genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  10  of  11  ( 1288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568098--1568276	34	5.5	34	76	15	189	20	34	11	33	1.89
1568122--1568181	27	2.2	27	93	0	102	20	36	13	30	1.90
1568092--1568294	61	3.2	62	79	11	239	22	34	11	32	1.89
1568284--1568348	33	2.0	33	96	0	121	29	33	18	18	1.95
1568343--1569185	92	9.0	92	85	5	1030	24	25	17	31	1.97
1568507--1568575	21	3.2	20	67	25	52	26	27	17	28	1.97
1568343--1569083	183	4.0	184	89	2	1063	24	25	17	31	1.97
1568343--1569089	275	2.7	275	88	1	1098	24	25	17	31	1.97
1568549--1569185	149	4.5	143	79	10	630	24	25	18	31	1.97
1568903--1569183	47	5.6	51	78	11	251	23	25	17	33	1.96
1568371--1569229	43	18.3	47	73	14	157	24	25	18	31	1.97
1573969--1574035	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1574485--1574509	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1575255--1575280	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
1577372--1577536	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
1578749--1578800	19	2.7	20	84	6	70	38	17	13	30	1.88
1580848--1580880	16	2.1	16	88	5	50	54	3	9	33	1.47
1584951--1584989	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
1586829--1586917	39	2.3	39	80	9	101	35	6	21	35	1.80
1593177--1593304	52	2.5	52	98	1	249	31	17	17	33	1.93
1593313--1593337	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1593378--1593444	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593400--1593424	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1601250--1601368	42	2.8	42	89	0	184	8	45	2	43	1.47
1601269--1601362	24	4.1	24	71	17	83	9	43	2	44	1.48
1601265--1601335	18	3.6	18	69	20	52	9	42	2	45	1.52
1608676--1609008	156	2.1	154	83	3	407	38	19	17	24	1.93
1609417--1609895	167	2.8	169	83	7	583	38	10	10	40	1.73
1611233--1612290	164	6.5	165	86	4	1355	52	6	10	29	1.62
1612056--1612095	18	2.2	19	90	4	64	47	2	10	40	1.50
1611233--1612290	485	2.2	491	87	3	1521	52	6	10	29	1.62
1612190--1612490	102	3.0	100	81	9	362	53	3	11	31	1.55
1612191--1612489	97	3.0	100	81	9	340	53	4	11	31	1.54
1613944--1613970	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1613925--1613989	32	2.0	32	90	3	103	27	18	15	38	1.91
1613955--1614011	19	2.9	19	87	10	80	33	17	15	33	1.92
1614060--1614108	13	4.2	13	73	24	54	34	10	18	36	1.85
1614039--1614108	34	2.1	33	86	7	97	34	11	20	34	1.88
1622049--1622074	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
1622633--1622659	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1622614--1622678	32	2.0	32	90	3	103	27	18	15	38	1.91
1622644--1622700	19	2.9	19	87	10	80	33	17	15	33	1.92
1622749--1622797	13	4.2	13	75	24	63	32	12	18	36	1.88
1622728--1622797	33	2.1	34	89	7	108	32	12	20	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1623679--1623960	44	6.4	43	77	6	262	38	13	25	22	1.91
1623714--1623960	131	1.9	131	87	1	361	38	13	26	21	1.90
1623712--1623960	87	2.8	88	80	7	274	38	13	26	21	1.90
1624177--1624232	21	2.7	21	97	0	103	33	10	19	35	1.87
1624270--1624556	32	9.0	32	99	0	556	36	12	15	35	1.85
1624599--1624624	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1624579--1624645	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
1627092--1627164	27	2.7	27	87	6	94	23	35	21	19	1.96
1627147--1627320	51	3.4	51	80	4	195	29	27	12	31	1.93
1627290--1627507	80	2.7	80	80	2	215	24	29	15	29	1.96
1628478--1628874	44	9.1	44	74	4	259	41	13	23	21	1.89
1628478--1628874	131	3.0	131	83	1	492	41	13	23	21	1.89
1628478--1628874	87	4.5	85	75	7	294	41	13	23	21	1.89
1628850--1628900	26	2.0	26	88	0	75	39	7	29	23	1.83
1628873--1629199	44	7.5	43	74	6	250	37	15	27	18	1.92
1628763--1628986	114	2.0	114	89	0	340	37	13	27	20	1.91
1628629--1629116	245	2.0	245	85	0	663	38	14	26	19	1.91
1628874--1629199	131	2.5	131	86	2	440	37	15	27	18	1.92
1628498--1629197	376	1.9	376	84	1	938	39	14	25	20	1.91
1628873--1629199	87	3.7	87	74	8	286	37	15	27	18	1.92
1629180--1629291	47	2.4	47	79	10	131	37	14	24	24	1.92
1629990--1630101	44	2.5	44	78	5	111	45	14	16	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1629899--1630332	232	1.9	227	83	4	566	44	14	19	21	1.86
1630194--1630334	44	3.2	43	68	13	108	43	15	17	22	1.87
1632323--1632363	9	4.6	9	90	0	55	43	0	31	24	1.54
1632330--1632360	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
1642247--1642295	20	2.4	20	93	3	80	30	4	20	44	1.70
1643044--1643069	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1643026--1643089	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1647844--1647897	20	2.7	20	77	8	56	31	20	11	37	1.88
1648844--1648879	11	3.3	11	84	0	54	27	0	8	63	1.23
1649354--1649875	166	3.1	164	75	8	439	31	10	8	49	1.68
1651975--1652015	20	2.0	20	100	0	82	24	19	19	36	1.95
1655754--1655784	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
1661290--1661346	19	2.9	19	78	2	69	33	19	14	33	1.91
1665934--1665986	21	2.6	21	78	3	63	37	16	7	37	1.78
1668135--1668344	89	2.3	93	81	8	243	33	21	13	31	1.92
1671931--1672005	20	3.8	20	82	3	89	42	10	12	34	1.77
1671889--1672055	90	1.8	91	89	3	266	43	10	15	30	1.80
1672975--1673432	149	3.1	142	80	9	456	22	16	30	30	1.95
1672923--1673432	263	1.9	268	84	4	685	23	16	30	30	1.96
1672975--1673430	28	15.6	29	81	7	444	22	16	30	30	1.96
1674716--1674756	19	2.2	18	91	4	64	0	0	19	80	0.71
1681450--1681567	52	2.3	52	92	0	200	30	18	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681576--1681600	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1681662--1681686	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1681641--1681705	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
1681643--1681722	19	4.5	19	79	19	100	35	17	12	35	1.88
1682577--1682706	65	2.0	65	91	5	210	20	18	33	27	1.96
1682577--1682700	33	3.8	33	89	8	191	20	19	32	28	1.97
1682710--1683048	61	5.4	63	83	10	322	29	14	33	21	1.93
1682688--1682955	97	2.8	92	80	11	281	27	13	37	22	1.91
1682710--1683084	31	11.9	33	81	11	278	30	14	33	21	1.94
1682838--1682897	27	2.2	27	90	0	93	28	13	38	20	1.90
1682806--1683084	61	4.5	61	84	7	266	30	15	31	22	1.94
1683184--1683221	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
1684107--1684147	15	2.9	15	82	10	50	2	7	4	85	0.81
1684119--1684143	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
1684402--1684465	11	5.7	12	82	14	75	1	0	9	89	0.56
1684402--1684466	29	2.3	29	89	2	96	1	0	9	89	0.56
1684402--1684466	13	4.8	13	83	10	76	1	0	9	89	0.56
1684406--1684478	32	2.2	33	83	11	87	4	4	8	83	0.89
1684402--1684466	1	65.0	1	78	0	67	1	0	9	89	0.56
1691106--1691216	52	2.1	52	93	3	188	27	18	18	36	1.94
1691106--1691246	52	2.7	52	84	6	162	29	17	17	35	1.93
1691216--1691279	33	1.9	33	96	0	119	37	14	18	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691222--1691279	13	4.9	13	70	23	56	37	13	17	31	1.89
1691341--1691365	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1691320--1691385	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
1694006--1694050	15	3.0	15	80	0	54	17	0	40	42	1.50
1700229--1700254	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1702470--1702514	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1704318--1704348	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1706430--1706455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1706576--1706621	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1709009--1709034	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11