genome.fa.s365.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold365
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1826335

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1288 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131759--131850	33	2.8	33	93	4	152	39	15	17	28	1.90
133530--133569	13	3.1	13	85	0	62	37	17	12	32	1.87
137607--137658	19	2.6	21	87	6	72	40	13	17	28	1.87
137690--137755	33	2.0	32	88	2	96	30	18	12	39	1.87
140062--140226	51	3.2	50	79	10	174	29	26	12	31	1.93
140166--140351	79	2.4	79	88	3	259	26	23	17	32	1.97
140286--140385	34	3.1	34	77	12	104	23	23	18	36	1.95
140245--140462	113	1.9	111	84	1	283	25	26	16	31	1.97
140358--140743	79	5.0	78	80	5	379	26	25	15	31	1.96
140373--140743	155	2.4	154	78	5	424	26	26	15	31	1.96
145395--145523	52	2.5	52	92	0	213	29	17	16	36	1.92
145532--145556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
145698--145736	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
147867--147931	20	3.3	20	79	16	73	40	10	16	32	1.84
149322--149696	166	2.3	164	81	7	420	48	9	10	31	1.70
151146--151198	19	2.7	20	88	2	81	35	15	20	28	1.93
151187--151211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
151168--151232	33	2.0	32	84	3	85	38	15	16	29	1.90
154922--154960	16	2.4	16	87	8	53	38	15	0	46	1.46
158352--158419	33	2.1	32	89	8	102	33	16	14	35	1.89
158499--158523	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158998--159215	108	2.0	109	95	2	395	30	17	8	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161126--161182	27	2.0	27	86	10	78	26	17	19	36	1.94
166462--166559	20	4.8	21	72	19	91	41	13	15	29	1.85
166485--166579	41	2.3	42	92	1	156	40	12	16	30	1.86
166618--166643	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
167102--167168	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
170279--170303	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
172027--172099	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
172027--172121	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
172160--172185	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
172644--172710	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
175823--175847	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
177572--177644	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
177572--177666	41	2.3	42	94	1	165	38	12	17	30	1.87
177705--177730	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178189--178255	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
178571--178595	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178661--178685	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178639--178705	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
183161--183224	33	2.0	32	87	9	94	31	10	17	40	1.84
183307--183331	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183726--183944	84	2.6	84	85	1	278	32	26	9	30	1.88
185602--185691	39	2.3	40	88	1	128	16	20	13	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186139--186370	103	2.2	104	78	5	238	20	22	12	44	1.85
186336--186534	75	2.7	73	78	8	199	19	26	11	43	1.84
188020--188085	6	11.5	6	75	15	52	27	4	1	66	1.20
188058--188082	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
188872--188923	20	2.5	21	90	3	79	36	13	19	30	1.90
196523--196647	20	5.7	20	68	18	79	44	13	13	28	1.82
196445--196596	78	1.9	78	89	2	234	46	11	15	26	1.81
198587--198630	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
200420--200445	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
202520--202550	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
204353--204397	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
206616--206641	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
207498--208419	28	31.3	28	77	11	699	23	16	29	30	1.96
207927--208091	64	2.6	64	86	0	222	21	20	26	32	1.97
207501--208416	58	15.5	56	77	10	710	23	16	29	30	1.96
207498--208416	86	10.4	84	77	10	666	23	16	29	30	1.96
208356--208603	27	9.1	27	84	0	253	30	13	30	25	1.94
210019--210079	22	2.8	23	78	11	67	8	13	8	70	1.33
213507--213531	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
215356--215382	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
215757--216238	155	3.1	151	80	7	504	25	14	17	42	1.88
218889--218932	21	2.1	21	87	8	63	50	6	9	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219312--219342	15	2.1	15	93	0	53	48	29	6	16	1.70
220247--220310	33	1.9	33	87	6	94	37	18	10	32	1.86
220360--220384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
229355--229388	8	4.1	8	85	7	50	85	0	14	0	0.60
229998--230069	32	2.1	36	85	12	98	56	2	0	40	1.13
231392--231435	3	14.7	3	95	0	70	31	4	0	63	1.14
234612--234915	159	1.9	159	87	4	452	25	21	22	31	1.98
235475--235529	27	2.0	27	96	0	101	38	9	9	43	1.68
239233--239268	17	2.3	15	90	9	54	47	0	0	52	1.00
241158--241202	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
246525--246577	24	2.2	24	83	12	65	9	18	0	71	1.12
247037--247092	25	2.3	24	80	16	71	51	0	0	48	1.00
247617--247656	20	2.1	19	90	4	62	50	0	0	50	1.00
248058--248104	23	2.0	23	91	0	76	29	10	14	44	1.79
250708--250780	20	3.5	20	84	3	83	32	16	12	38	1.86
252168--252234	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
252188--252212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
252274--252414	52	2.7	50	86	6	201	34	18	17	30	1.94
258489--258551	22	2.8	24	81	9	62	0	12	12	74	1.07
258774--258944	68	2.5	67	80	6	191	15	22	13	49	1.79
260763--260829	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
260783--260807	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260870--260894	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
269188--269812	31	20.2	31	78	15	334	21	34	14	29	1.93
269189--269402	63	3.4	63	89	3	292	22	33	16	27	1.96
269194--269471	94	2.9	95	82	10	284	22	34	16	26	1.95
269383--269942	34	17.6	33	76	17	430	21	34	13	30	1.92
269411--269914	61	8.1	60	83	13	546	21	34	13	30	1.91
269508--269563	27	2.1	26	90	3	85	21	33	14	30	1.93
269569--269624	27	2.1	26	90	3	85	21	33	14	30	1.93
269777--269922	70	2.1	71	94	1	258	19	32	10	36	1.87
269928--270009	33	2.5	33	91	0	137	30	32	20	15	1.94
270014--270661	49	13.8	49	82	9	780	25	26	17	30	1.97
270014--270613	92	6.5	92	89	4	825	25	26	17	30	1.97
270014--270661	141	4.6	141	92	4	942	25	26	17	30	1.97
270014--270670	233	2.8	233	90	4	984	25	26	17	31	1.97
270522--270788	52	4.8	54	74	12	188	25	25	14	35	1.94
271593--271659	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
271613--271637	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
271700--271724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
271733--271860	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
277334--277385	19	2.7	20	90	3	79	36	11	19	32	1.87
277374--277398	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
277355--277419	32	2.0	32	84	3	85	36	13	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284999--285039	9	4.6	9	96	0	73	68	0	19	12	1.21
285332--285387	19	2.9	19	86	2	76	35	10	21	32	1.88
285916--286497	110	5.5	109	79	8	574	31	18	16	34	1.93
285907--286503	218	2.8	215	79	7	625	31	18	15	33	1.93
287034--287084	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
287341--287413	8	8.9	8	78	14	53	2	19	0	78	0.88
287340--287405	21	3.2	20	79	14	71	1	21	0	77	0.85
290772--290808	5	7.0	5	88	11	56	21	18	37	21	1.94
292183--293087	167	5.6	166	78	11	743	29	9	8	52	1.64
292482--293087	154	3.8	154	81	8	540	29	9	8	53	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11