genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41--164	46	2.7	46	82	7	162	21	32	8	37	1.85
323--431	42	2.6	41	81	8	121	18	13	11	55	1.68
363--1114	85	9.1	84	74	9	357	19	19	13	47	1.82
323--542	42	5.2	41	67	15	99	19	17	11	51	1.75
622--1273	85	7.9	85	75	10	422	19	21	13	46	1.84
696--838	43	3.3	43	71	4	126	17	18	13	51	1.77
645--840	43	4.6	43	66	9	112	19	19	12	48	1.80
871--1002	43	3.1	41	76	6	120	19	20	15	44	1.86
902--1065	42	3.9	42	73	13	129	21	21	12	44	1.85
707--1030	159	2.0	161	85	2	438	19	20	14	45	1.85
3029--3142	50	2.3	51	89	1	176	33	10	22	33	1.88
3153--3263	51	2.2	51	82	9	140	33	10	24	31	1.90
2978--3298	127	2.5	129	81	6	359	33	11	24	30	1.91
4171--4398	105	2.2	105	91	1	368	28	17	30	23	1.97
4322--5342	61	16.9	60	76	7	804	28	18	28	25	1.98
4322--5342	123	8.5	122	80	5	990	28	18	28	25	1.98
4627--4934	169	1.8	169	86	2	449	29	16	27	25	1.97
5981--6020	19	2.1	19	100	0	80	52	5	20	22	1.65
6375--6406	17	1.9	16	93	6	55	0	0	15	84	0.63
7905--8482	290	2.0	290	98	0	1120	26	21	17	33	1.96
12069--12120	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
12162--12214	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12202--12226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14920--14953	8	4.2	8	100	0	68	61	23	0	14	1.33
18593--18618	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22525--22569	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
32287--32383	51	1.9	51	95	0	176	38	12	21	27	1.89
32281--32394	51	2.2	50	89	4	174	35	10	24	29	1.89
32251--32608	130	2.8	129	84	2	457	32	12	25	29	1.92
32464--32667	79	2.6	79	80	4	216	33	10	25	30	1.90
35040--35136	42	2.3	42	98	1	187	39	17	16	26	1.91
35110--35139	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
35121--35177	20	2.8	20	92	7	98	45	14	15	24	1.83
36025--36153	43	2.9	43	73	10	125	41	12	25	20	1.87
36130--36358	105	2.2	105	88	4	363	29	17	30	22	1.97
36281--36673	62	6.4	61	82	6	447	27	19	27	24	1.99
36281--37121	123	7.0	124	77	9	810	28	18	27	24	1.98
36401--36958	292	1.9	292	89	1	868	28	19	27	24	1.98
36526--36832	169	1.8	169	90	2	492	28	17	28	24	1.98
36695--37121	61	6.9	61	82	5	470	28	18	26	25	1.98
38135--38172	15	2.6	15	87	4	51	0	2	13	84	0.73
38748--38806	20	3.0	20	80	9	68	37	13	11	37	1.82
38753--38808	19	2.8	20	82	10	71	37	12	14	35	1.84
44252--44303	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46503--46552	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
50194--50218	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50174--50239	32	2.0	33	88	2	98	33	12	15	39	1.84
50280--50304	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
50315--50430	52	2.2	52	90	0	187	36	18	15	29	1.92
57349--57380	11	2.9	11	100	0	64	90	9	0	0	0.45
58601--58933	32	9.9	32	81	11	185	21	33	12	31	1.91
58627--58976	37	10.5	34	80	12	288	21	34	12	32	1.90
58695--58976	70	4.2	70	82	11	333	20	35	12	31	1.90
58695--58933	104	2.3	103	87	5	347	20	34	12	33	1.89
58868--58955	31	3.1	27	83	13	106	21	38	14	25	1.92
59043--59316	43	6.1	43	81	9	341	25	24	17	31	1.97
58992--59369	92	4.1	92	93	1	612	25	25	16	32	1.97
59270--59423	52	2.9	53	80	6	186	24	23	15	36	1.94
59373--59499	67	1.9	68	85	4	177	24	24	12	38	1.90
60397--60421	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60410--60547	52	2.7	53	87	4	201	33	18	16	31	1.93
64531--64568	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
64689--64734	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
66163--66205	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
67117--67142	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67099--67162	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69002--69038	13	2.8	13	91	0	65	29	10	16	43	1.82
70136--70191	20	2.9	19	81	5	67	33	14	16	35	1.88
73222--73535	157	2.0	157	94	0	547	29	13	16	40	1.87
75178--75203	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75160--75223	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
77402--77451	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
79248--79278	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
81521--81566	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
83017--83059	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
83940--84001	32	1.9	33	90	3	99	41	12	14	30	1.83
89115--89187	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
89132--89208	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
89115--89208	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
89247--89272	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
93334--93364	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
95444--95481	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
97323--97418	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
97972--98044	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
97989--98065	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
97972--98065	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
98104--98129	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
99230--99267	13	2.9	13	92	0	58	36	7	15	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102780--102962	92	2.0	93	85	9	250	30	9	26	33	1.89
109429--109469	17	2.3	19	87	8	59	7	0	41	51	1.30
113986--114103	19	6.8	18	71	26	94	34	16	13	34	1.88
113979--114080	32	3.2	32	98	0	195	36	17	12	33	1.88
114005--114061	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
114236--114270	11	3.3	11	96	4	63	37	0	42	20	1.52
114713--116290	49	33.0	49	75	12	1241	32	17	25	24	1.97
114821--116272	184	7.6	201	84	7	1055	31	18	25	24	1.97
115515--115590	39	1.9	39	89	0	116	26	23	23	26	2.00
115459--116289	92	9.0	92	87	5	1182	31	18	24	25	1.98
115459--116289	275	3.0	274	89	4	1219	31	18	24	25	1.98
115078--115829	324	2.3	329	86	4	1034	31	18	24	24	1.97
115874--115942	21	3.2	21	65	25	54	28	17	27	26	1.97
115078--116289	459	2.6	455	83	7	1410	31	18	25	24	1.98
115972--116049	39	2.0	39	87	0	111	26	20	24	28	1.99
116355--116769	34	12.8	33	74	12	274	35	12	30	21	1.91
116355--116531	98	1.8	95	83	8	232	34	14	31	19	1.92
116387--116667	133	2.1	131	79	7	307	34	12	31	20	1.90
116380--116736	34	10.8	34	74	10	276	35	12	30	21	1.90
125056--125119	33	1.9	33	84	6	85	40	12	14	32	1.83
125152--125270	19	6.8	19	67	23	73	34	16	14	34	1.89
125145--125247	32	3.2	32	94	0	170	35	18	13	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125171--125228	13	4.0	13	76	23	62	34	15	13	36	1.87
125403--125427	11	2.3	11	100	0	50	36	0	44	20	1.52
125512--125559	25	1.9	25	100	0	96	33	4	29	33	1.77
130106--130404	142	2.1	141	82	6	354	45	8	10	35	1.69
130163--130696	147	3.7	139	77	12	372	42	9	11	36	1.74
130381--130696	147	2.1	149	89	1	483	42	10	12	34	1.76
130381--130696	148	2.1	147	87	3	463	42	10	12	34	1.76
131735--131790	20	2.8	20	83	2	69	35	16	16	32	1.90
131775--131830	13	4.8	13	69	24	52	35	14	19	30	1.91
131787--131853	20	3.7	20	74	25	85	41	14	16	26	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11