genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389450--1389887	79	5.5	78	77	10	381	34	10	26	27	1.90
1392749--1392775	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1400820--1400845	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1400830--1400885	19	2.9	19	86	2	76	32	19	14	33	1.92
1407654--1407724	20	3.6	20	79	12	76	40	16	12	29	1.86
1409979--1410118	70	2.0	69	91	1	226	25	14	24	35	1.93
1414797--1414889	19	4.8	19	89	6	125	30	15	18	36	1.91
1414797--1414889	39	2.4	39	87	7	127	30	15	18	36	1.91
1414934--1414963	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
1414917--1414985	33	2.1	33	86	10	97	31	14	18	34	1.91
1421087--1421112	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1423795--1423824	13	2.3	13	94	0	51	30	16	16	36	1.91
1426758--1426796	7	5.6	7	88	11	62	84	12	0	2	0.72
1426758--1426796	15	2.8	14	92	7	62	84	12	0	2	0.72
1437457--1437601	50	2.9	50	94	1	254	42	12	18	26	1.86
1439804--1439883	28	2.9	27	88	5	108	37	22	20	20	1.94
1439842--1440015	78	2.2	79	87	3	253	35	15	24	25	1.94
1439847--1440039	78	2.5	77	85	5	237	34	16	23	25	1.95
1439996--1440064	27	2.5	28	78	4	77	26	15	28	28	1.96
1439840--1440187	186	1.9	185	84	4	468	34	12	26	27	1.92
1447142--1447205	33	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
1448208--1448249	12	2.9	15	83	16	54	59	0	4	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448208--1448240	15	2.2	16	89	10	52	60	0	3	36	1.12
1450315--1450547	43	5.5	42	70	10	152	45	14	22	16	1.84
1450262--1450552	85	3.4	84	80	4	289	45	14	23	17	1.84
1450305--1450559	84	3.0	85	81	2	298	45	14	23	17	1.85
1450550--1450735	41	4.7	41	72	7	141	44	17	22	16	1.87
1450933--1451083	40	3.8	39	72	11	117	41	16	22	19	1.90
1450686--1451041	129	2.8	130	78	9	358	41	14	24	19	1.88
1450915--1451065	80	1.9	80	87	2	223	39	15	23	21	1.91
1450915--1451083	80	2.1	80	82	6	200	40	15	23	20	1.90
1452442--1452837	88	4.6	85	73	8	295	43	14	18	22	1.87
1452718--1452838	43	2.8	45	72	12	117	45	15	17	21	1.85
1453832--1453883	21	2.7	20	82	11	63	3	17	0	78	0.89
1453912--1453966	12	4.5	13	77	11	53	1	18	1	78	0.94
1454579--1454623	13	3.4	13	80	17	56	66	0	2	31	1.04
1458678--1458810	67	2.0	66	82	8	162	30	23	12	33	1.92
1459465--1459560	43	2.2	43	85	3	131	28	13	19	38	1.90
1459487--1459578	29	3.2	29	78	9	91	26	15	21	36	1.93
1459468--1459621	14	10.6	14	74	9	85	25	12	22	38	1.90
1459510--1459590	30	2.7	30	79	5	94	25	13	20	39	1.90
1474460--1474523	1	64.0	1	76	0	56	87	6	6	0	0.67
1474459--1474523	13	4.9	13	80	16	71	86	7	6	0	0.72
1474460--1474523	28	2.3	28	83	5	76	87	6	6	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1475486--1476241	55	13.4	54	85	7	947	27	27	20	24	1.99
1475497--1476242	171	4.4	171	94	2	1199	28	27	20	24	1.99
1475487--1476222	226	3.3	220	86	6	1033	27	27	20	24	1.99
1480211--1480496	79	3.6	79	78	6	319	28	26	12	32	1.93
1483094--1483288	67	2.9	67	72	10	182	26	23	13	36	1.92
1484049--1484235	14	13.2	14	77	2	158	28	16	20	34	1.95
1484044--1484281	29	8.3	29	77	6	110	27	15	21	35	1.94
1484048--1484238	71	2.7	71	83	1	240	28	16	21	34	1.95
1488722--1489095	47	7.8	48	75	14	231	32	17	25	24	1.97
1488722--1489094	52	7.8	49	76	12	249	32	17	25	24	1.97
1488722--1489005	101	2.8	100	81	5	306	32	17	25	24	1.97
1489099--1489278	34	5.4	33	80	5	175	32	12	35	20	1.89
1489128--1489283	66	2.3	68	85	3	210	32	12	34	20	1.90
1489256--1489340	28	3.0	28	78	1	98	25	18	27	28	1.98
1490777--1490814	20	1.9	20	94	0	67	0	0	15	84	0.63
1490777--1490826	26	2.0	26	88	4	75	0	4	16	80	0.87
1490776--1490830	16	3.5	16	83	13	62	0	3	16	80	0.86
1492464--1492621	79	2.0	79	96	0	289	31	22	16	29	1.96
1495334--1495396	33	1.9	32	87	3	90	31	22	15	30	1.95
1495467--1495533	20	3.7	20	74	25	85	37	17	14	29	1.91
1495468--1495535	33	2.1	33	100	0	136	35	17	16	30	1.92
1495488--1495513	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1501694--1501731	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
1504207--1504231	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1504186--1504248	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
1504300--1504326	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1504314--1504366	20	2.7	20	100	0	106	37	18	15	28	1.91
1505141--1505165	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1505118--1505183	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
1505238--1505288	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
1515272--1515342	33	2.2	33	84	0	88	21	7	19	52	1.70
1515566--1516437	435	2.0	435	99	0	1735	32	13	16	37	1.87
1520472--1520551	20	4.0	19	74	16	72	38	11	16	33	1.84
1521265--1521457	61	3.2	61	80	7	198	38	13	24	23	1.91
1521385--1521728	113	3.1	111	75	9	292	39	13	22	24	1.91
1521402--1521992	52	11.0	52	70	8	252	39	14	21	24	1.91
1521337--1521838	217	2.3	216	79	4	551	39	13	21	24	1.90
1521413--1521879	104	4.4	103	74	10	312	38	14	21	25	1.91
1522050--1522396	31	11.0	31	83	6	371	21	17	31	29	1.96
1522050--1522396	93	3.7	91	84	8	412	21	17	31	29	1.96
1523773--1523843	21	3.4	20	73	9	61	8	11	8	71	1.30
1527837--1527913	20	3.8	20	75	13	66	41	11	16	29	1.84
1527941--1527994	21	2.7	20	77	8	65	37	14	11	37	1.82
1527938--1527994	19	2.9	19	76	7	69	35	14	10	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1531568--1531592	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
1532609--1532848	120	2.0	120	97	1	455	42	15	19	22	1.88
1533696--1533741	17	2.9	16	81	12	51	73	0	23	2	0.94
1536199--1536267	31	2.2	31	89	0	102	23	24	8	43	1.82
1536199--1536275	31	2.5	30	85	4	100	24	24	9	41	1.84
1536238--1536503	123	2.1	125	82	7	310	22	23	12	40	1.88
1536566--1536667	30	3.4	30	74	8	82	21	22	14	41	1.90
1536768--1536894	47	2.7	47	82	3	148	25	22	15	37	1.93
1537206--1537343	42	3.3	42	73	10	129	21	24	14	39	1.91
1537372--1537512	44	3.2	44	85	1	158	17	24	16	41	1.90
1536900--1537632	43	17.0	43	74	7	427	20	26	15	38	1.92
1537611--1537869	42	6.2	42	75	2	173	20	31	17	30	1.96
1537607--1537856	83	3.0	83	77	1	239	20	30	16	32	1.95
1537801--1537885	42	2.0	43	88	2	127	24	29	12	32	1.93
1538234--1538316	41	2.0	41	93	2	141	21	26	22	28	1.99
1538318--1538914	42	14.2	42	74	2	311	17	27	20	34	1.95
1538359--1538917	126	4.4	125	81	3	530	17	26	20	35	1.95
1538443--1538915	84	5.6	84	79	2	432	16	27	20	34	1.95
1540320--1540433	40	2.8	41	86	2	149	49	20	23	7	1.73
1544791--1544872	28	3.0	28	78	7	78	60	8	17	13	1.56
1544999--1545052	28	1.9	28	100	0	108	25	11	11	51	1.70
1553404--1554219	407	2.0	407	99	0	1623	28	16	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1556232--1556287	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
1556338--1556389	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
1559631--1559759	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
1566661--1566700	12	3.2	12	86	13	55	82	17	0	0	0.67
1566667--1566701	14	2.4	14	90	4	52	85	14	0	0	0.59
1566661--1566701	13	3.2	13	82	10	57	82	17	0	0	0.66
1567224--1567282	31	2.0	29	83	12	75	38	25	5	30	1.77
1567931--1568090	32	5.1	31	83	6	198	23	26	16	33	1.95
1567936--1568106	64	2.7	62	84	6	231	25	28	16	30	1.97
1567936--1568122	94	2.0	92	80	9	209	24	27	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11