genome.fa.s312.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold312
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1822960

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  5  of  12  ( 1415 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637390--637465	33	2.3	33	90	4	118	40	14	14	30	1.86
639822--639928	20	4.8	20	73	20	88	25	12	16	45	1.82
639910--639939	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
642304--642886	79	7.4	79	77	7	470	28	23	12	35	1.91
642293--642801	157	3.2	155	82	5	567	29	22	12	36	1.90
642293--642801	158	3.2	158	82	3	596	29	22	12	36	1.90
642293--642886	158	3.8	157	79	5	545	28	23	12	35	1.91
644643--644685	21	2.1	20	82	4	50	34	11	20	32	1.89
647570--647599	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
650692--651169	44	11.0	43	74	5	300	39	16	22	21	1.92
650763--651095	87	3.8	85	75	8	289	39	15	22	21	1.92
650740--651169	130	3.3	130	82	6	473	40	16	22	21	1.92
651152--651263	47	2.4	47	86	1	143	38	16	24	21	1.93
651909--652134	88	2.6	87	78	5	206	43	15	20	20	1.87
653445--653470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
658462--658510	21	2.4	20	86	3	62	32	20	12	34	1.90
662050--662114	33	2.0	33	84	3	87	36	13	13	35	1.85
662997--663044	24	2.0	25	83	4	62	45	16	8	29	1.76
669869--669945	20	3.8	20	83	6	102	31	15	11	41	1.83
669797--669970	91	1.9	91	91	0	285	29	16	13	40	1.87
678657--678703	23	2.0	23	95	0	85	34	31	0	34	1.58
683933--684009	10	7.6	10	69	13	50	81	9	2	6	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685255--685651	28	13.8	28	81	5	402	31	29	17	21	1.96
685255--685651	84	4.6	84	82	5	454	31	29	17	21	1.96
686540--686577	20	1.9	20	94	0	67	28	15	13	42	1.85
686592--686668	20	3.8	20	84	0	100	32	11	12	42	1.80
686510--686648	71	2.0	71	85	2	190	29	15	14	41	1.86
686523--686716	91	2.1	91	91	1	309	29	14	14	41	1.85
692336--693024	155	4.4	154	77	5	638	38	18	17	25	1.92
692336--693024	310	2.2	306	82	4	824	38	18	17	25	1.92
693221--693676	149	2.9	154	85	7	591	39	8	12	39	1.74
695309--696034	160	4.5	162	80	9	801	53	6	10	29	1.60
695282--695899	326	1.9	323	86	5	881	53	6	10	29	1.61
695303--696034	161	4.6	159	79	9	744	53	6	10	29	1.60
699261--699323	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
699282--699306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
708464--708602	52	2.7	52	83	3	147	35	12	10	41	1.79
708485--708602	52	2.3	51	85	1	155	33	13	11	41	1.81
709475--709514	21	2.0	21	95	5	73	25	22	12	40	1.89
712224--712336	51	2.2	51	79	0	127	33	12	23	30	1.91
712273--712492	79	2.8	79	81	7	268	30	12	26	30	1.93
712426--712544	51	2.3	51	81	8	143	28	12	29	29	1.93
712528--712632	28	3.8	28	91	5	151	26	19	30	23	1.98
712399--712762	186	2.0	185	82	5	448	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712612--712731	51	2.3	50	78	5	132	33	14	23	29	1.94
715192--715221	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
715203--715259	20	2.8	20	83	0	87	47	12	12	28	1.77
716101--716158	29	2.0	29	89	0	89	43	15	10	31	1.80
720140--720165	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
721071--721095	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
721307--721356	21	2.3	22	86	10	68	50	16	6	28	1.68
723109--723146	18	2.2	18	95	4	69	2	15	0	81	0.80
723110--723144	13	2.6	14	86	9	54	2	17	0	80	0.84
724620--724667	15	3.2	14	80	11	51	81	2	14	2	0.88
724962--725340	58	6.6	56	75	6	305	29	12	12	45	1.79
725176--725320	28	5.1	27	68	20	66	30	11	13	44	1.79
726430--726455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
726410--726473	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
728989--729014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
732925--732969	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
735168--735231	32	2.0	33	87	3	94	25	14	21	39	1.91
736780--736832	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
736766--736832	33	2.0	33	85	5	91	34	13	17	34	1.89
738785--738827	21	2.1	21	87	12	63	53	4	13	27	1.60
743178--743218	21	1.9	22	90	5	66	39	4	34	21	1.75
743813--743839	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743823--743879	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
745209--745238	13	2.3	13	94	0	51	30	16	16	36	1.91
745197--745260	33	1.9	32	84	12	85	29	14	20	35	1.92
750212--750296	21	4.1	20	82	7	89	34	4	23	37	1.76
750211--750298	42	2.1	43	86	2	124	36	4	22	36	1.75
750679--750707	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
751928--751961	13	2.6	13	100	0	68	23	8	5	61	1.47
751928--751977	25	2.0	26	84	11	68	24	8	6	62	1.46
754485--754515	16	1.9	16	93	0	53	51	32	16	0	1.44
755546--755602	30	1.9	30	88	0	87	47	5	22	24	1.72
755546--755602	10	5.7	10	85	0	69	47	5	22	24	1.72
755609--755636	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
755678--755727	20	2.5	20	87	3	66	38	8	16	38	1.78
756455--756772	138	2.3	138	93	0	537	27	29	4	39	1.76
756754--756844	38	2.4	38	88	0	137	40	31	2	25	1.68
758958--759015	21	2.8	21	82	15	75	20	25	1	51	1.57
761137--761201	24	2.7	24	90	0	94	47	10	18	23	1.79
762439--762464	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
762511--762538	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
762491--762557	33	2.0	33	88	5	100	29	14	13	41	1.85
776401--776451	15	3.4	14	82	12	57	84	7	5	1	0.85
776416--776452	18	2.0	18	89	5	56	83	8	5	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776404--776451	25	1.9	25	82	0	60	83	8	6	2	0.88
777881--778398	28	18.4	28	78	8	473	32	29	17	19	1.95
777875--778398	56	9.3	56	85	3	642	32	30	17	20	1.95
777875--778398	225	2.3	226	87	2	743	32	30	17	20	1.95
779274--779333	19	3.5	19	70	25	69	31	13	18	36	1.89
779364--779415	20	2.7	20	88	8	72	28	15	13	42	1.85
779364--779415	19	2.7	19	88	8	70	28	15	13	42	1.85
780357--780397	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
780489--780514	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
787144--787186	20	2.1	20	86	4	59	16	41	30	11	1.83
788503--788556	28	1.9	28	100	0	108	33	3	11	51	1.55
789303--789328	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
793867--793970	20	4.7	20	73	21	82	25	15	15	44	1.85
793867--794021	70	2.2	70	92	0	265	25	16	15	42	1.87
793918--793970	20	2.7	20	93	0	97	26	13	15	45	1.82
796362--797060	78	8.9	78	82	5	732	29	23	12	33	1.92
796362--797060	157	4.5	155	82	7	781	29	23	12	33	1.92
796361--797060	235	3.0	235	83	4	847	29	23	12	34	1.92
796924--797184	139	1.9	139	80	6	314	30	24	9	35	1.87
806703--806738	18	2.0	18	100	0	72	50	22	16	11	1.77
807096--807160	19	3.8	18	72	27	61	30	12	16	40	1.86
807117--807141	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807098--807168	32	2.2	32	92	5	117	30	12	18	38	1.88
807192--807216	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
812175--812212	20	1.9	20	88	0	58	36	15	7	39	1.77
816501--816544	10	4.4	10	82	5	54	86	11	2	0	0.66
823024--823064	11	3.6	11	93	6	73	90	9	0	0	0.46
823024--823064	12	3.5	12	90	3	66	90	9	0	0	0.46
823024--823064	18	2.3	18	88	12	66	90	9	0	0	0.46
824077--824178	34	3.2	34	60	21	83	22	27	17	32	1.96
824048--824315	62	4.4	61	91	1	421	24	27	19	28	1.98
824332--825043	60	11.7	61	84	2	804	25	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12