0	57	42	0	0	57	0.99
922997--923046	22	2.3	21	86	6	64	22	0	6	72	1.07
922997--923046	21	2.3	22	86	13	68	22	0	6	72	1.07
923893--923963	30	2.4	31	86	6	94	32	1	4	61	1.23
923912--923964	16	3.4	16	71	23	51	35	1	1	60	1.19
925440--925471	15	2.1	16	94	5	57	53	0	3	43	1.16
926089--926150	22	2.7	22	75	5	61	56	0	0	43	0.99
926237--926288	18	2.9	18	88	5	79	42	9	1	46	1.47
926229--926285	17	3.3	17	85	4	87	43	8	3	43	1.52
927602--927655	21	2.6	22	82	8	69	33	12	5	48	1.65
928891--929265	193	1.9	193	98	0	723	33	14	15	37	1.87
936176--936234	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
936514--936539	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
936494--936556	33	2.0	33	90	6	103	30	11	15	42	1.82
936494--936556	18	3.7	18	74	24	64	30	11	15	42	1.82
938889--938922	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
945656--945857	79	2.6	79	81	1	217	30	16	27	25	1.97
945809--945885	28	2.8	28	85	0	91	24	19	32	23	1.97
945868--946253	52	7.4	51	73	11	280	31	12	25	29	1.93
946072--946147	27	2.8	28	85	2	100	21	19	35	23	1.96
945758--946258	263	1.9	263	90	1	799	31	13	27	28	1.94
948601--948667	34	2.0	33	85	2	89	46	11	14	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948779--948833	21	2.7	20	94	2	92	34	20	10	34	1.87
948758--948834	21	3.8	20	84	5	91	32	16	14	36	1.89
951030--951167	52	2.7	51	85	2	170	37	11	16	34	1.85
959435--959798	163	2.2	168	80	7	431	29	11	6	51	1.64
962173--962229	20	2.8	20	83	2	78	43	12	8	35	1.73
977469--977699	103	2.3	103	80	3	252	35	12	24	28	1.91
979786--979837	20	2.5	21	90	3	79	32	15	11	40	1.83
983333--983362	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
988070--988109	16	2.5	16	87	0	53	32	0	12	55	1.38
988698--988722	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12